Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000611.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111563, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2513
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.40
Found at i:375 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 1--2512 Score: 2830
Period size: 216 Copynumber: 11.7 Consensus size: 216
* * * * * * *
1 TTGTCTTTGAATTAAAATCTTATTTTTGTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTCTTAGAT-GTACAT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTT-GGTCGAACTT
* * * * * *
65 CTGAACTGGTAAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTAGGATCCTTAAAGCATTCAAAACAATC
65 CTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATC
* * * *
130 CATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATTCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCTGAATAGT
130 CATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT
195 TTGTCATTTTGTAAA-ACACTTT
195 TTGTCATTTTGTAAACA-ACTTT
* *
217 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTAAGAATTGTTTGTCGATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
* * * * *
282 TGAACTTGTCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCC
66 TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
* * * ** * * *
347 CTTACTTTGAGGAATTTCCCGAACATTCCATGCTTGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAGTAGTT
131 ATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
*
412 TCTCATTTTGTAAACAACTTT
196 TGTCATTTTGTAAACAACTTT
** * ** * * *
433 TTACCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGGGAATTGTTTGCCTCA-TGGTCCTTCG-CTGAACT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTCCTTGGTC-GAACT
* ** * *
496 T-TCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTGAATAACATAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
64 TCT-GAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGA
* * * * *
560 TCCATTCCTTCG-GGCAATTTTTTGAGCATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCGTTTGGTCCAATT
128 TCCATTCCTTCGAGG-AATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
624 AGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
192 AGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
* * * * * * *
649 TTGTATTTGAATTAGAAACTTATTTTGGTGAGAATTATTTGTCTTTTGGTTCTTGGACGAACATC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
* * *
714 CGAAC-TGTTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTA-G-TCACCTAAAGTATTCAAAACGAT
66 TGAACTTG-TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTC-CTTAAAGTATTCAAAACGAT
* * * * * * * *
776 GCA-TCCGTTCGAGAAATTTTTCGAACATTACATTCTCGAGAAATTGTAACATTTGGTCAAAATA
129 CCATTCC-TTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA
840 GTTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTT
193 GTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTT
*
864 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
** * * * * *
929 TGAACTCT-TCAATGTTTTACGAGTTCTTTTATAAGTTCGATTCCTTAAAGTATTC-AAGCTAAT
66 TGAACT-TGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAAC-GAT
* * * **
992 CCCTTACTTTGAGGAATTTCCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
129 CCATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
*
1057 TTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
194 TTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
* *
1080 TTGTCTTTGAATT-AATACTTATTTAT-GTGAGAATTGTTTGTCTCA-TGGTTCTTGGTCGAACT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT-TGGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTCCTTGGTCGAACT
** * ** *
1142 TCCAAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAAAAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGAT
64 TCTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGAT
* * * * * * *
1207 CCATTCCTTCGAGCAGTTTTTCGAAAATTCAAAGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAATTAG
129 CCATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
1272 TTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
194 TTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
* * * * *
1295 TTGTCTTTGAATT-AAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCT-TTGGGTTCTTGGACAAACAT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATT-GGTCCTTGGTCGAACTT
* * * * * *
1358 CTGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATATCTTA-GTTACATAAAGTATTCAAAACGATG
65 CTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATC
* * * * * * * *
1422 CATTCGTTCGA-GAAATTTTCAGAACATTACATTCTCGGGAAATCGTAACATTTGGTCAAAATAG
130 CATTCCTTCGAGGAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
1486 TTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTT
194 TTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTT
* * *
1509 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTTTATTGGTCCTTGGTCAAACTTT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
* * * *
1574 TGAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCC
66 TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
* * * * *
1639 CTTACTTTGA-GATATTTGTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAGAGT
131 ATTCCTTCGAGGA-ATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT
* *
1703 TTCTCAATTTGTAAACAACTTT
195 TTGTCATTTTGTAAACAACTTT
* * * * *
1725 TTGTCTTTGAATT-AAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAACATC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
* * * *
1789 CGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATGC
66 TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
* * * * *
1854 ATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATTCTCGTGAAATCGTATCATTTGGTC-ATAATAGT
131 ATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTA-AATAGT
*
1918 TTGTCATTTTGTAAA-ACACTGT
195 TTGTCATTTTGTAAACA-ACTTT
* * * *
1940 TTATCTTTAAATTAAAAACTTATTTTGGTAAGAATTGTTTGTCGATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
* * *
2005 TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCC
66 TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
* * * ** * * *
2070 CTTACTTTGAGGAATTTCCCAAACATTCCATGCTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAGTAGTT
131 ATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* *
2135 TCTCATTTTGTAAATAACTTT
196 TGTCATTTTGTAAACAACTTT
** * *
2156 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGGGAATTGTTTGCCTCA-TGGTCCTTGG-CTGAACT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTCCTTGGTC-GAACT
* * * * ** * * **
2219 TCCGAACTTGTCAAAGTTTTATGTGTTCTTGAATAACATAGGTTCCTTACAGTATTCAGGACGAT
64 TCTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGAT
* * * * * * * *
2284 CCATTCCTTCG-GGCAATTTTTTGAAAATTCCATGGTCAAGAAGTCGCCTCATTTGGTCCAATTA
129 CCATTCCTTCGAGG-AATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA
2348 GTTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
193 GTTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
* * * * * * * *
2372 TTGTATTTGAATTAGAAACTTATTTTGGTGAGAATTATTTATCTTTTGGTTCTTGGACGAACATC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
* * * * * *
2437 CGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTACCTTAAAGTATTCAAAATGATGC
66 TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
2502 ATTCCTTCGAG
131 ATTCCTTCGAG
2513 A
Statistics
Matches: 1915, Mismatches: 334, Indels: 93
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
213 7 0.00
214 109 0.06
215 689 0.36
216 1090 0.57
217 20 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (216 bp):
TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTC
TGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
ATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
TGTCATTTTGTAAACAACTTT
Found at i:982 original size:431 final size:431
Alignment explanation
Indices: 1--2499 Score: 2828
Period size: 431 Copynumber: 5.8 Consensus size: 431
* ** * * ** *
1 TTGTCTTTGAATTAAAATCTTATTTTTGTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTCTTAGATGTACATC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTT-GGCGAACATC
* * * * *
66 TGAACTGGTAAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTAGGATCCTTAAAGCATTCAAAACAATCC
65 CGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
* * * **
131 ATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATTCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCTGAATAGTT
130 ATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTT
* *
196 TGTCATTTTGTAAAACACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTAAGAATTGTTTGTCG
195 TGTCATTTTGTAAAACACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCT
* * * * *
261 ATTGGTCCTTGGTCGAACTTCTGAACTTGTCGAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCC
260 TTTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTTCC
* * * * * * *
326 TTAAAGTATTCAAGATGATCCCTTACTTTGAGGAATTTCCCGAACATTCCATGCTTGAGAAATCA
325 TTAAAGTATTCAAAATGATCCCATACTTCGAGAAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCG
*
391 CATCATTTGGTCTAAGTAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
390 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
** * * * * * *
433 TTACCATTGAATTAAAAACTTATTTACGTGGGAATTGTTTGCCTCA-TGGTCCTTCGCTGAACTT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTCCTTGGC-GAACAT
* * * * ** * *
497 TCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTGAATAACATAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATC
64 CCGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATC
* * ** * * *
562 CATTCCTTCGGGCAATTTTTTGAGCATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCGTTTGGTCCAATTAGT
129 CATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGT
* * *
627 TTGTCATTTTGT-AAACAACTTTTTGTATTTGAATTAGAAACTTATTTTGGTGAGAATTATTTGT
194 TTGTCATTTTGTAAAAC-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGT
* * * *
691 CTTTTGGTTCTTGGACGAACATCCGAAC-TGTTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTT-AG-
258 CTTTTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTG-TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGT
* * * * * * *
753 TCACCTAAAGTATTCAAAACGAT-GCATCCGTTCGAGAAATTTTTCGAACATTACATTCTCGAGA
322 TC-CTTAAAGTATTCAAAATGATCCCATAC-TTCGAGAAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGA
* * * * *
