Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01005913.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120278, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 921
Length: 1535
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.22, T:0.24
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:418 original size:230 final size:231
Alignment explanation
Indices: 4--990 Score: 1326
Period size: 230 Copynumber: 4.3 Consensus size: 231
1 GTT
** *
4 CGATGCTCCTACACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCC-CGATGGTCCCGCTCCACCATC
1 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCTCGATGGTCCCGCACCACCATC
* *
68 GGCCTTAGCTGCCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAA
66 GGCCTTAGCTACCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAA
*** * * * * *
133 GTTGTTGATGGTCTCCGATGCTCTCGCACATCTAAGGCACTAACGTGCCGATGGATCACGATTGT
131 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGATCCCGATTGT
* *
198 CTCGCACCACCATTAGCCTAAGCTGCCGAAGGTGTC
196 CCCGCACCACCATTAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTC
* * ** *
234 CGATGCTCCCGCACATCGAAAGCTCCATGGTGTCGATACTTCCTC-ATGGTCCCGCACTACCATC
1 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCTCGATGGTCCCGCACCACCATC
* * * *
298 GGCCTTAGCTGCCATTACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATTGTCCCACACCACCATCAGCCTAA
66 GGCCTTAGCTACCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAA
* * * * * *
363 GTTACCGATGGTATACGATGCTCTCGCACATCCAAGGTACCAAGGTGCTGATGGATCCCAATTAT
131 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGATCCCGATTGT
* * *
428 CCCACACCACCATAAACCTAAGCTGCCGATGGTGTC
196 CCCGCACCACCATTAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTC
*
464 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTT-TTCGATGGTCCC-CTACCACCAT
1 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCTCGATGGTCCCGC-ACCACCAT
* * *
527 CGGCCTTAGCTACCAATACGATGGTGTCTGATGCTTCCCAATGGTCCCGCACCACCATTAGCCTA
65 CGGCCTTAGCTACCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTA
* *
592 AGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAATGTGCCGATGGATCCCGATTG
130 AGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGATCCCGATTG
* *
657 TCCCGCACCACCATCAGCCTAAGCTGCTGATGGTGTC
195 TCCCGCACCACCATTAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTC
* * * *
694 CGATGCTCTCACACATCGAAGGCACCATGGTGCCGATACTT-CTCGATGGTCCCGCACCACCAAC
1 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCTCGATGGTCCCGCACCACCATC
* * *
758 GGCCATAGCTACCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCAG-C-NA
66 GGCCTTAGCTACCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAA
* * * * *
821 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATTCAAGGTACCAAGGTACTGATGGATCCTGATTGT
131 GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGATCCCGATTGT
* * * * *
886 CCCGTACCATCATT-GACCTAAGCTACTGATGGTGTT
196 CCCGCACCACCATTAG-CCTAAGCTGCCGATGGTGTC
* * * *
922 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTTCCGATAGTTCAT-GATGGTCTCGCACCACCATC
1 CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCTCGATGGTCCCGCACCACCATC
*
986 AGCCT
66 GGCCT
991 CAGTTACCGA
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 87, Indels: 14
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
227 1 0.00
228 146 0.22
229 5 0.01
230 510 0.77
231 2 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (231 bp):
CGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTACCGATACTTCCTCGATGGTCCCGCACCACCATC
GGCCTTAGCTACCAATACGATGGTGTCCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAA
GTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCCGATGGATCCCGATTGT
CCCGCACCACCATTAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTC
Found at i:643 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 595--730 Score: 106
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
585 TAGCCTAAGT
595 TGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAATG
1 TGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAATG
* * *
638 TGCCGATGGAT-CCCGATTG-TCCCGCACCA-CCATCA-GC-CTAA-G
1 TGCCGATGG-TGTCCGA-TGCTCTCGCA-CATCCA--AGGCACCAATG
* * *
680 CTGCTGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCGAAGGCACC-ATGG
1 -TGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAAT-G
724 TGCCGAT
1 TGCCGAT
731 ACTTCTCGAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 10, Indels: 26
0.66 0.09 0.25
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 9 0.13
43 51 0.73
44 8 0.11
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
TGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCACCAATG
Found at i:670 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 418--681 Score: 343
Period size: 144 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
408 TGCTGATGGA
* *
