Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005921.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120291, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2751
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.21, T:0.30


Found at i:1699 original size:59 final size:59

Alignment explanation


    Indices: 1632--2161  Score: 731
    Period size: 59  Copynumber: 9.0  Consensus size: 59

       1622 GGTAGATCTA

                                                                 *     
       1632 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAACGTTCG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

             *                                                        **
       1691 GAGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTTTT
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAG-TTCG

                         * *           *                         *    * 
       1750 GGGTCAAAAAT-GAAATTTTGGAAGTTAGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTTG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAG-TTCG

             *           *         * *                                 
       1809 GAGTCAAAAATGGAATTTTTGGAGGCTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

                    *               *  * *                           * 
       1868 GGGTCAAAGATGGGATTTTTGGAAATTAGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

                *         *                          *       *   *   * 
       1927 GGGTTAAAAATGGGTTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGAAATTTTTAGAAGGTTAG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

                *                        *                   *   *     
       1986 GGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

            *                           *    *                         
       2045 AGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

                         *                                      *     
       2104 GGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAGTTC
          1 GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTC

       2162 AAGGACCTCC


Statistics
Matches: 416,  Mismatches: 52, Indels: 6
        0.88            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
  58   38  0.09
  59  340  0.82
  60   38  0.09

ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.33


Consensus pattern (59 bp):   
GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG

Done.