Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006288.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_120860, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Alignment explanation
Indices: 585--2722 Score: 2556
Period size: 216 Copynumber: 9.9 Consensus size: 215
575 CCGGACTTCT
* * *
585 CAAACTTTT-CTGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTC
1 CAAACTTTTAC-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * * * * *
649 GAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTATCTTTT
65 AAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCG-GAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
* * *
714 TATAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATGAAAAA-TATATTTACGTGATAATTGTTTCTCTCTTGGTT
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT-TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
* * *
778 CTTAGACGAACTTCCAAACTTGA
193 CTTGGACGAACTTTCGAACTTGA
* * *
801 -AAATTTTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCTATTCCTT
1 CAAA--CTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTT
* * * * * *
865 CAAGCAATTTTTCGGACATTTCATTCTCAGGAAATCACATCACTTGGTCTAACTAGTTTTTCATT
64 CAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATT
* * *
930 TTGTAAACAAGTTTTAGTCTTTGAAGTAAAAACTTATTTA--TGTGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
128 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
* * *
993 CTTGGACGAACTTCCGGACTTGT
193 CTTGGACGAACTTTCGAACTTGA
** * * * * *
1016 CAAACTTTTTTGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATCCAAGATGATTCATTCTTTCA
1 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* * ** * * *
1081 AGCAA-TTTACTGAACATTTCATGCTCAGGAAATTGCATCATCTGGTCAAAATA--ATGTCATTT
66 AGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTC-GGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
1143 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
** * *
1208 TAAGATGAAC-TTCAGAACTTGT
194 TTGGACGAACTTTC-GAACTTGA
* *
1230 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGCTT-CTTAAACTATTCAAGATGATCCATTCCTTC
1 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * * *
1294 GAGCAA-TCTCCTGAACATTCCATGCTCGGAAAATCACATCATTTGGTCAAAATAGTATGTCATT
65 AAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGG-AAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATT
* * ** * *
1358 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTAATTTATGTGAGAATTGTTAGTCTCTCGATT
128 TTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
*
1423 CTTGGACAAACTTTCGAACTTGA
193 CTTGGACGAACTTTCGAACTTGA
* * *
1446 CAAACTTTTATGAATTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
1 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* * *
1511 AGCAA-TTTTCAGAACATTCTATGCTCATGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
66 AGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTC-GGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
* * * * * *
1575 TGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTTACGTGAGAATTTTTTTTCTCTTGCTT
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
* * * * *
1640 CTTCGATGAAC-TTCCAAATTTA
193 CTTGGACGAACTTTCGAACTTGA
* * *
1662 TC-AACATTTTAGGTGTTCTTTTATAACTTCGG-T--TTAAAGTATT-ACGGACGATCCATTCCT
1 -CAAAC-TTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCA-AGACGATCCATTCCT
* ** * *
1722 TTAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCAAGGGAAATCAAATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTAT
63 TCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGC-TCGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCAT
* *
1787 TTTGTACAA-AAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTTTCTTGG
127 TTTGTA-AACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGG
*
1851 TTCTTGGACGAACTTTTGAACTTGA
191 TTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGA
* * * *
1876 -AAATTTTTTACGAGTTCTTTTATAACCTCGGTTCCTTAAAGCATTCAATACGATCCATTCCTTC
1 CAAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * * *
1940 AAGAAATTTTTCGAACATTACTTGCTAAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
65 AAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCT-CGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
* *
2005 TGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACCTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
* *
2070 TTGGACGAACATCCGAACTTGTA
194 TTGGACGAACTTTCGAACTTG-A
* * ** * * * * * **
2093 AAAAATTTTGTGTGTTCTTTTGTAATTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTTCTTTG
1 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* * *
2158 AGCAA-TTTTCTAAACATTCCATGCTCGGTAAATCGCATCATGTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
66 AGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGG-AAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
* *
2222 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGTATTGTTTCTCTCTTGGTTC
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTC
* * *
2287 TTAGAAGAACTTTCGAACTTGT
194 TTGGACGAACTTTCGAACTTGA
* * *
2309 CAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTATCCATTCCTTCG
1 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* *
2374 AGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGTCATTTT
66 AGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTC-GGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTT
* * ** *