418 TCCCAATTATCCCACACCACCATAAACCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGA
1 TCCCAATGATCCCACACCACCATAAACCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCA
* ** * *
483 AGGCACCATGGTACCGATACTTTTCGATGGTCCCCTACCACCATCGGCCTTAGCTACCAATACGA
66 AGGCACCATGGTACCGATACATCCCGATGGTCCCCTACCACCATCAGCCTAAGCTACCAATACGA
548 TGGTGTCTGATGCT
131 TGGTGTCTGATGCT
* * * * * *
562 TCCCAATGGTCCCGCACCACCATTAGCCTAAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCA
1 TCCCAATGATCCCACACCACCATAAACCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCA
* ** *
627 AGGCACCAAT-GTGCCGATGGATCCCGATTGTCCCGC-ACCACCATCAGCCTAAGCT
66 AGGCACC-ATGGTACCGATACATCCCGATGGTCCC-CTACCACCATCAGCCTAAGCT
682 GCTGATGGTG
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 17, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
144 98 0.97
145 3 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.35, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (144 bp):
TCCCAATGATCCCACACCACCATAAACCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCA
AGGCACCATGGTACCGATACATCCCGATGGTCCCCTACCACCATCAGCCTAAGCTACCAATACGA
TGGTGTCTGATGCT
Found at i:676 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 562--755 Score: 273
Period size: 86 Copynumber: 2.3 Consensus size: 86
552 GTCTGATGCT
* * * *
562 TCCCAATGGTCCCGCACCACCATTAGCCTAAGTTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCA
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCA
**
627 AGGCACCAAT-GTGCCGATGGA
66 AGGCACC-ATGGTGCCGATACA
* * *
648 TCCCGATTGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGCTGCTGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCGA
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCA
*
713 AGGCACCATGGTGCCGATACT
66 AGGCACCATGGTGCCGATACA
*
734 TCTCGATGGTCCCGCACCACCA
1 TCCCGATGGTCCCGCACCACCA
756 ACGGCCATAG
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 12, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
85 2 0.02
86 93 0.98
ACGTcount: A:0.21, C:0.36, G:0.22, T:0.21
Consensus pattern (86 bp):
TCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGCTGCCGATGGTGTCCGATGCTCTCACACATCCA
AGGCACCATGGTGCCGATACA
Found at i:1003 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 777--1498 Score: 636
Period size: 86 Copynumber: 8.5 Consensus size: 86
767 TACCAATACG
* *
777 ATGGTGTCCGAT-GCTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCAG-C-NAGTTACCGATGGTGTCCGA
1 ATGGT-TCCGATAG-TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGA
* *
839 TGCTCTCGCACATTC-AAGGTACC
64 TGCTCCCGCACA-TCGAAGGCACC
* * * * * * * * * * * * *
862 AAGGTACTGATGGATCCTGATTGTCCCGTACCATCAT-TGACCTAAGCTACTGATGGTGTTCGAT
1 ATGGTTCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
926 GCTCCCGCACATCGAAGGCACC
65 GCTCCCGCACATCGAAGGCACC
** * *
948 ATGGTTCCGATAGTTCATGATGGTCTCGCACCACCATCAGCCTCAGTTACCGATGGTGTCCGATG
1 ATGGTTCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATG
*
1013 CTCCTGCACATCGAAGGCACC
66 CTCCCGCACATCGAAGGCACC
* * * * * * *
1034 AAGGTACCGAT-GCTTCCCAATGGTTCTGCGCCACCATCGGCCTCAA-TTACCGATGGTGTCCGA
1 ATGGTTCCGATAG-TTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCT-AAGTTACCGATGGTGTCCGA
*
1097 TGCTCCCACACATCGAAGGCACC
64 TGCTCCCGCACATCGAAGGCACC
* * * * *
1120 ATGGTACCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTAGCCTTAGTTACCGATGGTGTCCAATG
1 ATGGTTCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATG
1185 CTCCCGCACATCGAAGGCACC
66 CTCCCGCACATCGAAGGCACC
* * * * *
1206 AT-GTTGCCGATACTTCCCGATGGTCCGGCACCACCATTAGCCGT-AGTTACCGATGGTATCTGA
1 ATGGTT-CCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCC-TAAGTTACCGATGGTGTCCGA
* ** * *
1269 TCCTCTTGCACATCAAAGGTACC
64 TGCTCCCGCACATCGAAGGCACC
* **
1292 ATGGTGT-CGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
1 ATGGT-TCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
* * *
1356 GCTCTCGCAAATCCAAGG---C
65 GCTCCCGCACATCGAAGGCACC
* * * * * * * *
1375 A----T-CGATAGATCACGATTGTCCTGCACCACCATC-GACCTAAGCTACCTATAGTGTCTGAT
1 ATGGTTCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAG-CCTAAGTTACCGATGGTGTCCGAT
* *
1434 GCTCCCGTACATCGAAGGTACC
65 GCTCCCGCACATCGAAGGCACC
* * * *
1456 ATGGTACCGATACTTCCTGATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT
1 ATGGTTCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCT
1499 TAGCTACCAA
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 93, Indels: 49
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
77 1 0.00
78 60 0.12
81 2 0.00
83 3 0.01
84 24 0.05
85 13 0.03
86 409 0.79
87 6 0.01
88 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (86 bp):
ATGGTTCCGATAGTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATG
CTCCCGCACATCGAAGGCACC
Found at i:1043 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 995--1130 Score: 109
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 43
985 CAGCCTCAGT
