Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006009.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120445, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2892
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.22, T:0.30
Found at i:1301 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 1117--1308 Score: 248
Period size: 96 Copynumber: 2.0 Consensus size: 96
1107 CTTTTGCGAG
* ** *
1117 AAGGATATTCGATTATCTCGATTTGAGGAAAGGTTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGTAATATTTCG
1 AAGGATATTCGATTATCTCGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGAAATATTTCG
*
1182 AAATTGAAGATAAGAAAACATTACCTCGATT
66 AAATCGAAGATAAGAAAACATTACCTCGATT
* *
1213 AAGGGTATTCGATTA-CTTCGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTGAGTTAAGGCGCAAAT-TTT
1 AAGGATATTCGATTATC-TCGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCG-AAATATTT
*
1276 CGAAACTCGAA-ATAA-AAGAATATTACCTCGATT
64 CGAAA-TCGAAGATAAGAA-AACATTACCTCGATT
1309 TTAAAGTTTT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 8, Indels: 8
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
95 3 0.04
96 74 0.88
97 7 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (96 bp):
AAGGATATTCGATTATCTCGATTTGAAGAAAAATTGCACCTAGTAAGTTAAGGCGAAATATTTCG
AAATCGAAGATAAGAAAACATTACCTCGATT
Found at i:1687 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1538--2257 Score: 538
Period size: 30 Copynumber: 24.3 Consensus size: 29
1528 CGGATGCACG
* * *
1538 GGGGCAAAATGGTAGTTTTGAGGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTC
*
1568 GGAGTCAAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTC
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
* * *
1597 AGGGGTAGAATGGTAA-TTTTAGAAGGTTT
1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
1626 GGGATCAAAAATAGG--ATTTTTGGAA-GTTC
1 GGGGT--AAAAT-GGTAATTTTTGGAAGGTTC
1655 AGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
* * * *
1685 AGGATAAAAAATGGGT-CTTTTTAG-AGGTTC
1 GGGGT--AAAAT-GGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
1715 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTT
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
1745 GGGGTTTAAAAT-G-AGATTTTTGGAAGGTTT
1 GGGG--TAAAATGGTA-ATTTTTGGAAGGTTC
* * *
1775 GGGGTTAAAATAGTAATTTTTAGAAGGTTT
1 GGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
* *
1805 GGGGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1835 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1864 GGGGTTAAAAAT-G-AGATTTTTGGAA-GTTC
1 GGGG-T-AAAATGGTA-ATTTTTGGAAGGTTC
1893 GAGGGTAAAATGGT-ATATTTTGGAAGGTTC
1 G-GGGTAAAATGGTAAT-TTTTGGAAGGTTC
* * * * *
1923 GAGATAAAAAATGGGACTTTTTTG-AGGTTC
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
1953 GGGGGTAAAATGTTAATTTTTGGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
* * *
1983 GGGGTTAAAATAGTAATTTTTGGAAGATTTA
1 GGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAG-GTTC
*
2014 GGGTTAAAAATTGG-AA-TTTTGGAA-GTTC
1 GGGGT-AAAA-TGGTAATTTTTGGAAGGTTC
2042 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
** * * *
2072 GAGATTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTTA
1 G-GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
2102 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AGGTTT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
2130 GGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-G-TC
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
*
2158 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTT
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
* *
2188 GGGATAAAAAATGAG-ACTTTTTGG-AGGTTC
1 GGGGT--AAAATG-GTAATTTTTGGAAGGTTC
2218 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
2248 GGGGTTAAAA
1 GGGG-TAAAA
2258 ATGGGATTTT
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 68, Indels: 128
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 12 0.02
28 76 0.14
29 159 0.28
30 208 0.37
31 89 0.16
32 14 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
Found at i:1768 original size:119 final size:117
Alignment explanation
Indices: 1538--2074 Score: 513
Period size: 119 Copynumber: 4.5 Consensus size: 117
1528 CGGATGCACG
* * * *
1538 GGGGCAAAATGGTAGTTTTGAGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC-AGGGG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGA-TAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGG
* * * * *
