Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000061.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110602, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 910
Length: 1518
ACGTcount: A:0.23, C:0.28, G:0.26, T:0.23
Found at i:86 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 38--290 Score: 190
Period size: 43 Copynumber: 5.9 Consensus size: 42
28 TCCGAGGTTT
*
38 CCGCACAACCTGGGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCTGAGACTC
1 CCGCACATCC-GGGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCTGAGACTC
* * * *
81 TCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCGGTGATGTCTGAGGCTC
1 CCGCACATCCG-GGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCTGAGACTC
* * * * **
124 CCGCACATCCAAGGTACCAAGGTTCCGGTGGTAT-TCGAGGGTC
1 CCGCACATCC-GGGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCT-GAGACTC
* * *
167 CCGTACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGGTGATGT-TCGAGGCTC
1 CCGCACATCCG-GGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCT-GAGACTC
* * * *
210 CAGCACATCCGAGACACCAAGGTACTGGTGGTGTTCGTG-G-CTC
1 CCGCACATCCG-GGCACCAAGGTGCCGGTGGTG-TC-TGAGACTC
* * * *
253 CTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCTGA
1 CCGCACATCC-GGGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCTGA
291 TGCAGTCGCA
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 31, Indels: 19
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.01
42 4 0.02
43 160 0.94
44 2 0.01
45 1 0.01
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
CCGCACATCCGGGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCTGAGACTC
Found at i:183 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 52--290 Score: 266
Period size: 86 Copynumber: 2.8 Consensus size: 86
42 ACAACCTGGG
* * * * *
52 CACCAAGGTGCCGGTGGT-GTCTGAGACTCTCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCGGTGATGTC
1 CACCAAGGTACCGGTGGTATTC-GAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGGTGATGTC
* *
116 TGAGGCTCCCGCACATCCAAGG
65 TGAGGCTCCAGCACATCCAAGA
* * * *
138 TACCAAGGTTCCGGTGGTATTCGAGGGTCCCGTACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGGTGATGT-T
1 CACCAAGGTACCGGTGGTATTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGGTGATGTCT
*
202 CGAGGCTCCAGCACATCCGAGA
66 -GAGGCTCCAGCACATCCAAGA
* * * * * * * *
224 CACCAAGGTACTGGTGGTGTTCGTGGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTGTCT
1 CACCAAGGTACCGGTGGTATTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGGTGATGTCT
289 GA
66 GA
291 TGCAGTCGCA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.01
86 123 0.97
87 3 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.31, T:0.20
Consensus pattern (86 bp):
CACCAAGGTACCGGTGGTATTCGAGGCTCCCGCACATCCGAGGCACCAAGGTGCCGGTGATGTCT
GAGGCTCCAGCACATCCAAGA
Found at i:252 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 50--284 Score: 314
Period size: 129 Copynumber: 1.8 Consensus size: 129
40 GCACAACCTG
* * * *
50 GGCACCAAGGTGCCGGTGGTGTCTGAGACTCTCGCACATCCGAGGCACCAGGGTGCCGGTGATGT
1 GGCACCAAGGTGCCGGTGATGTCTGAGACTCTCGCACATCCGAGACACCAAGGTACCGGTGATGT
* * *
115 CTGAGGCTCCCGCACATCCAAGGTACCAAGGTTCCGGTGGTATTCGAGGGTCCCGTACATCCGA
66 CTGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTATTCGAGGGTCCCGTACATCCGA
* * *
179 GGCACCAAGGTGCCGGTGATGT-TCGAGGCTC-CAGCACATCCGAGACACCAAGGTACTGGTGGT
1 GGCACCAAGGTGCCGGTGATGTCT-GAGACTCTC-GCACATCCGAGACACCAAGGTACCGGTGAT
* *
242 GT-TCGTGGCTCCTGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGT
64 GTCT-GAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGT
285 GTCTGATGCA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 12, Indels: 6