817 AATTGTAACATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTT
385 AATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACA-ACTTT
* * *
864 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGG-CGAACATC
* ** * ** * * * * *
929 TGAACTCTTCAATGTTTTACGAGTTCTTTTATAAGTTCGATTCCTTAAAGTATTC-AAGCTAATC
65 CGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAAC-GATC
* * * * * *
993 CCTTACTTTGAGGAATTTCCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT
129 CATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGT
* *
1058 TTCTCATTTTGT-AAACAACTTTTTGTCTTTGAATT-AATACTTATTTAT-GTGAGAATTGTTTG
194 TTGTCATTTTGTAAAAC-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT-TGGTGAGAATTGTTTG
** * * * ** *
1120 TCTCATGGTTCTTGGTCGAACTTCCAAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAAAAACTT-AGG
257 TCTTTTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCA-G
* * * * * * * *
1184 TTCCTTAAAGTATTCAAAACGAT-CCATTCCTTCGAGCAGTTTTTCGAAAATTCAAAGCTCGAGA
321 TTCCTTAAAGTATTCAAAATGATCCCA-TACTTCGAGAAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGA
* * *
1248 AATCGCATCATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTT
385 AATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
* *
1295 TTGTCTTTGAATT-AAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCT-TTGGGTTCTTGGACAAACAT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATT-GGTCCTTGG-CGAACAT
* * * * *
1358 CTGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATATCTTA-GTTACATAAAGTATTCAAAACGATG
64 CCGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATC
* * * * * * * *
1422 CATTCGTTCGAGAAATTTTCAGAACATTACATTCTCGGGAAATCGTAACATTTGGTCAAAATAGT
129 CATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGT
1487 TTGTCATTTTGTAAAACACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGT-
194 TTGTCATTTTGTAAAACACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTC
* ** * *
1551 TTATTGGTCCTTGGTCAAACTTTTGAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTT
259 TT-TTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTT
* * * * *
1616 CCTTAAAGTATTCAAGATGATCCCTTACTTTGAGATATTTGTCGAACATTCCATGCTCGAGAAAT
323 CCTTAAAGTATTCAAAATGATCCCATACTTCGAGAAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGAAAT
* *
1681 CGCATCATTTGGTCTAAAGAGTTTCTCAATTTGTAAACAACTTT
388 CGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
* *
1725 TTGTCTTTGAATT-AAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAACATC
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGG-CGAACATC
*
1789 CGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATGC
65 CGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCC
* * *
1854 ATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATTCTCGTGAAATCGTATCATTTGGT-CATAATAGT
130 ATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCA-AATAGT
* * * *
1918 TTGTCATTTTGTAAAACACTGTTTATCTTTAAATTAAAAACTTATTTTGGTAAGAATTGTTTGTC
194 TTGTCATTTTGTAAAACACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTC
** * *
1983 GATTGGTCCTTGGTCGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTC
259 TTTTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTTC
* * * * * *
2048 CTTAAAGTATTCAAGATGATCCCTTACTTTGAGGAATTTCCCAAACATTCCATGCTCGAGAAATC
324 CTTAAAGTATTCAAAATGATCCCATACTTCGAGAAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATC
* * *
2113 ACATCATTTGGTCTAAGTAGTTTCTCATTTTGTAAATAACTTT
389 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
* * * *
2156 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGGGAATTGTTTGCCTCA-TGGTCCTTGGCTGAACTT
1 TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTCCTTGGC-GAACAT
* * * * * ** * * **
2220 CCGAACTTGTCAAAGTTTTATGTGTTCTTGAATAACATAGGTTCCTTACAGTATTCAGGACGATC
64 CCGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATC
* * ** * * * * * *
2285 CATTCCTTCGGGCAATTTTTTGAAAATTCCATGGTCAAGAAGTCGCCTCATTTGGTCCAATTAGT
129 CATTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGT
* * * *
2350 TTGTCATTTTGT-AAACAACTTTTTGTATTTGAATTAGAAACTTATTTTGGTGAGAATTATTTAT
194 TTGTCATTTTGTAAAAC-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGT
* * * * *
2414 CTTTTGGTTCTTGGACGAACATCCGAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTT-AGGT
258 CTTTTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCA-GT
*
2478 ACCTTAAAGTATTCAAAATGAT
322 TCCTTAAAGTATTCAAAATGAT
2500 GCATTCCTTC
Statistics
Matches: 1756, Mismatches: 277, Indels: 68
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
429 100 0.06
430 421 0.24
431 699 0.40
432 534 0.30
433 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (431 bp):
TTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCGAACATCC
GAACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCA
TTCCTTCGAGAAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTT
GTCATTTTGTAAAACACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTGTTTGTCTT
TTGGTCCTTGGTCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTTCCT
TAAAGTATTCAAAATGATCCCATACTTCGAGAAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGC
ATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTT
Done.