genome.fa.s6157.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01006157.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120706, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  227659

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24--1811	221	8.0	221	89	4	2721	34	13	17	34	1.89
1342--1383	20	2.1	20	90	0	66	21	23	0	54	1.44
900--1811	462	2.0	462	94	1	1587	33	13	17	35	1.89
13118--13144	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
21343--21371	13	2.1	14	93	6	51	41	0	3	55	1.17
21357--21409	23	2.4	22	75	6	61	45	1	1	50	1.23
22395--22419	8	3.1	8	100	0	50	12	0	12	76	1.04
22765--22804	6	6.7	6	97	0	71	17	17	35	30	1.93
29911--30180	51	5.5	51	80	10	330	30	13	23	32	1.93
29940--30017	39	2.0	39	92	0	129	30	11	23	34	1.90
29973--30228	102	2.5	101	84	3	244	30	12	22	33	1.92
33709--33981	40	6.8	41	78	4	281	27	16	23	32	1.96
33710--33980	80	3.4	80	85	2	332	27	16	23	32	1.96
33729--33980	120	2.1	120	87	2	371	26	18	23	32	1.97
42456--43068	77	7.9	75	83	4	647	33	23	16	26	1.96
42456--43014	154	3.6	155	86	2	716	33	23	16	26	1.96
42456--43069	231	2.6	231	85	3	804	33	23	16	26	1.96
42493--43065	39	14.8	40	71	9	179	33	23	16	26	1.96
51624--51705	41	2.0	41	92	0	137	21	20	14	42	1.88
56746--56820	22	3.4	22	76	10	82	45	0	0	54	0.99
57638--57726	11	8.6	11	77	18	86	48	0	0	51	1.00
57679--57720	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60636--60667	16	2.0	16	93	0	55	31	3	0	65	1.08
60796--60833	9	4.1	9	93	6	67	31	2	0	65	1.06
60796--60833	19	2.1	18	95	5	67	31	2	0	65	1.06
62629--62687	21	2.7	22	78	7	66	37	13	16	32	1.88
62673--62734	23	2.7	23	79	0	70	45	8	12	33	1.72
66554--66592	20	2.1	18	85	9	51	20	20	0	58	1.39
70434--70468	19	1.9	17	88	11	52	48	8	0	42	1.33
76106--76292	52	3.6	52	87	2	261	24	13	27	34	1.93
77914--77943	14	2.1	14	93	0	51	23	0	3	73	0.98
84965--85081	41	2.8	41	75	7	128	18	16	10	54	1.69
84952--85068	43	2.8	43	80	5	123	18	16	11	53	1.71
90434--90569	60	2.3	60	82	0	182	37	13	5	42	1.69
93178--93214	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
93776--93807	2	15.5	2	93	6	55	50	3	0	46	1.17
94861--94905	22	2.0	24	86	8	67	22	15	13	48	1.79
95912--95957	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
98246--98291	23	2.0	23	100	0	92	21	17	13	47	1.81
106776--106822	24	2.0	23	87	4	67	19	29	2	48	1.60
111724--111855	51	2.6	51	91	2	203	30	12	23	34	1.91
112494--112550	21	2.5	24	80	8	66	29	5	26	38	1.78
114502--114542	17	2.4	17	87	4	55	19	26	4	48	1.69
118199--118244	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122558--122587	5	6.0	5	100	0	60	40	0	60	0	0.97
126524--126573	25	2.0	25	100	0	100	52	8	16	24	1.70
131190--131237	24	2.0	24	87	4	69	64	2	2	31	1.16
131190--131238	25	2.0	25	84	8	64	65	2	2	30	1.15
138857--139086	113	2.0	113	93	1	390	43	8	17	29	1.79
139088--139113	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
139167--139207	14	2.7	16	77	14	50	43	0	0	56	0.99
144258--144305	24	2.0	24	91	0	78	33	37	4	25	1.75
152022--152061	18	2.2	19	86	13	57	72	5	0	22	1.04
162439--162480	16	2.5	17	76	11	50	54	2	7	35	1.41
163064--163099	10	3.7	10	85	7	56	22	0	0	77	0.76
163250--163305	18	3.1	18	77	10	53	39	3	1	55	1.28
166058--166241	93	2.0	94	88	3	273	25	14	22	38	1.92
178501--178548	19	2.6	17	75	12	51	18	8	2	70	1.22
184482--184526	12	3.7	12	82	5	54	51	4	0	44	1.21
184794--184831	19	2.0	19	89	0	58	31	0	0	68	0.90
187559--187592	17	2.1	17	89	10	54	32	0	5	61	1.20
187769--187793	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
192451--192498	18	2.7	18	76	0	51	20	29	22	27	1.99
197608--197736	66	2.0	66	92	0	213	41	20	13	24	1.88
204788--204867	10	7.7	11	75	8	53	57	2	1	38	1.20
205063--205087	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205054--205087	14	2.4	14	90	0	50	32	0	0	67	0.91
205663--205768	9	11.3	9	74	10	79	32	0	4	62	1.22
205682--205768	19	4.6	19	78	9	81	29	0	4	65	1.12
205682--205768	29	3.1	30	80	8	58	29	0	4	65	1.12
205725--205760	17	2.1	17	89	0	54	36	0	0	63	0.94
206093--206145	20	2.6	20	88	8	72	37	1	1	58	1.20
206108--206146	20	2.0	20	100	0	78	43	0	0	56	0.99
206133--206182	17	2.9	18	80	11	61	30	2	0	68	1.01
211579--211622	21	2.0	22	86	8	63	47	0	0	52	1.00
211582--211650	29	2.3	31	87	7	108	52	0	0	47	1.00
211582--211660	29	2.7	28	79	14	97	51	0	0	48	1.00
212478--212550	29	2.4	30	93	4	121	46	1	0	52	1.09
212512--212553	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
212503--212559	20	3.0	20	76	23	68	49	0	0	50	1.00
216092--216131	18	2.2	18	86	8	55	20	27	7	45	1.78
215996--216515	165	3.2	164	92	2	871	22	21	17	38	1.93
216257--216296	18	2.2	18	91	8	64	20	30	7	42	1.79
216422--216461	18	2.2	18	86	8	55	20	27	7	45	1.78
216918--216954	18	2.1	18	94	0	65	21	29	0	48	1.50
216918--216964	18	2.6	18	86	6	51	23	27	2	46	1.63
217236--217805	192	3.0	190	76	6	556	25	23	13	37	1.91
217806--218270	210	2.2	210	85	4	609	24	21	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218349--218410	18	3.4	18	86	4	81	29	29	6	35	1.82
218407--218441	18	1.9	18	94	0	61	20	11	20	48	1.79
220421--221148	213	3.5	195	86	9	988	27	26	15	30	1.96
221630--221670	18	2.3	18	86	0	55	24	29	9	36	1.87
221544--222785	198	6.5	197	88	4	1681	25	28	14	31	1.95
222219--222263	18	2.5	18	77	0	54	24	26	13	35	1.92
222257--222785	180	2.9	179	91	1	844	24	28	16	31	1.96
222471--223118	333	1.9	333	90	2	1043	24	28	15	30	1.96
222651--222938	153	1.9	153	89	2	445	23	27	17	31	1.97
222804--223350	198	2.9	181	79	11	604	25	28	14	31	1.95
223130--223170	18	2.3	18	87	8	57	19	34	14	31	1.92
223314--223357	18	2.4	18	80	0	52	22	38	9	29	1.85

Tables:   1

The End!