Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006287.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120859, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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569 ATCATTCCGG
* * *
579 ACTTCTCAAACTTTT-CTGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
1 ACTTGTCAAACTTTTAC-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * *
643 TCTTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTC-GAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTT
65 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGA-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * * *
707 ATCTTTTTATAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATGAAAAA-TATATTTACGTGATAATTGTTTCTCT
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT-TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * *
771 CTTGGTTCTTAGACGAACTTCCAA
193 CTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * *
795 ACTTG-AAAATTTTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCTA
1 ACTTGTCAAA--CTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCA
* * * * * * *
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64 TTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* * * *
923 TTTCATTTTGTAAACAAGTTTTAGTCTTTGAAGTAAAAACTTATTTA--TGTGAATTGTTTCTCT
128 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* *
986 CTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGG
193 CTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
** * * * *
1010 ACTTGTCAAACTTTTTTGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATCCAAGATGATTCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * * *
1075 CTTTCAAGCAA-TTTACTGAACATTTCATGCTCAGG-AAATTGCATCATCTGGTCAAAATA--AT
66 CCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
1136 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
** *
1201 TTGGTTCTAAGATGAAC-TTCAGA
194 TTGGTTCTTGGACGAACTTTC-GA
* *
1224 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGCTT-CTTAAACTATTCAAGATGATCCAT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * * *
1288 TCCTTCGAGCAA-TCTCCTGAACATTCCATGCTCGGAAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTAT
65 TCCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * **
1352 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTAATTTATGTGAGAATTGTTAGTCTC
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* * *
1417 TCGATTCTTGGACAAACTTTCGA
194 TTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * *
1440 ACTTGACAAACTTTTATGAATTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * *
1505 CCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACATTCTATGCTCATG-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
66 CCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * * *
1568 GTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTTACGTGAGAATTTTTTTTCT
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * * * *
1633 CTTGCTTCTTCGATGAACTTCCAA
193 CTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * * *
1657 ATTTATC-AACATTTTAGGTGTTCTTTTATAACTTCGG-T--TTAAAGTATT-ACGGACGATCCA
1 ACTTGTCAAAC-TTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCA-AGACGATCCA
** ** * **
1717 TTCCTTTAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCAAGGGAAATCAAATCATTTGGTCTAAATAGTTT
64 TTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * *
1782 GTTATTTTGTACAA-AAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTTT
129 GTCATTTTGTA-AACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
*
1846 CTTGGTTCTTGGACGAACTTTTGA
193 CTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
** * * * * *
1870 ACTTGAAAAATTTTTACGAGTTCTTCTATAACCTCGGTTCCTTAAAGCATTCAATACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * *
1935 CCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTACTTGCTCAGG-AAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTT
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* *
1999 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACCTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
* *
2064 TGGTTCTTGGACGAACATCCGA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * ** * *
2086 ACTTGTAAAAAATTTTGTGTGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCAT
1 ACTTGT-CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * * * * *
2151 TTCTTTGAGCAA-TTTTCTAAACATTCCATGCTTGGTAAATCTCATCATGTGGTCTAAATAGTTT
65 TCCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* *
2215 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGTATTGTTTCTCTC
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* *
2280 TTGGTTCTTAGAAGAACTTTCGA
194 TTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* *
2303 ACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * *
2368 CCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTAGG-AAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGG
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGC-TCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* ** * *
2432 TCATTTTGTAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAATGACTTATTTACGTGTGAATTATTTCTCTCT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
