Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005909.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120267, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 824
Length: 1374
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.22, T:0.31
Found at i:667 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 595--932 Score: 177
Period size: 30 Copynumber: 11.5 Consensus size: 29
585 ACCCAAGGGA
* * *
595 AAAATGGTAA-TTTTGAGAAAGATCGGGGTT
1 AAAATGGTAATTTTTG-G-AAGTTTGGGGGT
625 AAAAATGG-AA-TTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
* * *
653 AAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
*
682 CAAAAATGGT-ATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
*
712 AAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
* *
740 CAAAAATAG-AATTTTTGGATGTTTGGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
* * * *
770 AAAATGGAAATTTTTTGGTGAA--ATCGAGGT
1 AAAATGGTAA-TTTTT-G-GAAGTTTGGGGGT
* *
800 CAAAAATGG-AA-ATTTGGAAAGTTTAGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGGGGGT
** * *
830 AAAAAT-GTAATTTTTGTGAA-AATCGAGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTG-GAAGTTTGGGGGT
* *
859 CAAAAATGG-AATTTTAGGAAGTTCGGGGGT
1 --AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
*
889 AAAAAT-ATAA-TTTTGGAAAGTTTGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTGGGGGT
918 AATAAT-GTAATTTTT
1 AA-AATGGTAATTTTT
933 TTGAAAGTTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 36, Indels: 55
0.73 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.04
28 52 0.21
29 63 0.26
30 91 0.37
31 20 0.08
32 9 0.04
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Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
Found at i:668 original size:59 final size:57
Alignment explanation
Indices: 595--892 Score: 307
Period size: 58 Copynumber: 5.1 Consensus size: 57
585 ACCCAAGGGA
*
595 AAAATGGTAA-TTTTGAGAAAGATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTG-G-AAGATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTTGGGGGT
* * * *
653 AAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTCAAAAATGGTATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-ATCGGGGTCAAAAATGG-AATTTTGGAAGTTTGGGGGT
* * * *
712 AAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATAGAATTTTTGGATGTTTGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAG-ATCGGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTTGGGGGT
* * * *
770 AAAATGGAAATTTTTTGGTGAA-ATCGAGGTCAAAAATGGAAATTTGGAAAGTTTAGGGGT
1 AAAATGGTAA-TTTTT-G-GAAGATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGG-AAGTTTGGGGGT
* * *
830 AAAAAT-GTAATTTTTGTGAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTAGGAAGTTCGGGGGT
1 -AAAATGGTAATTTTTG-GAAGATCGGGGTCAAAAATGGAATTTT-GGAAGTTTGGGGGT
889 AAAA
1 AAAA
893 ATATAATTTT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 24, Indels: 24
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
57 4 0.02
58 84 0.41
59 72 0.35
60 35 0.17
61 6 0.03
62 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTTGGGGGT
Found at i:893 original size:59 final size:57
Alignment explanation
Indices: 594--907 Score: 303
Period size: 59 Copynumber: 5.4 Consensus size: 57
584 TACCCAAGGG
*
594 AAAAATGGTAA-TTTTGAGAAAGATCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAAAT-GTAATTTTTG-GAAA-ATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTTGGGGGT
** ** * *
653 AAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTCAAAAATGGTATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 AAAAATGTAATTTTTGGAA-AATCGGGGTCAAAAATGG-AATTTTGGAAGTTTGGGGGT
