Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01000606.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111550, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 911

Length: 1519
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.15, T:0.30


Found at i:1008 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 986--1018  Score: 57
    Period size: 17  Copynumber: 1.9  Consensus size: 17

        976 TAGATTTATT

                             
        986 TTTAAAATTAAATTTAC
          1 TTTAAAATTAAATTTAC

                  *         
       1003 TTTAAATTTAAATTTA
          1 TTTAAAATTAAATTTA

       1019 AATTCATTTT


Statistics
Matches: 15,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
  17   15  1.00

ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.00, T:0.52


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAAATTAAATTTAC

Found at i:1012 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 986--1078  Score: 68
    Period size: 6  Copynumber: 16.0  Consensus size: 6

        976 TAGATTTATT

                   *           *                        * **       
        986 TTTAAA ATTAAA TTT-AC TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTCATT TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

                        *                     *        *  *         
       1033 TTTAAA TTT-AG TTTAAA TTTGAAA --TAAT TTTAAA CTTGAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

       1079 ATCAATTACA


Statistics
Matches: 64,  Mismatches: 18, Indels: 10
        0.70            0.20        0.11

Matches are distributed among these distances:
   4    2  0.03
   5    9  0.14
   6   50  0.78
   7    3  0.05

ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.03, T:0.49


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:1028 original size:41 final size:42

Alignment explanation


    Indices: 974--1057  Score: 125
    Period size: 41  Copynumber: 2.0  Consensus size: 42

        964 TTAGATGGGT

                *   *                                 
        974 TTTAGATTTATTTTTAAAATTAAATTTACTTTAAATTT-AAA
          1 TTTAAATTCATTTTTAAAATTAAATTTACTTTAAATTTGAAA

                              *         *             
       1015 TTTAAATTCATTTTTAAATTTAAATTTAGTTTAAATTTGAAA
          1 TTTAAATTCATTTTTAAAATTAAATTTACTTTAAATTTGAAA

             
       1057 T
          1 T

       1058 AATTTTAAAC


Statistics
Matches: 38,  Mismatches: 4, Indels: 1
        0.88            0.09        0.02

Matches are distributed among these distances:
  41   34  0.89
  42    4  0.11

ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.04, T:0.54


Consensus pattern (42 bp):   
TTTAAATTCATTTTTAAAATTAAATTTACTTTAAATTTGAAA

Found at i:1035 original size:24 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 986--1042  Score: 78
    Period size: 24  Copynumber: 2.4  Consensus size: 23

        976 TAGATTTATT

                  *       *        
        986 TTTAAAATTAAATTTACTTTAAA
          1 TTTAAATTTAAATTCACTTTAAA

                             *      
       1009 TTTAAATTTAAATTCATTTTTAAA
          1 TTTAAATTTAAATTCA-CTTTAAA

                      
       1033 TTTAAATTTA
          1 TTTAAATTTA

       1043 GTTTAAATTT


Statistics
Matches: 30,  Mismatches: 3, Indels: 1
        0.88            0.09        0.03

Matches are distributed among these distances:
  23   14  0.47
  24   16  0.53

ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.00, T:0.53


Consensus pattern (23 bp):   
TTTAAATTTAAATTCACTTTAAA

Found at i:1064 original size:17 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 1004--1077  Score: 64
    Period size: 17  Copynumber: 4.2  Consensus size: 18

        994 TAAATTTACT

                *             
       1004 TTAAATTTAAATTT-AAA
          1 TTAATTTTAAATTTGAAA

                *              
       1021 TTCATTTTTAAATTT-AAA
          1 TT-AATTTTAAATTTGAAA

              * *             
       1039 TTTAGTTTAAATTTGAAA
          1 TTAATTTTAAATTTGAAA

                       *     *
       1057 -TAATTTTAAACTTGAAT
          1 TTAATTTTAAATTTGAAA

                
       1074 TTAA
          1 TTAA

       1078 AATCAATTAC


Statistics
Matches: 45,  Mismatches: 9, Indels: 5
        0.76            0.15        0.08

Matches are distributed among these distances:
  17   24  0.53
  18   21  0.47

ACGTcount: A:0.43, C:0.03, G:0.04, T:0.50


Consensus pattern (18 bp):   
TTAATTTTAAATTTGAAA
Done.