Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01005985.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120405, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1783
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.38


Found at i:1667 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 1658--1760  Score: 65
    Period size: 6  Copynumber: 18.0  Consensus size: 6

       1648 AACTTTTGAT

                       *       *           * *             *        
       1658 TTTAAA TTTATA -TTAAG TTTAAA -TTGAT TTTAAA TTT-AT TTCTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TT-TAAA

                       **                   **                     
       1704 TTTAAA TTTATT TTTAAA TTTAAA TTT-GT TTTAAA TTTAAA TTT--A
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

            *            
       1749 GTTAAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA

       1761 ATGGTTTTAA


Statistics
Matches: 70,  Mismatches: 20, Indels: 14
        0.67            0.19        0.13

Matches are distributed among these distances:
   4    3  0.04
   5   12  0.17
   6   52  0.74
   7    3  0.04

ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.04, T:0.55


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:1680 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 1658--1760  Score: 101
    Period size: 17  Copynumber: 6.4  Consensus size: 17

       1648 AACTTTTGAT

                       *    *
       1658 TTTAAATTTATATTAAG
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                    *        
       1675 TTTAAATTGATTTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                        *    
       1692 TTT--A--T-TTCTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                              
       1704 TTTAAATTTATTTTTAAA
          1 TTTAAATTTA-TTTTAAA

                     *       
       1722 TTTAAATTTGTTTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                       *     
       1739 TTTAAATTTA-GTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                  
       1755 TTTAAA
          1 TTTAAA

       1761 ATGGTTTTAA


Statistics
Matches: 71,  Mismatches: 9, Indels: 13
        0.76            0.10        0.14

Matches are distributed among these distances:
  12    9  0.13
  14    1  0.01
  15    1  0.01
  16   12  0.17
  17   33  0.46
  18   15  0.21

ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.04, T:0.55


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTATTTTAAA

Found at i:1709 original size:18 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 1686--1760  Score: 107
    Period size: 18  Copynumber: 4.4  Consensus size: 17

       1676 TTAAATTGAT

                              
       1686 TTTAAATTTATTTCTAAA
          1 TTTAAATTTATTT-TAAA

                              
       1704 TTTAAATTTATTTTTAAA
          1 TTTAAATTTA-TTTTAAA

                     *       
       1722 TTTAAATTTGTTTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                       *     
       1739 TTTAAATTTA-GTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                  
       1755 TTTAAA
          1 TTTAAA

       1761 ATGGTTTTAA


Statistics
Matches: 53,  Mismatches: 3, Indels: 4
        0.88            0.05        0.07

Matches are distributed among these distances:
  16   11  0.21
  17   16  0.30
  18   23  0.43
  19    3  0.06

ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.03, T:0.56


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTATTTTAAA

Found at i:1770 original size:17 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 1715--1779  Score: 62
    Period size: 17  Copynumber: 3.9  Consensus size: 16

       1705 TTAAATTTAT

                          *  
       1715 TTTTAAATTTAAATTTG
          1 TTTTAAATTTAAA-ATG

                            
       1732 TTTTAAATTT-AAAT-
          1 TTTTAAATTTAAAATG

                               
       1746 TTAGTTAAATTTAAAATGG
          1 TT--TTAAATTTAAAAT-G

                   *       
       1765 TTTTAAACTTAAAAT
          1 TTTTAAATTTAAAAT

       1780 TAAA


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 2, Indels: 10
        0.77            0.04        0.19

Matches are distributed among these distances:
  14    2  0.05
  15    1  0.02
  16   10  0.24
  17   26  0.63
  19    2  0.05

ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.06, T:0.51


Consensus pattern (16 bp):   
TTTTAAATTTAAAATG
Done.