995 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCGAAGGCACCAAGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCGAAGGCACCAAGG
* * * * * * * *
1038 TACCGATGCT-TCCCAATGGTTCTGCGCCA-CCATCGGC-CTCAA-T
1 TACCGATGGTGT-CCGATGCTCCTGC-ACATCGA-AGGCAC-CAAGG
** *
1081 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATCGAAGGCACCATGG
1 TACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCGAAGGCACCAAGG
1124 TACCGAT
1 TACCGAT
1131 ACTTCCCGAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 19, Indels: 16
0.65 0.19 0.16
Matches are distributed among these distances:
42 8 0.12
43 49 0.74
44 9 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.24, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
TACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCGAAGGCACCAAGG
Found at i:1171 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 1124--1259 Score: 109
Period size: 43 Copynumber: 3.2 Consensus size: 42
1114 GGCACCATGG
1124 TACCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTAGCCTTAGT
1 TACCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTAGCC-TAGT
** * * * *
1167 TACCGATGGTGT-CCAATGCTCCCGCA-CATCGA--AGGCACCATGT
1 TACCGATACT-TCCCGATGGTCCCGCACCA-CCATTA-GC-CTA-GT
* *
1210 TGCCGATACTTCCCGATGGTCCGGCACCACCATTAGCCGTAGT
1 TACCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTAGCC-TAGT
1253 TACCGAT
1 TACCGAT
1260 GGTATCTGAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 15, Indels: 20
0.66 0.15 0.19
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 6 0.09
43 54 0.79
44 6 0.09
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.35, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (42 bp):
TACCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTAGCCTAGT
Found at i:1281 original size:258 final size:258
Alignment explanation
Indices: 797--1498 Score: 718
Period size: 258 Copynumber: 2.8 Consensus size: 258
787 ATGCTTCCTG
* * * * *
797 ATGGTCCCGCACCACCATCAG-C-NAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATTCAAGGTA
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCA
* ** * * * * * * *
860 CCAAGGTACTGATGGATCCTGATTGTCCCGTACCATCATTGACCTAAGCTACTGATGGTGTTCGA
66 CCAAGGTACCGATACATCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGACCTAAGCTACCGATGGTGTCCAA
* *
925 TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTTCCGATAGTTCATGATGGTCTCGCACCACCATCAGCC
131 TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTTCCGATACTTCACGATGGTCTCGCACCACCATCAGCC
* * * *
990 TCAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCTGCACATCGAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCA
196 TCAGTTACCGATGGTATCCGATCCTCCTGCACATCAAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCA
* * *
1053 ATGGTTCTGCGCCACCATCGGCCTCAA-TTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACA-TCGAAGG
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCT-AAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTC-AAGG
* * * *
1116 CACCATGGTACCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATT-AGCCTTAGTTACCGATGGTGTC
64 CACCAAGGTACCGATACATCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGA-CCTAAGCTACCGATGGTGTC
*
1180 CAATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAT-GTTGCCGATACTTCCCGATGGTC-CGGCACCACCAT
128 CAATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTT-CCGATACTTCACGATGGTCTC-GCACCACCAT
* * * * * **
1243 TAGCCGT-AGTTACCGATGGTATCTGATCCTCTTGCACATCAAAGGTACCATGGTGTCGATACTT
191 CAGCC-TCAGTTACCGATGGTATCCGATCCTCCTGCACATCAAAGGCACCAAGGTACCGATACTT
*
1307 CCCG
255 CCCA
* * * * *
1311 ATGGTCCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCAAATCCAAGG--
1 ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCA
* * * * * * * **
1374 -C-A--T--CGATAGATCACGATTGTCCTGCACCACCATCGACCTAAGCTACCTATAGTGTCTGA
66 CCAAGGTACCGATACATCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGACCTAAGCTACCGATGGTGTCCAA
* * * * *
1433 TGCTCCCGTACATCGAAGGTACCATGGTACCGATACTTC-CTGATGGTCCCGCACCACCATCGGC
131 TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTTCCGATACTTCAC-GATGGTCTCGCACCACCATCAGC
1497 CT
195 CT
1499 TAGCTACCAA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 63, Indels: 35
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
249 2 0.01
250 95 0.26
251 4 0.01
252 1 0.00
255 1 0.00
256 17 0.05
257 10 0.03
258 236 0.64
259 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.32, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (258 bp):
ATGGTCCCGCACCACCATCGGCCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACACATTCAAGGCA
CCAAGGTACCGATACATCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGACCTAAGCTACCGATGGTGTCCAA
TGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTTCCGATACTTCACGATGGTCTCGCACCACCATCAGCC
TCAGTTACCGATGGTATCCGATCCTCCTGCACATCAAAGGCACCAAGGTACCGATACTTCCCA
Done.