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
128 3 0.03
129 88 0.97
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.32, T:0.19
Consensus pattern (129 bp):
GGCACCAAGGTGCCGGTGATGTCTGAGACTCTCGCACATCCGAGACACCAAGGTACCGGTGATGT
CTGAGGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGGTATTCGAGGGTCCCGTACATCCGA
Found at i:1096 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 926--1505 Score: 529
Period size: 86 Copynumber: 6.9 Consensus size: 86
916 TTTTTTGGGG
* * * * * *
926 CGATAGTGTCCCATGCTCCCGTACAT-GCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGACGGTCCCG
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCG-AAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCG
* * *
990 CACCACCATCAGCTTAAGTTAT
65 CACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * *
1012 CGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTGCCGATACTTCCTGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
* * ** * *
1077 ACCACCGTGGGTTTGAGTTAT
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * *
1098 CGATGGTGTCCGATGCTCTCGCACATCCAAGG---C--GATG--G--A--TCCCGATGGTCTCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
* *
1152 ACCACCGTCAGCCTAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * * * *
1173 CGATAGTGTCCGACGCTCTCGCACATCCAAGGCACTAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
* *
1238 ACCACCATTGGCCTAAGTTAT
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* ** * * *** * ** *
1259 CGATTGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCATCAAGGTGCCGATGGATCCCTATTATCCCAC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
*
1324 ACCACCATCGACCTAAGTTAC
66 ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
* * * * *
1345 CGATGGTGTCTGATGCTCCCACACATCGAAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGT
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
*
1410 ACCACCATCGGCCTCAA-TTGC
66 ACCACCATCGGCCT-AAGTTAC
** * **
1431 CGATGGTGTCCGATGCTCCCTTACATCGAAGGCACCATGGTTTCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
*
1496 ATCACCATCG
66 ACCACCATCG
1506 ACCTCAATTG
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 76, Indels: 26
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
75 58 0.14
77 1 0.00
79 1 0.00
80 3 0.01
81 3 0.01
82 1 0.00
83 1 0.00
86 334 0.82
87 3 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.33, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (86 bp):
CGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGC
ACCACCATCGGCCTAAGTTAC
Found at i:1207 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 976--1448 Score: 473
Period size: 161 Copynumber: 2.9 Consensus size: 161
966 TACCGATGCT
* * * * * *
976 TCCCGACGGTCCCGCACCACCATCAGCTTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCGA
1 TCCCGACGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGACGCTCCCGCACATCCA
* * * ** *
1041 AGGCACCATGGTGCCGATACTTCCTGATGGTCCCGCACCACCGTGGGTTTGAGTTATCGATGGTG
66 AGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGGGCCTAAGTTATCGATGGTG
1106 TCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCGATGGA
131 TCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCGATGGA
* * * *
1137 TCCCGATGGTCTCGCACCACCGTCAGCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGACGCTCTCGCACATCCA
1 TCCCGACGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGACGCTCCCGCACATCCA
* * * * *
1202 AGGCACTAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTATCGATTGTG
66 AGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGGGCCTAAGTTATCGATGGTG
*
1267 TCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCATCAAGGTGCCGATGGA
131 TCCGATGCTCTCGCACAT------C--CAA-G-G-CGATGGA
