Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006114.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120630, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 884
Length: 1474
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.15, T:0.41
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:170 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 132--192 Score: 122
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
122 ACTTTTGGCC
132 TTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATTG
1 TTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATTG
163 TTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATT
1 TTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATT
193 TGTAAAAACT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 30 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (31 bp):
TTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATTG
Found at i:904 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 207--1474 Score: 1346
Period size: 216 Copynumber: 5.9 Consensus size: 215
197 AAAACTTATG
* * * *
207 AACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAATTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCAT
1 AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * *
272 TCCTTCGAGTAATTTTTCGAACCTTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTCGTCCAAATAGTTTG
66 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTG
* * * * * *
337 TCATTTGTAAACTACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAAAATTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTT
131 TCATTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTGAATT--AAAAACTTATTTAAGTCAGAATTGTTTCTCTT
* **
402 TTGGTTCTTGGATAAACTTATG
194 TTGGTTCTTGGATGAACTTACA
* * * * * * * * *
424 AGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCTTTAAAATGTTCAAAACGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * * * * * **
489 TCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCTAAACGGTTTG
66 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTG
** * *
554 TCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTGCA-TCAG-ATTGTTTCTCT
131 TCA--TTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTGAATTAAAAACTTATTT-AAGTCAGAATTGTTTCTCT
**********
616 TTTGGTTCTTGGANNNNNNNNNN
193 TTTGGTTCTTGGATGAACTTACA
* *
639 AACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * *
704 TCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
66 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTG
* * * *
769 TCATTTGTAAACAACTTTTGGGTGTTAAATTAAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTT
131 TCATTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTGAATT-AAAAACTTATTTAAGTCAGAATTGTTTCTCTTT
*
834 TGGTTCTTGGATGAACTTACG
195 TGGTTCTTGGATGAACTTACA
* * * * * *
855 AGCTTGTCAAAATAATATGAGTTCTTTTTTAACTTTGATTCCTTAAAGTATTC-AGAACGATCCA
1 AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAG-ACGATCCA
* * * * * *
919 TTCTTTTGAGCAATTTTTCGAGCATTCAATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA-CGATT
65 TTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAG-TT
* * * * *
983 TGTCATTTTTCAACCAACTTTT-GGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGAATTATATCTC
129 TGTCATTTGT-AAACAACTTTTGGGT-TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTCAGAATTGTTTCTC
*
1047 TTTTGGTTCTTGG-TCGAACTTCCA
192 TTTTGGTTCTTGGAT-GAACTTACA
* * * * *
1071 AACTTGTCAAACTTTTTCAAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* *
1136 TTCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAAT-GCTTT
66 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAG-TTT
* * *
1200 GTCATTTTGTAAACAACTTTT-GGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTATGTCAGAATTATTTCTCT
130 GTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGGT-TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTCAGAATTGTTTCTCT
*
1264 TTTGGTTCTTGGATGAACTTCCA
193 TTTGGTTCTTGGATGAACTTACA
* * * * * *
1287 AACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACATTGGTTCCTTAACGTATTCATGGCGATCCAT
1 AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * *
1352 TCCTTCGAGCCATTTTTCGAACTTTCCATGCTCGGGAATTCGCATCATTTGGTCCAAAT-GCTCT
66 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAG-TTT
* * * *
1416 GTCATTTTGT-----ACTTTT-GGTCTTTGACTTTAAAATTTATTTACGTCAG-ATTGTTTCTCT
130 GTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGGT-TTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTCAGAATTGTTTCTCT
1474 T
193 T
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 151, Indels: 39
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
210 11 0.01
211 34 0.04
213 8 0.01
214 16 0.02
215 153 0.17
216 509 0.58
217 130 0.15
218 15 0.02
219 8 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (215 bp):
AACTTGTCAAACTATTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTG
TCATTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTCAGAATTGTTTCTCTTTT
GGTTCTTGGATGAACTTACA
Found at i:1049 original size:432 final size:428
Alignment explanation
Indices: 1--1463 Score: 1691
Period size: 432 Copynumber: 3.4 Consensus size: 428
* * * *
1 CTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTGTTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCA
1 CTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAGAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGCA
* * * *
66 TTCGATGCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGC
66 TTCAATGCTC-GGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGATTTGTCA-TTTT-T-AAAACTTTTGGT
* * * * * * * * * *
131 CTTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATTGTTTGAATTTAAAACATATTTGCATCATATTTGT
127 CTTTGAATTTAAAACTTATTTACGTCAGAAT-TAT--ATCT----C-T-TTTG-GT--T-CTTGG
** *** *
196 AAAAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAATTTTGGTTCCTTAAAGTATTCA
179 ACGAACTTCCAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCA
* * *
261 AGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACCTTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTCGTC
244 AGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTC
* * *
326 CAAATAGTTTGTCATTTGTAAACTACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAAAATTATTTAAGTGAGAC
309 CAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTAAATT-AAAAAACTTATTTAAGTGAGAC
* *
391 TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTT
373 TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTT
* * * * * *
447 CTTTTATAACTTCGATTCTTTAAAATGTTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCA
1 CTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAGAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGCA
* * * * *
512 TTCGATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCTAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGC
66 TTCAATGCTCG-GAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGATTTGTCA-TTTT-T-AAAACTTTTGGT
* * * * **********
577 CTTTGAATTTAAAACTTATTTGCATCAG-ATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGANNNNNNNNNNAA
127 CTTTGAATTTAAAACTTATTTACGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAA
641 CTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTC
192 CTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTC
*
706 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTC
257 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTC
*
771 ATTTGTAAACAACTTTTGGGTGTTAAATTAAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTG
322 ATTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTAAATTAAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTG
*
836 GTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATATGAGTT
387 GTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTT
* *
878 CTTTTTTAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAGAACGATCCATTCTTTTGAGCAATTTTTCGAGCA
1 CTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAGAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGCA
943 TTCAATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGATTTGTCATTTTTCAACCAACTTTTGGT
66 TTCAATGCTC-GGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGATTTGTCATTTTT-AA--AACTTTTGGT
* *
1008 CTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGTCGAACTTCCAAA
127 CTTTGAATTTAAAACTTATTTACGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAA
* * * * * *
1073 CTTGTCAAACTTTTTCAAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCATTT
192 CTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTC
*
1138 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAAT-GCTTTGT
257 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAG-TTTGT
* * * * * *
1202 CATTTTGTAAACAACTTTT-GGTCTTTGAATT-TAAAACTTATTTATGTCAGAATTATTTCTCTT
321 CA-TTTGTAAACAACTTTTGGGT-TTTAAATTAAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTT
* * * * **
1265 TTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
384 TTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTT
* * * * * * * *
1310 ATTTTATAACATTGGTTCCTTAACGTATTCATG-GCGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTTCGAAC
1 CTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCA-GAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGC
* * * * * *
1374 TTTCCATGCTCGGGAATTCGCATCATTTGGTCCAAATGCTCTGTCATTTTGT---ACTTTTGGTC
65 ATTCAATGCTC-GGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGATTTGTCATTTT-TAAAACTTTTGGTC
* *
1436 TTTGACTTTAAAATTTATTTACGTCAGA
128 TTTGAATTTAAAACTTATTTACGTCAGA
1464 TTGTTTCTCT
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 108, Indels: 39
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
427 35 0.04
429 3 0.00
430 4 0.00
431 205 0.23
432 465 0.52
433 25 0.03
435 1 0.00
436 4 0.00
437 1 0.00
438 1 0.00
442 2 0.00
444 2 0.00
445 2 0.00
446 149 0.17
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (428 bp):
CTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAGAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGCA
TTCAATGCTCGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGATTTGTCATTTTTAAAACTTTTGGTCTTT
GAATTTAAAACTTATTTACGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTG
TGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTT
GTAAACAACTTTTGGGTTTTAAATTAAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTC
TTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTT
Found at i:1317 original size:648 final size:647
Alignment explanation
Indices: 225--1410 Score: 1545
Period size: 648 Copynumber: 1.8 Consensus size: 647
215 AAACTTTTAC
* * * *
225 GAGTTCTTTTATAATTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTC
1 GAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTC
* * ** * *
290 GAACCTTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTCGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACTACTTT
66 GAACATTCAATGCTCAGGAAATCGCATCATTTCGTCCAAAGAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTT
* * * * *
355 TGGTTTTTAAATTAAAAAAAATTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATAAACT
131 TGGTCTTTAAATT-AAAAAAATTATTTAAGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGATAAACT
** * * * * *
420 TATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCTTTAAAATGTTCAAAACGAT
195 TACAAACTTGTCAAAATAATACAAGTTATTTTATAACTTCGATTCCTTAAAATATTCAAAACGAT
* * * * * *
485 CCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCTAAACGG
260 CCATTCCTTCGAGCAATATTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGC
* *
550 TTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTGCATCAGATTGTTTCTC
325 TTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATCAGATTATTTCTC
********** * * *
615 TTTTGGTTCTTGGANNNNNNNNNNAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTC
390 TTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACATTGGTTC
* *
680 CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATC
455 CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATC
*
745 GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTTTGGGTGTTAAATTAAAAAACTTA
520 GCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTTTGGGTGTTAAATTAAAAAACTTA
810 TTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATAT
585 TTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATAT
* * *
873 GAGTTCTTTTTTAACTTTGATTCCTTAAAGTATTC-AGAACGATCCATTCTTTTGAGCAATTTTT
1 GAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAG-ACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTT
* * * *
937 CGAGCATTCAATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGA-TTTGTCATTTTTCAACCAAC
65 CGAACATTCAATGCTCAGGAAATCGCATCATTTCGTCCAAA-GAGTTTGTCATTTGT-AAACAAC
* * * *
1001 TTTTGGTCTTTGAATT-AAAAACTTATTTACGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGG-TCGA
128 TTTTGGTCTTTAAATTAAAAAAATTATTTAAGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGAT-AA
* * ** * * * * **
1064 ACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTTCAAGTTATTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGAC
192 ACTTACAAACTTGTCAAAATAATACAAGTTATTTTATAACTTCGATTCCTTAAAATATTCAAAAC
* * * *
1129 GATCCATTTCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
257 GATCCATTCCTTCGAGCAATATTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
* * **
1194 TGCTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTATGTCAGAATTAT
322 CGCTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATCAG-ATTAT
1258 TTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACATT
385 TTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACATT
* * * * *
1323 GGTTCCTTAACGTATTCATGGCGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTTCGAACTTTCCATGCTCGGG
450 GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGG
*
1388 AATTCGCATCATTTGGTCCAAAT
515 AAATCGCATCATTTGGTCCAAAT
1411 GCTCTGTCAT
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 81, Indels: 12
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
646 10 0.02
647 186 0.41
648 235 0.52
649 20 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (647 bp):
GAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTC
GAACATTCAATGCTCAGGAAATCGCATCATTTCGTCCAAAGAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTT
TGGTCTTTAAATTAAAAAAATTATTTAAGTCAGAATTATATCTCTTTTGGTTCTTGGATAAACTT
ACAAACTTGTCAAAATAATACAAGTTATTTTATAACTTCGATTCCTTAAAATATTCAAAACGATC
CATTCCTTCGAGCAATATTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGCT
TTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTACATCAGATTATTTCTCT
TTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTATTTTATAACATTGGTTCC
TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCG
CATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTAAACAACTTTTGGGTGTTAAATTAAAAAACTTAT
TTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATAT
Done.