2439 GTAAACATGTTTTGGTTTTTGAATTAATGACTTATTTACGTGTGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
130 GTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
*
2504 TGGACGAACTTTCGAACTTGT
195 TGGACGAACTTTCGAACTTGA
* * *
2525 CAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG
1 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* ** * *
2590 AGCAATTTTTCGAAAATT-CATGCTCGTGAAATTGCATTATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTT
66 AGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCG-GAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTT
* * * * *
2654 GTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATGGTTTCTCTCTTCGTTCT
130 GTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
2719 TGGA
195 TGGA
2723 AATTTTTTTT
Statistics
Matches: 1646, Mismatches: 236, Indels: 81
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
212 44 0.03
213 68 0.04
214 341 0.21
215 154 0.09
216 657 0.40
217 376 0.23
218 6 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (215 bp):
CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
AGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTG
TAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT
GGACGAACTTTCGAACTTGA
Found at i:2299 original size:433 final size:432
Alignment explanation
Indices: 586--2723 Score: 2577
Period size: 430 Copynumber: 5.0 Consensus size: 432
576 CGGACTTCTC
* * *
586 AAACTTTT-CTGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTCG
1 AAACTTTTAC-GAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* * * * *
650 AGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTC-GAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTATCTTTT
65 AGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAG-GAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
* * *
714 TATAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATGAAAAA-TATATTTACGTGATAATTGTTTCTCTCTTGGTT
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT-TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
* *
778 CTTAGACGAACTTCCAAACTTG--AAAATTTTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAA
193 CTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAAA-TTTTGT--GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAA
* * * * * *
841 AGTATTCAAGATGATCTATTCCTTCAAGCAATTTT-TCGGACATTTCATTCTCAGG-AAATCACA
255 AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCT-GAACATTCCATGCTC-GGTAAATCACA
* * * * *
904 TCACTTGGTCTAACTAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTAGTCTTTGAAGTAAAAACTTATTT
318 TCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTT
* * * *
969 ATGT--GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGGACTTGTC
383 ATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAAGAACTTTCGAACTTGTA
** * * * *
1017 AAACTTTTTTGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATCCAAGATGATTCATTCTTTCAA
1 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAA
* * * * * *
1082 GCAA-TTTACTGAACATTTCATGCTCAGGAAATTGCATCATCTGGTCAAAATA--ATGTCATTTT
66 GCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTT
1144 GTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
130 GTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
* * * * ** *
1209 AAGATGAACTTCAGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGCTT-CTTAAACTA
195 TAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAAATTTTGTGAGTTCTTTTATAACTTCGG-TTCCTTAAAGTA
* * * *
1273 TTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGCAATCTCCTGAACATTCCATGCTCGGAAAATCACATCATTT
259 TTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCTGAACATTCCATGCTCGGTAAATCACATCATTT
* * *
1338 GGTCAAAATAGTATGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTAATTTATGTGA
324 GGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGA
** * *
1403 GAATTGTTAGTCTCTCGATTCTTGGACA-AACTTTCGAACTTG-A
389 GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGA-AGAACTTTCGAACTTGTA
* *
1446 CAAACTTTTATGAATTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
1 -AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* *
1511 AGCAA-TTTTCAGAACATTCTATGCTCATGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
65 AGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTT
* * * * * *
1575 TGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTTACGTGAGAATTTTTTTTCTCTTGCTT
129 TGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT
* * * * * * *
1640 CTTCGATGAACTTCCAAATTTATCAACATTTTAG-GTGTTCTTTTATAACTTCGG-T--TTAAAG
193 CTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAAATTTT-GTGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAG
* ** ** * *
1701 TATT-ACGGACGATCCATTCCTTTAAGCAATTTT-TCGAACATTCCATGCAAGGGAAATCAAATC
257 TATTCA-AGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCT-GAACATTCCATGCTCGGTAAATCACATC
* *
1764 ATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTACAA-AAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTATTTA
320 ATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTA-AACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * *
1828 CGTGAGAATTGTTTCTTTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTTGAACTTG-A
384 TGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAAGAACTTTCGAACTTGTA
* * * * *
1876 AAATTTTTTACGAGTTCTTTTATAACCTCGGTTCCTTAAAGCATTCAATACGATCCATTCCTTCA
1 AAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCA
* * * * * *