2497 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * *
2519 ACTTGTCAAAATTTTTCGAGTTCTTTTATAACCTT-GGTTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCAT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAA-CTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * *
2583 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAAAATT-CATGCTCGTG-AAATTGCATTATTTGGTCTAAATAGTTT
65 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCG-GAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * * *
2646 GTTATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATGGTTTCTCTC
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* *
2711 TTGGTTCTTGGATGAACTTTTGA
194 TTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * * *
2734 ATTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAAC-TCAGATTCCTTGAAGTATTCAAGACGATACAT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * *
2798 TCCTTCGAGGAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGG-AAATCGCATCATTTGGGCTAAATACTTT
65 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * * * * * *
2862 GTCATTTTGTAAACAAGTTCTAGTTTTTGAATTAGAAACTTATTTACATGAGAATTATTTCTCTT
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
*
2927 TTGGTTCTTGGAAGAAC-TTCGA
194 TTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* **
2949 ACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCCATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * ** * * * * *
3014 CCTTCGA--AATTTTTTTTGAAGATTTTTATTCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTT
66 CCTTCGAGCAA--TTTTTCGAACA-TTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTT
* *
3077 TGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
128 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* *
3142 ATTGGTGT-TTAGACGAACTTTCGA
193 CTTGGT-TCTTGGACGAACTTTCGA
* * * *
3166 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACAATCCACT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * *
3231 CCTTCGAGTAGTTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
* * * *
3296 CATTTTGTAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCAT
131 CATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* * * * *
3361 GGATCTTTGATGAACTTCCAA
196 GGTTCTTGGACGAACTTTCGA
** * * * * **
3382 ACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCATAAACTATTCAAGATTATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * *
3447 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCACGCTC-GAGAAATCACATCATCTGGTCTAAATAGTTTG
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGA-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * ** *
3511 TCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGTTAATCTAT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
* **
3576 TGGTTTTTGGATAAACTTTCGA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * *
3598 ACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * * * * * *
3663 CCTTCTAGCCACTTTCCAAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTCGGTTTGAACAGTTTGT
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
* ** * * *
3728 CATTTTTTAAAC---TTTTGGTCTTTGTCTTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGATTCTCTTTT
131 CATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* *
3790 GGTTCTTGGATGAACTTCCGA
196 GGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * * *
3811 ACTTGTCAAGCATTTATGAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTGAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * *
3876 CCTTCGAGGAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAAAA-CGCATCATTTGGTCGAAACAGTGTA
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* ** * * * * *
3940 CCATTTTGTAAATTAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGGGAGAATTGTTTCTATCT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
*
4005 TGGTTCTTGGACGAACTTTCAA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * ** *
4027 ACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCTTT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * * *
4092 CCTTCAAGCAGTTTTTCGAACATTCCATGGTCGGGAAATTGCTTCATCTAGTCTAAATAGTTTGT
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
* *
4157 CATTTTGTAAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-TTT-TCTCTT
131 CATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* * * *
4220 TGTTTTTTGATGAACTTTCGA
196 GGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * * * *
4241 ACTTGTCAAACTTTTACGAG-TCTTTTATAACTTTGGTTCGTTACACTTTTCAAGGCGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * *
4305 CCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTCCATGCTC-GAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTG
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGA-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * * *
4369 TCATTTTGTTAAC---TTTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTAT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
* * *
4431 TGTTTCTTGGATGAAC-TTCTAA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTC-GA
* * * *
4453 ACTTGTCAAACATTTATGAGTTCATTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * *
4518 CCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCCTACTTGGGAAAGT-GCATCATTTGGGCTAAGTAGTTTG
