Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005773.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120040, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3790
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34


Found at i:3564 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 3525--3606  Score: 101
    Period size: 35  Copynumber: 2.3  Consensus size: 35

       3515 TTATACTTCT

                      *            *           
       3525 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAAA
          1 TTTAAATTTAATTTAAAATTAAAATTATTTAAAAA

                            **            **   
       3560 TTTAAATTTAATTTAAGTTTAAAATTATTTTCAAA
          1 TTTAAATTTAATTTAAAATTAAAATTATTTAAAAA

                        
       3595 TTTAAAATTTAA
          1 TTT-AAATTTAA

       3607 AATAAATAAA


Statistics
Matches: 40,  Mismatches: 6, Indels: 1
        0.85            0.13        0.02

Matches are distributed among these distances:
  35   32  0.80
  36    8  0.20

ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.01, T:0.51


Consensus pattern (35 bp):   
TTTAAATTTAATTTAAAATTAAAATTATTTAAAAA

Found at i:3566 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 3525--3605  Score: 94
    Period size: 17  Copynumber: 4.6  Consensus size: 18

       3515 TTATACTTCT

                              
       3525 TTTAAATTTATTTTAAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAAA

                         *    
       3543 -TTAAATTTATTTAAAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAAA

                      *      *
       3560 TTTAAATTTAATTT-AAG
          1 TTTAAATTTATTTTAAAA

                  *       *   
       3577 TTTAAAATTATTTTCAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAAA

                       
       3595 TTTAAAATTTA
          1 TTT-AAATTTA

       3606 AAATAAATAA


Statistics
Matches: 52,  Mismatches: 8, Indels: 5
        0.80            0.12        0.08

Matches are distributed among these distances:
  17   30  0.58
  18   16  0.31
  19    6  0.12

ACGTcount: A:0.46, C:0.01, G:0.01, T:0.52


Consensus pattern (18 bp):   
TTTAAATTTATTTTAAAA
Done.