** * * *
712 -AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATAGAATTTTTGGATGTTTGGGGGT
1 AAAAATGTAATTTTTGGAA-AATCGGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTTGGGGGT
* * * * *
770 -AAAATGGAAATTTTTTGGTGAAATCGAGGTCAAAAATGGAAATTTGGAAAGTTTAGGGGT
1 AAAAAT-GTAA-TTTTTGG-AAAATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGG-AAGTTTGGGGGT
* *
830 AAAAATGTAATTTTTGTGAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTAGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAAATGTAATTTTTG-GAAAATCGGGGTCAAAAATGGAATTTT-GGAAGTTTGGGGGT
*
889 AAAAATATAA-TTTTGGAAA
1 AAAAATGTAATTTTTGGAAA
908 GTTTGGGGGT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 31, Indels: 24
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
57 5 0.02
58 80 0.38
59 84 0.39
60 38 0.18
61 6 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.28, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
AAAAATGTAATTTTTGGAAAATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTTGGGGGT
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Alignment explanation
Indices: 812--1006 Score: 164
Period size: 60 Copynumber: 3.3 Consensus size: 60
802 AAAATGGAAA
* * * * * ** * *
812 TTTGGAAAGTTTAGGGGTAAAAATGTAATTTTTGTGAAAATCGA-GGTCAAAAATGGAATT
1 TTTGGAAAGTTTAGGGTTAAAAATATAAATTTGGAGAAGTTTGAGGGTC-AAAATGTAATT
* ** * * *
872 TTAGG-AAGTTCGGGGGTAAAAATATAATTTTGGA-AAGTTTGGGGGT-AATAATGTAATTT
1 TTTGGAAAGTTTAGGGTTAAAAATATAAATTTGGAGAAGTTTGAGGGTCAA-AATGTAA-TT
* **
931 TTTTGAAAGTTTAGGGTTAAAAATATAAATTTGGAGTTGTTTGAGGGTCAAAATGTAATT
1 TTTGGAAAGTTTAGGGTTAAAAATATAAATTTGGAGAAGTTTGAGGGTCAAAATGTAATT
*
991 TTTGGATAGTTTAGGG
1 TTTGGAAAGTTTAGGG
1007 ACCTCCAAGA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 22, Indels: 12
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.02
58 10 0.09
59 32 0.30
60 45 0.42
61 16 0.15
62 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (60 bp):
TTTGGAAAGTTTAGGGTTAAAAATATAAATTTGGAGAAGTTTGAGGGTCAAAATGTAATT
Found at i:1006 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 626--1006 Score: 129
Period size: 30 Copynumber: 12.9 Consensus size: 28
616 ATCGGGGTTA
* *
626 AAAATGGAA-TTTTGGAAGTTTGGGGGT-
1 AAAATGTAATTTTTGGAAGTTT-AGGGTC
* **
653 AAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTC
1 AAAA-TGTAATTTTTGGAAG-TTTAGGGTC
683 AAAAATGGT-ATTTTTGGAAGTTTAGGGGT-
1 -AAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTTA-GGGTC
*
712 AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTC
1 AAAATGTAATTTTTGGAAG-TTTAGGGTC
* *
741 AAAAATAG-AATTTTTGGATGTTTGGGGGT-
1 -AAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTT-AGGGTC
* * **
770 AAAATGGAAATTTTTTGGTGAAATCGA-GGTC
1 AAAAT-GTAA-TTTTT-G-GAAGTTTAGGGTC
* * *
801 AAAAATGGAA-ATTTGGAAAGTTTAGGGGTA
1 -AAAATGTAATTTTTGG-AAGTTTA-GGGTC
** *
831 AAAATGTAATTTTTGTGAA-AATCGAGGTC
1 AAAATGTAATTTTTG-GAAGTTTAG-GGTC
* * ** *
860 AAAAATGGAATTTTAGGAAGTTCGGGGGTA
1 -AAAATGTAATTTTTGGAAGTT-TAGGGTC
* *
890 AAAATATAA-TTTTGGAAAGTTTGGGGGT-
1 AAAATGTAATTTTTGG-AAGTTT-AGGGTC
* *
918 AATAATGTAATTTTTTTGAAAGTTTAGGGTTA
1 AA-AATGTAA--TTTTTGGAAGTTTAGGG-TC
* * *
950 AAAATATAA-ATTTGGAGTTGTTTGAGGGTC
1 AAAATGTAATTTTTGGA--AGTTT-AGGGTC
980 AAAATGTAATTTTTGGATAGTTTAGGG
1 AAAATGTAATTTTTGGA-AGTTTAGGG
1007 ACCTCCAAGA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 48, Indels: 78
0.68 0.12 0.20
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.03
28 47 0.18
29 69 0.26
30 92 0.35
31 36 0.14
32 15 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.28, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGTC
Done.