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGC-TCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * * * * *
4582 TCATTTTGTAAACTAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
4647 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
* * * ** * * *
4669 ACTTGTCAAACTTCTACCAGTTCCTTTATAGTTTCGGTACCTTAAAGTATTCAAGACGATACTTT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * ** * * *
4734 CGTTCGAGTAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTCAGAATTTCGTATCATTTTGTCTAAGTAGTATT-
66 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT-TTG
* *
4798 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
* *
4863 TGGTGT-TTGGAGGAACTTCCGA
195 TGGT-TCTTGGACGAACTTTCGA
* * *
4885 ACTTGTCAAACTTTTAC-ACGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTCAAAGTATTCTAGATGAT-CAT
1 ACTTGTCAAACTTTTACGA-GTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * * * * *
4948 TTCTTCGAGAAAATTGTCGAACATTCCTTG-T-GAAAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
65 TCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * ** * * *
5011 ACATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTACAATTAAAAACTTATTTACATGCGATTTGTTTC-C-CT
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
*
5074 CGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
195 TGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
** * *
5096 ACTCATAAAACTTTTACGAGTTCTTTTGTAACTTCG
1 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCG
Statistics
Matches: 3650, Mismatches: 610, Indels: 159
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
210 38 0.01
211 55 0.02
212 84 0.02
213 508 0.14
214 387 0.11
215 358 0.10
216 1735 0.48
217 481 0.13
218 2 0.00
219 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (216 bp):
ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
CATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
GGTTCTTGGACGAACTTTCGA
Found at i:2301 original size:863 final size:860
Alignment explanation
Indices: 579--5131 Score: 5099
Period size: 863 Copynumber: 5.3 Consensus size: 860
569 ATCATTCCGG
* * * *
579 ACTTCTCAAACTTTTCTGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTT-AGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * *
644 CTTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTC-GAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTA
65 CCTTCGAGTAA-TTTTCGAACATTCCATGCTCAG-GAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * * * *
708 TCTTTTTATAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATGAAAAA-TATATTTACGTGATAATTGTTTCTCTC
128 TCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT-TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* * * * **
772 TTGGTTCTTAGACGAACTTCCAAACTTGA-AAATTTTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTC
192 TTGGTTCTTTGATGAACTTCCAAA-TTTATCAA-CATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTT-
* * * * *
836 CTTAAAGTATTCAAGATGATCTATTCCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTTCATTCTC-AGGAAAT
254 CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGA-GAAAT
* * * * *
900 CACATCACTTGGTCTAACTAGTTT-TTCATTTTGTAAACAAGTTTTAGTCTTTGAAGTAAAAACT
318 CACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTT-ATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT
* * ** * **
964 TATTT--ATGTGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGGACTTGTCAAACTTTTTT
382 TATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTAC
* * * * * * * *
1027 GAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATCCAAGATGATTCATTCTTTCAAGCAATTTACT
447 GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCC
* * * * *
1092 GAACATTTCATGCTCAGGAAATTGCATCATCTGGTCAAAATA--ATGTCATTTTGTAAACAAGTT
512 GAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
** *
1155 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTAAGATGAACTT
577 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
* * *
1220 CAGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGCTT-CTTAAACTATTCAAGATGAT
642 CCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGAT
** *
1284 CCATTCCTTCGAGCAATCTCCTGAACATTCCATGCTCGGAAAATCACATCATTTGGTCAAAATAG
706 CCATTCCTTCGAGCAAT-TTTTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAG
* * * **
1349 TATGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTAATTTATGTGAGAATTGTTAGT
770 TTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* *
1414 CTCTCGATTCTTGGACA-AACTTTCGA
835 CTCTTGGTTCTTGGA-AGAACTTTCGA
* * *
1440 ACTTGACAAACTTTTATGAATTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTA-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * *
1505 CCTTCAAGCAATTTTCAGAACATTCTATGCTCATGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
65 CCTTCGAGTAATTTTC-GAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
* * * *
1570 CATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTTACGTGAGAATTTTTTTTCTCT
129 CATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
* * * *
1635 TGCTTCTTCGATGAACTTCCAAATTTATCAACATTTTAGGTGTTCTTTTATAACTTCGG-T-TTA
193 TGGTTCTTTGATGAACTTCCAAATTTATCAACATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCTTA
* * ** * *
