Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006012.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120451, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5245
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.18, T:0.33
Found at i:4536 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 4429--4540 Score: 84
Period size: 29 Copynumber: 3.9 Consensus size: 29
4419 TTCGGATACC
* *
4429 CGAGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGACTCT
1 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGACACT
* * * ** *
4457 CGGGGGCAAAACGGTAATTTTGGGA-AGTT
1 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGACA-CT
* * **
4486 CGAGGTTAAAAAAGAAAATTTTTAGACACT
1 CGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGACACT
4516 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGA
1 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGA
4541 AAAATGGGGA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 19, Indels: 7
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 14 0.23
29 26 0.43
30 20 0.33
31 1 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.28, T:0.29
Consensus pattern (29 bp):
CGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGACACT
Found at i:4626 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 4590--5135 Score: 329
Period size: 30 Copynumber: 18.5 Consensus size: 29
4580 GTGAAATAGT
* *
4590 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTAAATATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* ** * *
4620 AATTTTTGGAGGTTT-AGGGGAAAAGTGT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
* *
4648 AATTTTT-TAGAGTTCGGAGG-TAAAAATGG
1 AATTTTTGGA-AGTT-TGAGGTTAAAAATGG
* * * *
4677 AATTCTTGGAAGTTTCGAGATCAAAAACGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* *
4707 -ATTTTATGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGG
1 AATTTT-TGGAAG-TTTGAGGTTAAAAATGG
* * * *
4737 AATTTTTGGATGTTTAAGGGTAAAAATATG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAAT-GG
* * * *
4767 ATTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
*
4796 AATTTTTGGAAGTTGTGAGGTCAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTT-TGAGGTTAAAAATGG
* *
4826 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTAAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* * * *
4856 AATTTTTGAAAATTTGAGGGTAAACATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATG-G
*
4886 -ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTT-AAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTGA-GGTTAAAAATGG
* * ** * *
4914 AATTTTTTGAAATTCAAGGGTAAAAATTTG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAA-TGG
* * * *
4944 ATTTTTTGTAAGTTCGAGG-GAAAAATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATG-G
* *
4973 -ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAAT-G
1 AATTTTTGGAAGTTTGA-GGTTAAAAATGG
* * *
5001 AATTTTTTTGGTAGTTTTG-GGGTCAAAATGG
1 AA--TTTTTGGAAG-TTTGAGGTTAAAAATGG
* * * * *
5032 AATTTTTAGAAATTTAAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
* *
5061 AATTTTTAGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* * * **
5091 AATTTTTGGAGGTTCGAGGGTAAAAATAT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
5120 AATTTTTGGATAGTTT
1 AATTTTTGGA-AGTTT
5136 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 94, Indels: 56
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.00
28 39 0.10
29 152 0.39
30 179 0.45
31 20 0.05
32 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
Found at i:4760 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 4590--5135 Score: 438
Period size: 89 Copynumber: 6.2 Consensus size: 89
4580 GTGAAATAGT
* * * * * * *
4590 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTAAATATG-GAATTTTTGGAGGTTTAGGGG--AAAAGTGTAATT
1 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGTAAAAATGTG-ATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATT
* **
4652 TTT-TAGAG-TTCGGAGGTAAAAATGG
65 TTTGGA-AGTTTAAG-GGTAAAAATGG
* * *
4677 AATTCTTGGAAGTTTCGA-GATCAAAAACG-GATTTTATGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAAT
1 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGT-AAAAATGTGATTTT-TGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAAT
* *
4740 TTTTGGATGTTTAAGGGTAAAAATATG
64 TTTTGGAAGTTTAAGGGTAAAAAT-GG
* * * *
4767 ATTTTTTGGAAG-TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTGTGAGGTCAAAAATGGAATTT
1 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTT
* *
4831 TTGAAAGTTT-CGAGGTAAAAAATGG
66 TTGGAAGTTTAAG-GGT-AAAAATGG
* * * * *
4856 AATTTTTGAAAATTT-GAGGGTAAACATGTGATTTTTGGAAGTTTTAGGGT-TAAAATGGAATTT
1 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTT
* * * *
4919 TTTGAAATTCAAGGGTAAAAATTTG
66 TTGGAAGTTTAAGGGTAAAAA-TGG
* * *
4944 ATTTTTTGTAAG-TTCGAGGG-AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAAT-GAATTT
1 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAA--T
* ** *
5006 TTTTGGTAGTTTTGGGGTCAAAATGG
64 TTTTGGAAGTTTAAGGGTAAAAATGG
* * * * * * *
5032 AATTTTTAGAAATTT-AAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTT
1 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTT
* ** **
5096 TTGGAGGTTCGAGGGTAAAAATAT
66 TTGGAAGTTTAAGGGTAAAAATGG
5120 AATTTTTGGATAGTTT
1 AATTTTTGGA-AGTTT
5136 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 73, Indels: 42
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
86 7 0.02
87 72 0.20
88 85 0.23
89 167 0.46
90 33 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (89 bp):
AATTTTTGGAAGTTTCGAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTT
TTGGAAGTTTAAGGGTAAAAATGG
Found at i:5111 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 4553--5135 Score: 418
Period size: 59 Copynumber: 9.9 Consensus size: 58
4543 AATGGGGATA
* * *
4553 AAAAATGGAATTTTTGGACA-TTCGGGGGT-GAAATAGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTCGAGGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGG-T
* * * * * *
4612 AAATATGGAATTTTTGGAGGTT-TAGGGGAAAAGTGTAATTTTT-TAGAG-TTCGGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGA-AGTTTC-GAGGT
* * * * * *
4669 AAAAATGGAATTCTTGGAAGTTTCGA-GATCAAAAACG-GATTTTATGGAAGTTTTGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT-AAAAATGTAATTTT-TGGAAGTTTCGAGGT
* ** * *
4728 CAAAAATGGAATTTTTGGATGTTTAAGGGTAAAAATATGATTTTTTGGAAG-TTCGAGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGT-AATTTTTGGAAGTTTCGA-GGT
* * * *
4788 AAAAATGTAATTTTTGGAAGTT-GTGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAG-GGT-AAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
* * * * * *
4847 AAAAAATGGAATTTTTGAAAATTTGAGGGTAAACATGTGATTTTTGGAAGTTT-TAGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGA-GGT
* * * * * * * *
4906 TAAAATGGAATTTTTTGAAATTCAAGGGTAAAAATTTGATTTTTTGTAAG-TTCGAGGG
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGT-AATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
** * * *
4964 AAAAATGTG-ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAATG-AATTTTTTTGGTAGTTTTGGGGT
1 AAAAATG-GAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAAAATGTAA--TTTTTGGAAGTTTCGAGGT
* * * ** *
5024 CAAAATGGAATTTTTAGAAATTTAAGGGTAAAAATGTAATTTTTAGAAGTTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
* *
5082 CAAAAATGGAATTTTTGGAGGTTCGAGGGTAAAAATATAATTTTTGGATAGTTT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGA-AGTTT
5136 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 88, Indels: 63
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
57 23 0.06
58 99 0.25
59 176 0.44
60 100 0.25
61 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (58 bp):
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
Done.