genome.fa.s6492.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01006492.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121076, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186520

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365--396	16	2.0	16	100	0	64	25	25	6	43	1.77
2698--2749	20	2.6	20	87	0	68	28	9	32	28	1.89
14207--14241	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
15322--15380	29	2.0	29	96	0	109	25	28	15	30	1.96
16927--16975	24	2.0	24	100	0	98	24	30	20	24	1.98
19093--19117	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
19293--19323	6	5.2	6	92	0	53	0	80	0	19	0.71
19846--21692	282	6.6	282	94	0	3145	33	18	22	25	1.97
21547--21830	138	2.1	138	91	0	460	34	15	24	26	1.95
24378--24459	41	2.0	41	100	0	164	34	2	4	58	1.32
24378--24438	20	3.0	21	74	13	72	34	3	6	55	1.42
28717--28798	31	2.7	31	86	1	103	42	13	13	30	1.82
34038--34088	21	2.4	21	80	6	59	33	27	11	27	1.92
45137--45180	20	2.2	20	84	8	54	54	20	15	9	1.68
45527--45574	17	2.6	19	78	15	57	43	2	4	50	1.33
46015--46071	29	1.9	30	89	3	89	52	12	5	29	1.60
53766--53824	10	6.0	10	73	9	50	47	1	0	50	1.11
53748--53824	40	1.9	40	84	5	102	53	1	0	45	1.08
53774--53832	30	2.0	30	96	0	109	49	1	0	49	1.11
54184--54218	13	2.7	13	91	8	54	40	8	8	42	1.66
54291--54336	19	2.3	20	81	7	58	65	0	2	32	1.05
54367--54436	20	3.4	20	71	11	52	62	2	5	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54619--54689	19	3.8	18	75	18	65	32	7	2	57	1.40
54705--54762	30	1.9	30	89	6	91	41	0	3	55	1.17
56972--56999	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
57700--57945	41	5.9	41	83	5	280	38	9	25	27	1.86
57700--57945	123	2.0	126	85	4	338	38	9	25	27	1.86
57699--57958	124	2.1	127	84	5	341	38	9	25	26	1.86
60030--60117	40	2.2	39	80	7	97	32	17	23	26	1.96
60051--60131	40	2.0	40	100	0	162	29	20	24	24	1.99
63951--64378	214	2.0	214	98	0	829	43	5	19	31	1.75
64396--64432	3	12.3	3	94	0	65	0	29	0	70	0.88
65131--65398	41	6.6	41	82	7	282	36	9	25	27	1.87
75114--75224	55	2.0	55	98	0	213	38	18	10	31	1.86
77572--77601	10	3.0	10	100	0	60	10	0	10	80	0.92
84306--84351	21	2.2	21	92	0	74	41	36	2	19	1.64
86254--86278	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
87215--87256	18	2.3	18	87	0	57	66	0	33	0	0.92
87208--87290	23	3.5	23	75	15	64	77	0	20	2	0.89
88143--88423	49	5.7	49	75	6	185	37	17	24	20	1.93
88217--88398	98	1.9	98	83	2	240	37	14	25	21	1.92
88713--89274	131	4.2	133	80	10	539	29	23	17	29	1.97
88713--89300	45	13.3	45	75	11	443	30	22	17	29	1.97
89672--89768	48	2.0	49	83	2	124	43	14	20	21	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89795--89886	48	1.9	48	84	0	121	40	13	21	25	1.89
89843--90041	76	2.6	76	91	0	317	40	18	18	22	1.92
89622--89954	124	2.7	124	87	0	479	40	17	19	21	1.91
89719--90153	200	2.2	200	87	1	613	39	17	19	23	1.92
89919--90510	122	4.8	122	84	3	715	40	17	19	22	1.91
92257--92398	30	4.8	29	75	17	114	32	24	8	34	1.86
92256--92415	29	5.4	28	72	12	106	30	24	8	36	1.84
92415--92462	21	2.3	20	75	10	51	18	22	0	58	1.39
93689--93849	79	2.0	79	100	0	322	40	12	5	40	1.66
99017--99050	18	1.9	17	94	5	59	26	11	5	55	1.58
104606--104658	13	4.3	12	76	11	54	13	7	5	73	1.23
104605--104651	24	2.0	25	87	8	71	14	8	4	72	1.24
106422--106473	14	3.5	15	78	7	61	71	0	28	0	0.87
106432--106472	21	1.9	22	90	5	66	70	0	29	0	0.87
106415--106476	24	2.6	24	73	14	65	69	1	29	0	0.98
115158--115190	16	2.1	16	94	0	57	45	3	18	33	1.65
116850--116896	22	2.1	22	100	0	94	48	0	19	31	1.49
117536--117566	16	1.9	16	93	0	53	48	38	0	12	1.42
117959--118077	34	3.5	34	81	0	139	38	32	10	17	1.85
133238--133333	46	2.1	46	94	0	165	40	20	8	30	1.82
133278--133392	59	1.9	59	96	0	212	40	19	10	29	1.84
133378--133414	19	1.9	19	88	0	56	43	21	5	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153864--153896	7	4.7	7	85	14	50	0	12	0	87	0.53
153865--153897	13	2.4	14	95	5	59	0	15	0	84	0.61
153864--153904	21	2.0	21	85	0	55	2	17	0	80	0.82
160923--161280	29	12.3	30	75	12	212	36	24	2	36	1.69
160934--161276	59	5.9	58	75	11	235	36	24	2	36	1.70
160961--161287	87	3.8	86	79	8	290	35	25	3	35	1.72
161983--162037	23	2.4	23	100	0	110	34	7	12	45	1.70
163036--163689	150	4.4	149	84	8	767	43	9	2	44	1.51
163402--163615	50	4.4	50	66	18	144	44	7	2	45	1.45
163036--163701	299	2.2	299	83	7	793	43	9	2	43	1.51
164137--164174	3	12.7	3	94	0	67	31	0	34	34	1.58
164197--164232	11	3.5	11	92	7	58	80	0	19	0	0.71
164519--164550	12	2.5	13	90	10	57	71	0	6	21	1.07
164563--164873	42	7.4	42	88	0	424	34	23	19	22	1.97
170662--170716	21	2.6	21	85	0	74	27	14	23	34	1.94
175973--176016	20	2.2	20	84	8	54	52	2	13	31	1.53
177845--177902	21	2.8	21	81	5	73	29	15	22	32	1.95

Tables:   1

The End!