Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000610.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111562, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 908
Length: 1514
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.24, T:0.28
Found at i:455 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 407--900 Score: 230
Period size: 30 Copynumber: 16.7 Consensus size: 29
397 AAGCGTTCGG
*
407 GGGTAAAATGGTAA-TTTTGAAAGTTTTA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGA
* *
435 GGGTCAAGAATGG-GATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGT-AA-AATGGTAATTTTTGAAAGTTTGA
* *
465 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
* * *
494 GGGTCAAAAATCAGT--TTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGT--AAAAT-GGTAATTTTTGAAAGTTTGA
* *
524 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
* * * *
554 -GGTCAAAAATGG-GATTTTTTAGAAGTTCGG
1 GGGT--AAAATGGTAATTTTTGA-AAGTTTGA
* * *
584 GGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
* * *
614 -GGTCAAAAATAG-AA-TTTTGGAAGTTTGG
1 GGGT--AAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGA
** * *
642 GGGTAAAATTATAATTTTTGGAAGGTTCG-
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
*
671 GGGTTAAAAATGG-GATTTTTGAAAGTTTGA
1 GGG-T-AAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGA
* * *
701 GGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCG-
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
* * * *
730 GGGTCAAAAATGGGATTTTTTGGAAGTTCGA
1 GGGT--AAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGA
* * * *
761 GGGTAAAATAGTAATTTTTGGTAGGTTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
* * * *
791 GGGTAAAAAATGAG-ATTTTTTGGAAGTTCGG
1 GGGT--AAAATG-GTAATTTTTGAAAGTTTGA
* *
822 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-
1 GGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTTGA
*
851 GGGTTAAAAAT-G-AGATTTTTGAAAGTTCGA
1 GGG-T-AAAATGGTA-ATTTTTGAAAGTTTGA
*
881 GGGTGAAATGGTAATTTTTG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTG
901 GATGGTTTAG
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 60, Indels: 87
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.02
28 33 0.09
29 117 0.32
30 131 0.36
31 60 0.17
32 13 0.04
33 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.04, G:0.31, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTTGA
Found at i:515 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 401--907 Score: 649
Period size: 59 Copynumber: 8.6 Consensus size: 59
391 AATTTCAAGC
* * * ** * *
401 GTTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGAAAGTTTTAGGGTCAAGAATGGGATTTTTGGAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAA
* * *
459 GTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATCAGTTTTTTGGAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAA
* * *
518 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTAGAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGA-TTTTTGGAA
* * * *
578 GTTCGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAAT-AGAATTTTGGAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAA
* * ** * * *
636 GTTTGGGGGTAAAATTATAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGAAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAA
* * *
695 GTTTGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTTGGAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGA-TTTTTGGAA
* * *
755 GTTCGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGTAGGTTCGAGGGTAAAAAATGAGATTTTTTGGAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG-GGGTCAAAAATGAGA-TTTTTGGAA
* * *
816 GTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAA
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAA
* *
875 GTTCGAGGGTGAAATGGTAATTTTTGGATGGTT
1 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT
908 TAGGGACCTC
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 46, Indels: 9
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 66 0.17
59 170 0.43
60 107 0.27
61 55 0.14
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.31, T:0.35
Consensus pattern (59 bp):
GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAA
Found at i:705 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 401--907 Score: 752
Period size: 177 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
391 AATTTCAAGC
* * ** * *
401 GTTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTT-GAAAGTTTTAGGGTCAAGAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
1 GTTCGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTG
* * * * *
464 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATCAGTTTTTTGGAAGTTCGAGGGTA
66 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAAGTTCGAGGGTA
529 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTAGAA
131 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTAGAA
*
578 GTTCGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGA-GGTCAAAAAT-AGAATTTTGGAAGTTTG
1 GTTCGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTG
** * *
641 GGGGTAAAATTATAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGAAAGTTTGAGGGTA
66 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAAGTTCGAGGGTA
* * *
706 AAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTTGGAA
131 AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTAGAA
* * * *
755 GTTCGAGGGTAAAATAGTAATTTTTGGTAGGTTCGAGGGTAAAAAATGAGATTTTTTGGAAGTTC
1 GTTCGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGGTCAAAAATGAGA-TTTTTGGAAGTTT
820 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
65 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAAGTTCGAGGGT
* *
885 GAAATGGTAATTTTTGGATGGTT
130 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT
908 TAGGGACCTC
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 31, Indels: 7
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
177 170 0.58
178 22 0.07
179 10 0.03
180 92 0.31
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.31, T:0.35
Consensus pattern (179 bp):
GTTCGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTG
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGAGATTTTTGAAAGTTCGAGGGTA
AAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTAGAA
Done.