* *** * * * * * *
1309 TCCCTATTATCCCACACCACCATC-GACCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCACACATCG
1 TCCCGACGGTCCCGCACCACCATCAG-CCTAAGTTACCGATAGTGTCCGACGCTCCCGCACATCC
* * * * **
1373 AAGGCACCATGGTGTCGATACTTCCCGATGGTCCCGTACCACCATCGGCCTCAA-TTGCCGATGG
65 AAGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGGGCCT-AAGTTATCGATGG
1437 TGTCCGATGCTC
129 TGTCCGATGCTC
1449 CCTTACATCG
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 42, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 126 0.49
167 1 0.00
169 3 0.01
170 1 0.00
171 2 0.01
172 122 0.47
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.33, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (161 bp):
TCCCGACGGTCCCGCACCACCATCAGCCTAAGTTACCGATAGTGTCCGACGCTCCCGCACATCCA
AGGCACCAAGGTGCCGATACTTCCCGATGGTCCCGCACCACCATGGGCCTAAGTTATCGATGGTG
TCCGATGCTCTCGCACATCCAAGGCGATGGA
Found at i:1272 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1139--1282 Score: 109
Period size: 43 Copynumber: 3.3 Consensus size: 43
1129 GCGATGGATC
* * *
1139 CCGATGGTCTCGCACCACCGTCA-GCCTAAGTTACCGATAGTGT
1 CCGATGGTCTCGCACCACCAT-AGGCCTAAGTTATCGATTGTGT
* * * *
1182 CCGACGCTCTCGCA-CATCCA-AGGCACTAAGGTGTCGA-TGCT-T
1 CCGATGGTCTCGCACCA-CCATAGGC-CTAAGTTATCGATTG-TGT
* *
1224 CCCGATGGTCCCGCACCACCATTGGCCTAAGTTATCGATTGTGT
1 -CCGATGGTCTCGCACCACCATAGGCCTAAGTTATCGATTGTGT
* *
1268 CCGATGCTCTTGCAC
1 CCGATGGTCTCGCAC
1283 ATCCAAGGCA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 16, Indels: 18
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 6 0.08
43 61 0.80
44 8 0.11
ACGTcount: A:0.19, C:0.33, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (43 bp):
CCGATGGTCTCGCACCACCATAGGCCTAAGTTATCGATTGTGT
Found at i:1362 original size:247 final size:247
Alignment explanation
Indices: 926--1377 Score: 566
Period size: 247 Copynumber: 1.8 Consensus size: 247
916 TTTTTTGGGG
* * *
926 CGATAGTGTCCCATGCTCCCGTACATGCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGACGGTCCCGC
1 CGATAGTGTCCCACGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGACGGTCCCGC
* * * *
991 ACCACCATCAGCTTAAGTTATCGATGGTGTTCGATGCTCCCGCACATCGAAGGCACCATGGTGCC
66 ACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCC
* * * * * *** * * * *
1056 GATACTTCCTGATGGTCCCGCACCACCGTGGGTTTGAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCTCGCA
131 GATACTCCCTGATGATCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACA
1121 CATCCAAGGCGATGGATCCCGATGGTCTCGCACCACCGTCAGCCTAAGTTAC
196 CATCCAAGGCGATGGATCCCGATGGTCTCGCACCACCGTCAGCCTAAGTTAC
* * * ** *
1173 CGATAGTGTCCGACGCTCTCGCACATCCAAGGCACTAAGGTGTCGATGCTTCCCGATGGTCCCGC
1 CGATAGTGTCCCACGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGACGGTCCCGC
** * ** *
1238 ACCACCATTGGCCTAAGTTATCGATTGTGTCCGATGCTCTTGCACATCCAAGGCATCAAGGTGCC
66 ACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCC
* *
1303 GATGGA-TCCCT-ATTATCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCTGATGCTCCCA
131 GAT--ACTCCCTGATGATCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCA
*
1366 CACATCGAAGGC
194 CACATCCAAGGC
1378 ACCATGGTGT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 34, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
247 164 0.97
248 4 0.02
249 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.32, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (247 bp):
CGATAGTGTCCCACGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTACCGATGCTTCCCGACGGTCCCGC
ACCACCATCAGCCTAAGTTATCGATGGTGTCCGATGCTCCCGCACATCCAAGGCACCAAGGTGCC
GATACTCCCTGATGATCCCACACCACCATCGACCTAAGTTACCGATGGTGTCCGATGCTCCCACA
CATCCAAGGCGATGGATCCCGATGGTCTCGCACCACCGTCAGCCTAAGTTAC
Done.