1941 AGAAATTTTTCGAACATTACTTGCTAAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTT
65 AGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTT
* *
2006 GTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACCTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
130 GTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCT
* * * * * *
2071 TGGACGAACATCCGAACTTGTAAAAAATTTTGTGTGTTCTTTTGTAATTTCGGTTCCTTAAAGTA
195 TAGACGAACTTCCGAACTTGT-CAAAATTTTGTGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTA
* * * * * *
2136 TTCAAGGCGATCCATTTCTTTGAGCAATTTTCTAAACATTCCATGCTCGGTAAATCGCATCATGT
259 TTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCTGAACATTCCATGCTCGGTAAATCACATCATTT
2201 GGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGA
324 GGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGA
* * *
2266 GTATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTAGAAGAACTTTCGAACTTGTC
389 GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAAGAACTTTCGAACTTGTA
* * * *
2310 AAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTATCCATTCCTTCGA
1 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAA
* * * *
2375 GTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGTCATTTTG
66 GCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTG
* * ** *
2440 TAAACATGTTTTGGTTTTTGAATTAATGACTTATTTACGTGTGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT
131 TAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT
* * * *
2505 GGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTT-TCGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTAT
196 AGACGAACTTCCGAACTTGTCAAAATTTTGT-GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTAT
* ** *
2569 TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTT-TCGAAAATT-CATGCTC-GTGAAATTGCATTATT
260 TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCT-GAACATTCCATGCTCGGT-AAATCACATCATT
* * * **
2631 TGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATG
323 TGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTG
* *
2696 AGAATGGTTTCTCTCTTCGTTCTTGGAA
388 AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAA
2724 ATTTTTTTTG
Statistics
Matches: 1468, Mismatches: 204, Indels: 70
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
427 2 0.00
428 136 0.09
429 135 0.09
430 456 0.31
431 211 0.14
432 111 0.08
433 412 0.28
434 5 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (432 bp):
AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAA
GCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTG
TAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT
AGACGAACTTCCGAACTTGTCAAAATTTTGTGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATT
CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCTGAACATTCCATGCTCGGTAAATCACATCATTTGG
TCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGA
ATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAAGAACTTTCGAACTTGTA
Found at i:3017 original size:565 final size:566
Alignment explanation
Indices: 2181--3266 Score: 1636
Period size: 565 Copynumber: 1.9 Consensus size: 566
2171 ACATTCCATG
* * * *
2181 CTCGGTAAATCGCATCATGTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
1 CTCGGGAAATCACATCATGTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
* * *
2246 TTAAAAACTTATTTATGTGAGTATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTAGAAGAACTTTCGAACTTGTCA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTAGAAGAACTTTCGAACTTGTCA
* *
2311 AACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTATCCATTCCTTCGAG
131 AACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGAG
* * * *
2376 TAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGTCATTTTGT
196 CAATTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGTCATTTTGT
* ** * * * * *
2441 AAACATGTTTTGGTTTTTGAATTAATGACTTATTTACGTGTGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTG
261 AAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTTG
* * ** * * *
2506 GACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTC
326 GACGAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATTC
* * * * * *
2571 AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAAAATT-CATGCTCGTGAAATTGCATTATTTGGT
391 AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAAAATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATCTGGT
* *
2635 CTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAA
456 CTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAA
2700 TGGTTTCTCTCTTCGTTCTTGGAAATTTTTTTTGAAGATTTTTATT
521 TGGTTTCTCTCTTCGTTCTTGGAAATTTTTTTTGAAGATTTTTATT
* * *
2746 CTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAA
1 CTCGGGAAATCACATCATGTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
* *
2811 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTGT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTC
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGT-TCTTAGAAGAACTTTCGAACTTGTC
* * *
2875 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGA
130 AAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGA
* **
2940 GCAGTTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTG
195 GCAATTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGTCATTTTG
3005 TAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTT
260 TAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTT
* * *
3070 TGATGAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCATAAACTATT
325 GGACGAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATT
** *
3135 CAAGATTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATCTGG
390 CAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAAAATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATCTGG
* * **
3200 TCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAGCTTATTTATGTGAGA
455 TCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGA
3265 AT
520 AT
3267 TGTTAATCTA
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 57, Indels: 3
0.89 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
565 379 0.82
566 83 0.18
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (566 bp):
CTCGGGAAATCACATCATGTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTCTTAGAAGAACTTTCGAACTTGTCA
AACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGAG
CAATTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTGGTCATTTTGT
AAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTTG
GACGAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCATAAACTATTC
AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAAAATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATCTGGT
CTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAA
TGGTTTCTCTCTTCGTTCTTGGAAATTTTTTTTGAAGATTTTTATT
Found at i:3137 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 2746--4833 Score: 2305
Period size: 216 Copynumber: 9.7 Consensus size: 216
2736 GATTTTTATT
* * * * * *
2746 CTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAA
1 CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
* *
2811 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTGT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTC
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT-TCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTC
* * *
2875 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGA
130 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA
* * *
2940 GCAGTTTTTCAAACATTCCATA
195 GCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * *
2962 CTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGGTCTTTGAA
1 CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
* * * * * * * **
3027 TTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTTTGATGAACTTCCAAACTTGAAA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCA
* * * * **
3092 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCATAAACTATTCAAGATTATCCATTCCTTCGAG
131 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
* *
3157 CAATTTTCCGAACATTCCACG
196 CAATTTTTCGAACATTCCATG
* *
3178 CTC-GAGAAATCGCATCATCTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGA
1 CTCGGA-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGA
* * ** * * *
3242 ATTAAAAGCTTATTTATGTGAGAATTGTTAATCTATTGGTTTTTGGATAAACTTTCGAACTTGTC
65 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTC
* * * * *
3307 AAACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTA
130 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA
* * * *
3372 GCCACTTTCCAAACATTCCATG
195 GCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * * **
3394 CTCGGGAAATCGCATCATTTGGTTTGAACAGTTTGTCATTTTTTAAAC---TTTTGGTCTTTGTC
1 CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
* * * *
3456 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGATTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCA
* * * * *
3521 AGCATTTATGAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTGAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
131 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
* *
3586 GAATTTTTCGAGCATTCCATG
196 CAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * ** ** * *
3607 CTCGGGAAAA-CGCATCATTTGGTCGAAACAGTGTACCATTTTGTAAATTAGATTAGGTCTTTGA
1 CTC-GGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGA
* * * * *
3671 ATTAAAAACTTGTTTACGGGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTC
65 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTC
* * ** * *
3736 AAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCTTTCCTTCAA
130 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA
*
3801 GCAGTTTTTCGAACATTCCATG
195 GCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * * * * *
3823 GTCGGGAAATTGCTTCATCTAGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCTTTGAA
1 CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
* * *
3888 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-TTT-TCTCTTTGTTTTTTGATGAACTTTCGAACTTGTCA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCA
* * * * * * *
3951 AACTTTTACGAG-TCTTTTATAACTTTGGTTCGTTACACTTTTCAAGGCGATCCATTCCTTCAAG
131 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
*
4015 CAATTTTTCGGACATTCCATG
196 CAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * *
4036 CTC-GAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTTAAC---TTTTGGTTTTTGA
1 CTCGGA-AAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGA
* * * *
4097 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATTGTTTCTTGGATGAAC-TTCTAAACTTGT
65 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTC-GAACTTGT
* * * *
4161 CAAACATTTATGAGTTCATTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG
129 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG
* * *
4226 AGCAATTTTCCGAACATTCCCTA
194 AGCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * * * *
4249 CTTGGGAAAGT-GCATCATTTGGGCTAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAACTAGATTAGGTCTTTGA
1 C-TCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGA
* * * *
4313 ATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTC
65 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTC
* * * ** * * * *
4378 AAACTTCTACCAGTTCCTTTATAGTTTCGGTACCTTAAAGTATTCAAGACGATACTTTCGTTCGA
130 AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGA
* * *
4443 GTAGTTTTTCGAACATTCCAAG
195 GCAATTTTTCGAACATTCCATG
* ** * * * *
4465 CTCAGAATTTCGTATCATTTTGTCTAAGTAGTATT-TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTAA
1 CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT-TTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGA
* * *
4529 ATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTGT-TTGGAGGAACTTCCGAACTTGT
65 ATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT-TCTTGGATGAACTTTCGAACTTGT
* * * *
4593 CAAACTTTTAC-ACGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTCAAAGTATTCTAGATGAT-CATTTCTTC
129 CAAACTTTTACGA-GTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * *
4656 GAGAAAATTGTCGAACATTCCTTG
193 GAGCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * **
4680 -T-GAAAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGACATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTACAA
1 CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
* * * * * ** *
4743 TTAAAAACTTATTTACATGCGATTTGTTTC-C-CTCGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTCATAA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCA
*
4806 AACTTTTACGAGTTCTTTTGTAACTTCG
131 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCG
Statistics
Matches: 1551, Mismatches: 295, Indels: 57
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
210 38 0.02
211 55 0.04
212 40 0.03
213 435 0.28
214 50 0.03
215 43 0.03
216 883 0.57
217 7 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (216 bp):
CTCGGAAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAA
TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCA
AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
CAATTTTTCGAACATTCCATG
Found at i:3235 original size:781 final size:791
Alignment explanation
Indices: 1968--3509 Score: 2026
Period size: 781 Copynumber: 2.0 Consensus size: 791
1958 TACTTGCTAA
* * * * * *
1968 GGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAA
1 GGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAATTAA
* * * * *
2033 AAACCTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACATCCGAACTTGTAAAAAA
66 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGT-CAAAC
** * * * * * *
2098 TTTTGTGTGTTCTTTTGTAATTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTTCTTTGAGCA-
130 TTTTACGAGTTCTTTTATACTTT-GGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAG
* * *
2162 ATTTTCTAAACATTCCATGCTCGGTAAATCGCATCATGTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAA
194 TTTTTC-AAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATCTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAA
* * *
2227 ACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGTATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTAGA
258 ACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTTGA
* * * *
2292 AGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAA
323 TGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAACTATTCAA
* *
2357 GACTATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCT
388 GACTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACATCATTTGGTCT
* ** * *
2422 AAATAGTTGGTCATTTTGTAAACATGTTTTGGTTTTTGAATTAATGACTTATTTACGTGTGAATT
453 AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTGAATTAA-AACTTATTTACGTGAGAATT
* *
2487 GTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACT
517 GTTTCTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACT
*
2552 TTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAAAATT-CATGCTCG
582 TCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAAAATTCCATGCTCG
* * *
2616 TGAAATTGCATTATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAA
647 GGAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAA
* * *
2681 AAACTTATTTACATGAGAATGGTTTCTCTCTTCGTTCTTGGA-AA-TT-TT-T-TTT-GAAG-AT
712 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAGAACTTCTTGTATTTAG-AGTAT
2739 TTT-T-A-TTC-T-CG
776 TTTATAACTTCGTCCG
2750 GGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAATTAA
1 GGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAATTAA
*
2815 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTGT-TTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAAC
66 AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT-TCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAAC
*
2879 TTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGAGCAG
130 TTTTACGAGTTCTTTTATA-CTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAG
* * * *
2944 TTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAA
194 TTTTTCAAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATCTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAA
* * * * *
3009 CATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTTTGAT
259 CAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTTGAT
* * ** * *
3074 GAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCATAAACTATTCAAG
324 GAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAACTATTCAAG
* * * * *
3139 ATTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATCTGGTCTA
389 ACTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTA
* *
3204 AATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAGCTTATTTATGTGAGAATTG
454 AATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTGAATTAAAA-CTTATTTACGTGAGAATTG
** * * * *
3269 TTAATCTATTGGTTTTTGGATAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTT
518 TTTCTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACTT
* * * * * * *
3334 CAGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAGCCA-CTTTCCAAACATTCCATGCTCG
583 CGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAAA-ATTCCATGCTCG
* * * * **
3398 GGAAATCGCATCATTTGGTTTGAACAGTTTGTCATTTT-T---TAAACTTTTGGTCTTTGTCTTA
647 GGAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAATAAA-TTTTGGTCTTTGAATTA
* * *
3459 AAAACTTATTTACGTGAGAGTTGATTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTC
711 AAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGA-GAACTTC
3510 CGAACTTGTC
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 90, Indels: 21
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
778 4 0.01
779 52 0.08
780 8 0.01
781 433 0.66
782 161 0.24
783 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (791 bp):
GGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAATTAA
AAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACT
TTTACGAGTTCTTTTATACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAGTT
TTTCAAACATTCCATGCTCGGAAAATCGCATCATCTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
AGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTTGATGA
ACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAACTATTCAAGAC
TATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAA
TAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTGAATTAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
CTCTATTGGTTCTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACTTCGG
TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAAAATTCCATGCTCGGGAA
ATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAATAAATTTTGGTCTTTGAATTAAAAAC
TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGAGAACTTCTTGTATTTAGAGTATTTTAT
AACTTCGTCCG
Found at i:3696 original size:429 final size:428
Alignment explanation
Indices: 2746--4833 Score: 2245
Period size: 429 Copynumber: 4.9 Consensus size: 428
2736 GATTTTTATT
* * * * *
2746 CTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAA
1 CTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
*
2811 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTGTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCA
* * * *
2876 AACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCGAG
131 AACTTCTACGAGTTCTTTTATAAC-TTCGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
* * * *
2941 CAGTTTTTCAAACATTCCATACTCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGT
195 CAGTTTTCCAAACATTCCATACTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGT
* * * *
3006 AAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATCTTT
260 AAAC---TTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTG
* ** * * *
3071 GATGAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCATAAACTATTC
322 GATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACTATTC
** * *
3136 AAGATTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCACG
387 AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG
* **
3178 CTCGAGAAATCGCATCATCTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAA
1 CTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
* * ** **
3243 TTAAAAGCTTATTTATGTGAGAATTGTTAATCTATTGGTTTTTGGATAAACTTTCGAACTTGTCA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCA
* * *
3308 AACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCAGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAG
131 AACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTC-GTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
* * * * * *
3373 CCA-CTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTTTGAACAGTTTGTCATTTTT
195 -CAGTTTTCCAAACATTCCATACTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTG
** * * * *
3437 TAAACTTTTGGTCTTTGTCTTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGATTCTCTTTTGGTTCTTGGA
259 TAAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGA
* * * * * *
3502 TGAACTTCCGAACTTGTCAAGCATTTATGAGTTATTTTATAACTTCGGTTCCTGAAAGTATTCAA
324 TGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACTATTCAA
* *
3567 GACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAGCATTCCATG
389 GACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * * ** ** *
3607 CTCGGGAAAACGCATCATTTGGTCGAAACAGTGTACCATTTTGTAAATTAGATTAGGTCTTTGAA
1 CTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
* * * * * *
3672 TTAAAAACTTGTTTACGGGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCAAACTTGTCA
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCA
* * * *
3737 AACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCTTTCCTTCAAG
131 AACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG
* * ** * * * *
3802 CAGTTTTTCGAACATTCCATGGTCGGGAAATTGCTTCATCTAGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGT
195 CAGTTTTCCAAACATTCCATACTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGT
* * * *
3867 AAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATT-TTT-TCTCTTTGTTTTTT
260 --A-AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTG
* * * * *
3930 GATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG-TCTTTTATAACTTTGGTTCGTTACACTTTTC
322 GATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACTATTC
* * *
3994 AAGGCGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTCCATG
387 AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * *
4036 CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTTAAC---TTTTGGTTTTTGAA
1 CTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
* * *
4098 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATT-GTTTCTTGGATGAAC-TTCTAAACTTGT
66 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTT-TTGGACGAACTTTC-GAACTTGT
* *
4161 CAAACATT-TATGAGTTCATTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
129 CAAAC-TTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * * * *
4225 GAGCAATTTTCCGAACATTCCCTACTTGGGAAAGT-GCATCATTTGGGCTAAGTAGTTTGTCATT
192 GAGCAGTTTTCCAAACATTCCATACTCGGGAAA-TCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATT
* * *
4289 TTGTAAACTAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTT
256 TTGTAAACT---TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTATCTTGGTT
* * * * * ** * *
4354 CTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTCTACCAGTTCCTTTATAGTTTCGGTACCTTAAAGT
318 CTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACT
* * * * * *
4419 ATTCAAGACGATACTTTCGTTCGAGTAGTTTTTCGAACATTCCAAG
383 ATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG
* * * * * *
4465 CTC-AGAATTTCGTATCATTTTGTCTAAGTAGTATT-TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTA
1 CTCGAGAA-ATCGCATCATTTGGTCTAAATAGT-TTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTG
* * * * *
4528 AATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTGTTTGGAGGAACTTCCGAACTTGT
64 AATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTTTTGGACGAACTTTCGAACTTGT
* * * * *
4593 CAAACTTTTAC-ACGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTCAAAGTATTCTAGATGAT-CATTTCTTC
129 CAAACTTCTACGA-GTTCTTTTATAACTTC-GTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
* * * * ** ** * *
4656 GAGAAAATTGT-CGAACATTCC-TTGT-GAAAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGACATT
192 GAG-CAGTTTTCCAAACATTCCATACTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATT
** * * * * *
4718 TTGTAAACAACTTTTGGTCTTACAATTAAAAACTTATTTACATGCGATTTGTTTC--CCTCGGTT
256 TTGT--A-AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTATCTTGGTT
* * ** * *
4781 CTTGGACGAACTTTCGAACTCATAAAACTTTTACGAGTTCTTTTGTAACTTCG
318 CTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCG
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 240, Indels: 69
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
423 4 0.00
424 1 0.00
425 6 0.00
426 205 0.15
427 56 0.04
428 48 0.03
429 606 0.44
430 43 0.03
431 30 0.02
432 377 0.27
433 8 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (428 bp):
CTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGATTTGGTCTTTGAA
TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTTTTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCA
AACTTCTACGAGTTCTTTTATAACTTCGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGC
AGTTTTCCAAACATTCCATACTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTA
AACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGATG
AACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAACTATTCAAGA
CGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATG
Found at i:4266 original size:642 final size:642
Alignment explanation
Indices: 2746--4772 Score: 2462
Period size: 642 Copynumber: 3.1 Consensus size: 642
2736 GATTTTTATT
* * ** * *
2746 CTCGGGAAATCACATCATTTGGTCAAAATTGTTTGTCATTTTGTAAACAGGATTTGGTCTTTGAA
1 CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTTAAC---TTTTGGTCTTTGAA
* * *
2811 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTATTGGTGT-TTGGACGAACTT-TCGAACTTGT
63 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATT-GTTTCTTGGATGAACTTCT-GAACTTGT
* * * * * *
2874 CAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCACTCCTTCG
126 CAAACATTTATGAGTTCATTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCG
* * * * *
2939 AGCAGTTTTTCAAACATTCCATAC-TCGGAAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTT
191 AGCAATTTTTCGAACATTCCATACTTGGGAAAAT-GCATCATTTGGTCTAAATAGTTTATCATTT
* * * * ** * *
3003 TGTAAACATGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTCTATCATGGATC
255 TGTAAATA-GATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTC
* * * ** * * * * * *
3068 TTTGATGAACTTCCAAACTTGAAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGTTTCCATAAACTA
319 TTGGACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCG-ATCCTTAAAGTA
** * * * * * *
3133 TTCAAGATTATCCATTCCTTCGAGCAATTTTCCGAACATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATCT
383 TTCAAGACGATCCTTTCCTTCGAGCAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTCGAGAAATTGCTTCATCT
* * *
3198 GGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAGCTTATTTATGTGA
448 AGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGA
* * * *
3263 GAATTGTTAATCTATTGGTTTTTGGATAAACTTTCGAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCTTTTA
513 GAATTGTT-TTCTCTTGGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTA
* * * * * *
3328 TAACTTCAGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAGCCACTTTCCAAACATTCCAT
577 TAACTTCGGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAAATTTTCGAACATTCCAT
3393 G
642 G
* * * * **
3394 CTCGGGAAATCGCATCATTTGGTTTGAACAGTTTGTCATTTT-TTAAACTTTTGGTCTTTGTCTT
1 CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTT-AACTTTTGGTCTTTGAATT
* * * * *
3458 AAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGATTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCAAG
65 AAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATTGTTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCAAA
* *
3523 CATTTATGAGTT-ATTTTATAACTTCGGTTCCTGAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGG
130 CATTTATGAGTTCA-TTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGC
* * * * * * * *
3587 AATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAAAACGCATCATTTGGTCGAAACAGTGTACCATTTTGTA
194 AATTTTTCGAACATTCCATACTTGGGAAAATGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTATCATTTTGTA
*
3652 AATTAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGGGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGG
259 AA-TAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGG
3717 ACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAATCCTTAAAGTATTCA
323 ACGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCG-ATCCTTAAAGTATTCA
* * * *
3782 AGACGATCCTTTCCTTCAAGCAGTTTTTCGAACATTCCATGGTCGGGAAATTGCTTCATCTAGTC
387 AGACGATCCTTTCCTTCGAGCAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTCGAGAAATTGCTTCATCTAGTC
*
3847 TAAATAGTTTGTCATTTTGTAAATAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
452 TAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT
* *
3912 T-TTTTCTCTTTGTTTTTTGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAG-TCTTTTATAACT
517 TGTTTTCTCTTGGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACT
* * * * * *
3975 TTGGTTCGTTACACTTTTCAAGGCGATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTCCATG
582 TCGGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAAATTTTCGAACATTCCATG
*
4036 CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTTAACTTTTGGTTTTTGAATTA
1 CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTTAACTTTTGGTCTTTGAATTA
*
4101 AAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATTGTTTCTTGGATGAACTTCTAAACTTGTCAAAC
66 AAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATTGTTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCAAAC
*
4166 ATTTATGAGTTCATTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAA
131 ATTTATGAGTTCATTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAA
* * * * * *
4231 TTTTCCGAACATTCCCTACTTGGGAAAGTGCATCATTTGGGCTAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAA
196 TTTTTCGAACATTCCATACTTGGGAAAATGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTATCATTTTGTAAA
4296 CTAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGAC
261 -TAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGAC
* * ** *
4361 GAACTTTCGAACTTGTCAAACTTCTACCAGTTCCTTTATAGTTTCGGTACCTTAAAGTATTCAAG
325 GAACTTTCAAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAT-CCTTAAAGTATTCAAG
* * * * * *
4426 ACGATACTTTCGTTCGAGTAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTC-AG-AATTTCGTATCATTTTGTC
389 ACGATCCTTTCCTTCGAGCAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTCGAGAAATTGC-T-TCATCTAGTC
* * * *
4489 TAAGTAGTATT-TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACATGAGAA
452 TAAATAGT-TTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAA
* * *
4553 TTGTTTCTCTCTTGGTGTTTGGAGGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC-ACGTTCTTTTATA
516 TTGTTT-TCTCTTGGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGA-GTTCTTTTATA
* * * * * * * * * *
4617 ACTTCGGTTCCTCAAAGTATTCTAGATGAT-CATTTCTTCGAGAAAATTGTCGAACATTCCTTG
579 ACTTCGGTTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAAATTTTCGAACATTCCATG
* ** * * * **
4680 -T-GAAAAATTGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGACATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTACAA
1 CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGT---TAACTTTTGGTCTTTGAA
* * *
4743 TTAAAAACTTATTTACATGCGATTTGTTTC
63 TTAAAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTC
4773 CCTCGGTTCT
Statistics
Matches: 1184, Mismatches: 176, Indels: 41
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
640 5 0.00
641 3 0.00
642 546 0.46
643 52 0.04
644 70 0.06
645 461 0.39
646 7 0.01
647 1 0.00
648 39 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (642 bp):
CTCGAGAAATCACATCATTTGGTCTAAACAGTTTGTCATTTTGTTAACTTTTGGTCTTTGAATTA
AAAACTTATTTACGTGAGAGTTGTTTCTCTATTGTTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCAAAC
ATTTATGAGTTCATTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAA
TTTTTCGAACATTCCATACTTGGGAAAATGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTATCATTTTGTAAA
TAGATTAGGTCTTTGAATTAAAAACTTGTTTACGCGAGAATTGTTTCTATCTTGGTTCTTGGACG
AACTTTCAAACTTGTCAAACTTCTACGAGTTCCTTTATAACTTCGATCCTTAAAGTATTCAAGAC
GATCCTTTCCTTCGAGCAGTTTTTCGAACATTCCAAGCTCGAGAAATTGCTTCATCTAGTCTAAA
TAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
TTCTCTTGGTTTTTGGATGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGG
TTCGTTACAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAAATTTTCGAACATTCCATG
Done.