1698 AAGTATT-ACGGACGATCCATTCCTTTAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCAAGGGAAATCAAA
258 AAGTATTCA-AGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACA
* *
1762 TCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTACAA-AAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTATT
322 TCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTA-AACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATT
* * ** *
1826 TACATGAGAATTGTTTCTTTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTTGAACTTGAAAAATTTTTACGAGT
386 TACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGT
* * * * * *
1891 TCTTCTATAACCTCGGTTCCTTAAAGCATTCAATACGATCCATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAAC
451 TCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAAC
* * * *
1956 ATTACTTGCTCAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG
516 ATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG
* * *
2021 CCTTTGAATTAAAAACCTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACATCCGA
581 TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGA
* * ** * *
2086 ACTTGTAAAAAATTTTGTGTGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCAT
646 ACTTGT-CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * * * * * * *
2151 TTCTTTGAGCAATTTTCTAAACATTCCATGCTTGGTAAATCTCATCATGTGGTCTAAATAGTTTG
710 TCCTTCGAGCAATTTT-TGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTG
* *
2216 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGTATTGTTTCTCTCT
774 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
*
2281 TGGTTCTTAGAAGAACTTTCGA
839 TGGTTCTTGGAAGAACTTTCGA
* *
2303 ACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTA-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * *
2368 CCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGT
65 CCTTCGAGTAA-TTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
** ** * *
2433 CATTTTGTAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAATGACTTATTTACGTGTGAATTATTTCTCTCTT
129 CATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* * * * * * * *
2498 GGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAAATTTTTCGAGTTCTTTTATAACCTT-GGTTCCTT
194 GGTTCTTTGATGAACTTCCAAATTTATCAACATTTTACGAGTTCTTTTATAA-CTTCGGTT-CTT
* * * * **
2562 AAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAAAATT-CATGCTCGTGAAATTGCA
257 AAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACA
* * *
2626 TTATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
322 TCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
* * *
2691 ACATGAGAATGGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAATTTGTCAAACTTTTACTAGTT
387 ACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * * * *
2756 CTTTTATAAC-TCAGATTCCTTGAAGTATTCAAGACGATACATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAAC
452 CTTTTATAACTTC-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAAC
* * * *
2820 ATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGGCTAAATACTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTCTAG
516 ATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG
* * * * * *
2885 TTTTTGAATTAGAAACTTATTTACATGAGAATTATTTCTCTTTTGGTTCTTGGAAGAACTT-CGA
581 TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGA
* **
2949 ACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCCATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
646 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* ** * *
3014 CCTTCGA--AATTTTTTTTGAAGATTTTTATTCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTT
711 CCTTCGAGCAA---TTTTTGAACA-TTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTT
* *
3077 TGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
772 TGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCT
* * *
3142 ATTGGTGT-TTAGACGAACTTTCGA
837 CTTGGT-TCTTGGAAGAACTTTCGA
* * * *
3166 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACAATCCACT
1 ACTTGTCAAACTTTTA-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * *
3231 CCTTCGAGTAGTTTTTCAAACATTCCATACTC-GGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
65 CCTTCGAGTA-ATTTTCGAACATTCCATGCTCAGG-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
** * * *
3295 TCATTTTGTAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCA
128 TCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCT
* * ** * * *
3360 TGGATCTTTGATGAACTTCCAAACTTGAAAAAC-TTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCA
193 TGGTTCTTTGATGAACTTCCAAA-TTTATCAACATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTT-CT
* ** * *
3424 TAAACTATTCAAGATTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCACGCTCGAGAAATCAC
256 TAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCAC
* *
3489 ATCATCTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATT
321 ATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATT
** ** * * * * *
3554 TATGTGAGAATTGTTAATCTATTGGTTTTTGGATAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTCTACGAGT
386 TACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGT
* * * * * * *
3619 TCTTTTATAACTTCAGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAGCCACTTTCCAAAC
451 TCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAAC
** * * * * *
3684 ATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTCGGTTTGAACAGTTTGTCATTTTTTAAAC---TTTTGG
516 ATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG
** * * * *
3746 TCTTTGTCTTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGATTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGA
581 TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGA
* * * * *
3811 ACTTGTCAAGCATTTATGAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTGAAAGTATTCAAGACGATCCATT
646 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * * **
3876 CCTTCGAGGAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAAAACGCATCATTTGGTCGAAACAGTGTAC
711 CCTTCGAGCAATTTTT-GAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTGT
** * * * * *
3941 CATTTTGTAAATTAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGGGAGAATTGTTTCTATCTT
775 CATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* *
4006 GGTTCTTGGACGAACTTTCAA
840 GGTTCTTGGAAGAACTTTCGA
* * ** *
4027 ACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCTTT
1 ACTTGTCAAACTTTTA-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * * * *
4092 CCTTCAAGCAGTTTTTCGAACATTCCATGGTCGGGAAATTGCTTCATCTAGTCTAAATAGTTTGT
65 CCTTCGAGTA-ATTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
*
4157 CATTTTGTAAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-TTT-TCTCTT
129 CATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* * * * * * *
4220 TGTTTTTTGATGAACTTTCGAACTTGTCAA-ACTTTTACGAG-TCTTTTATAACTTTGGTTCGTT
194 GGTTCTTTGATGAACTTCCAAATTTATCAACA-TTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTC-TT
* * * * *
4283 ACACTTTTCAAGGCGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTCCATGCTCGAGAAATCACA
257 AAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACA
* * * *
4348 TCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGT---TAACTTTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTT
322 TCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
* * * * * * * *
4410 ACGTGAGAGTTGTTTCTCTATTGTTTCTTGGATGAACTTCTAAACTTGTCAAACATTTATGAGTT
387 ACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* *
4475 CATTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACA
452 CTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACA
* * ** * * * * *
4540 TTCCCTACTTGGGAAAGT-GCATCATTTGGGCTAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAACTAGATTAGG
517 TTCCATGCTCAGGAAA-TCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGG
* * * *
4604 TCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGA
581 TCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGA
* * * ** * * *
4669 ACTTGTCAAACTTCTACCAGTTCCTTTATAGTTTCGGTACCTTAAAGTATTCAAGACGATACTTT
646 ACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * ** * * *
4734 CGTTCGAGTAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTC-AGAATTTCGTATCATTTTGTCTAAGTAGTATT
711 CCTTCGAGCAATTTTT-GAACATTCCATGCTCGGGAA-ATCACATCATTTGGTCAAAATAGT-TT
* *
4798 -TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTC
773 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* *
4862 TTGGTGT-TTGGAGGAACTTCCGA
838 TTGGT-TCTTGGAAGAACTTTCGA
* * * *
4885 ACTTGTCAAACTTTTACACGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTCAAAGTATTCTAGATGAT-CATT
1 ACTTGTCAAACTTTTAGA-GTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * * *
4949 TCTTCGAGAAAATTGTCGAACATTCCTTG-TGA-AAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGA
65 CCTTCGAG-TAATTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
** * * * *
5012 CATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTACAATTAAAAACTTATTTACATGCGATTTGTTTC-C-CTC
129 CATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
* * * * * * * *
5075 GGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTCAT-AAAACTTTTACGAGTTCTTTTGTAACTTCG
194 GGTTCTTTGATGAACTTCCAAATTTATCAACA-TTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCG
Statistics
Matches: 3125, Mismatches: 508, Indels: 123
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
854 2 0.00
855 290 0.09
856 19 0.01
857 30 0.01
858 491 0.16
859 36 0.01
860 147 0.05
861 493 0.16
862 336 0.11
863 712 0.23
864 525 0.17
865 43 0.01
866 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (860 bp):
ACTTGTCAAACTTTTAGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTC
CTTCGAGTAATTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCA
TTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGG
TTCTTTGATGAACTTCCAAATTTATCAACATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCTTAAAG
TATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACATCAT
TTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACAT
GAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTTGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTT
TATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCC
ATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTT
GAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTG
TCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
GAGCAATTTTTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTT
GTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
TGGAAGAACTTTCGA
Done.