1602 TAGAATGGTAA-TTTTAGAAGGTTTGGGATCAAAAATAGGATTTTTGGAAGTTCA
64 TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATA-GATTTTTGGAAGTTCA
** * *
1656 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAGGATAAAAAATGGGTCTTTTTAGAGGTTCGA-GGG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC-GGATAAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGG
* * *
1720 TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTTAAAATGAGATTTTTGGAAGGTT-T
64 TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-AGATTTTTGGAA-GTTCA
* * * * * *
1775 GGGGTTAAAATAGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT-TAGGGG
1 GGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGG-TTCGGATAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGG
1839 TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTC-
64 TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-AGATTTTTGGAAGTTCA
* * *
1893 GAGGGTAAAATGGT-ATATTTTGGAAGGTTCGAGATAAAAAATGGGACTTTTTTGAGGTTCG-GG
1 G-GGGTAAAATGGTAAT-TTTTGGAAGGTTCG-GATAAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTCGAGG
* *
1956 GGTAAAATGTTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT-AAAATAGTAATTTTTGGAAGATTTA
62 GGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATAG--ATTTTTGGAAG-TTCA
* ****
2014 GGGTTAAAAATTGG-AA-TTTTGGAA-GTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAG
1 GGGGT-AAAA-TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGATAAAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTCGAG
2075 ATTAAAAATG
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 45, Indels: 48
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
117 25 0.07
118 95 0.27
119 171 0.49
120 47 0.13
121 7 0.02
122 4 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.31, T:0.34
Consensus pattern (117 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGATAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGGTA
AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATAGATTTTTGGAAGTTCA
Found at i:1852 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1538--2257 Score: 522
Period size: 59 Copynumber: 12.2 Consensus size: 59
1528 CGGATGCACG
* * * * * *
1538 GGGGCAAAATGGTAGTTTTGAGGAAGGTTCGGAGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-TGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
* * * * * *
1598 GGGGTAGAATGGTAA-TTTTAGAAGGTTTGGGATCAAAAATAGG-ATTTTTGGAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTA
* * * ** * * *
1656 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAGGATAAAAAATGGGTCTTTTTAG-AGGTTC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTA
* *
1715 GAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTTGGGGTTTAAAAT-GAGATTTTTGGAAGGTTT-
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGGAA-GTTTA
* * *
1775 GGGGTTAAAATAGTAATTTTTAGAAGGTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
*
1835 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-GAGATTTTTGGAAG-TTC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTTA
* * * * * * **
1893 GAGGGTAAAATGGT-ATATTTTGGAAGGTTCGAGATAAAAAATGGGACTTTTTTGAGGTTCG
1 G-GGGTAAAATGGTAAT-TTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTA
* *
1954 GGGGTAAAATGTTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTT-AAAATAGTAATTTTTGGAAGATTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT-GGAATTTTTGGAAG-TTTA
* * * *
2014 GGGTTAAAAATTGG-AA-TTTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 GGGGT-AAAA-TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAAGTTTA
** * * * *
2072 GAGATTAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTTAGGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAGGTTT-
1 G-GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAAGTTTA
*
2130 GGGGTTAAAAATGG-GATTTTTGGAA-G-TCGAGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTT-
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAA-GTTTA
* * * *
2188 GGGATAAAAAATGAG-ACTTTTTGG-AGGTTCGAGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 GGGGT--AAAATG-GTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAAGTTTA
2248 GGGGTTAAAA
1 GGGG-TAAAA
2258 ATGGGATTTT
Statistics
Matches: 551, Mismatches: 76, Indels: 67
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
56 2 0.00
57 24 0.04
58 98 0.18
59 219 0.40
60 188 0.34
61 18 0.03
62 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.32, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
Done.