Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000671.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111661, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1916
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Warning! 76 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:389 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1--1916 Score: 1630
Period size: 215 Copynumber: 8.9 Consensus size: 215
* * * * * *
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTG-AACAAGTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAA
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGTTTTTAATTTAA-AACTTATTTAA
* * *
65 GTGAGACTTGTTTCTCTTTTTGGTTCTTGGATAAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTC
65 GTCAGACTTGTTTCTC-TTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * * * *
130 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCAT
129 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACAT
* **
195 TCGATGCTCTAGAAATCGCATC
194 TCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* * *
217 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGCCTTTTAATTTAAAACTTATTTGC
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGG-TTTTTAATTTAAAACTTATTT-A
* *
282 A-TCAGA-TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTC
64 AGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* *
345 TTTTATAACTTTGGTTTCC-TAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACA
129 TTTTATAACTTTGG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACA
* *
409 TTCCACGCTTGGGAAATCGCATC
193 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* * * *
432 ATTTGGTCCAAATAGTTTGT--TATTTGTAAAAAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAAATTATTT
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGT-AAAAACTTTTGGTTTTT-AATT-TAAAACTTATTT
* * * * * ** *
495 AAGTGAGAGTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATAAGAGTT
63 AAGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * * * * *
560 CTTTTCTAACTTTGATTCCTTAAAGTATTTAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGCA
128 CTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACA
*
625 TTCGATGCTCGGGAAATCGCATC
193 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* * * *
648 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAACCAACATTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTA
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAA-AAACTTTTGGTTTTT-AATTTAAAACTTATTTA
* * * *** * *
713 CGTCAGAATTGTATCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTA
64 AGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* *
778 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAACA-TATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTTCGAACA
129 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAA-AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACA
*
842 TTCCATGCTCGGGAATTCGCATC
193 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* * * *
865 ATTTGGTCCAAATGCTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGTATTTGACTTTAAAATTTATTTA
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGT-TTTTAATTTAAAACTTATTTA
* * *
929 CGTCAGA-TTGTTTCTCTTTTTGTTCTTGGACT-AACTTATGAACTTGTTAAACTTTTACGAGTT
64 AGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGA-TGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * *
992 CTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCATTTCTTCGAGTAATTTTTCGAACA
128 CTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACA
* *
1057 TTCCATGCTTGTGAAATCGCATC
193 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* * * *
1080 ATTTGGTCAAAATAGTTTGTCA--TTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATA
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGTTTTTAATTTAA-AACTTATTTA
* * * * * **
1143 AGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTAGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTC
64 AGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * * * * * *
1208 TTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTGTTCAACACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCAT
129 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACAT
*
1273 TCGATGCTCGGGAAATCGCATC
194 TCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* *********************************
1295 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGTTTTTAATTTAAAACTTATTTAAG
******************************************* *
1360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGAAACTTTTACGAGTTCTT
66 TCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
* *
1425 TTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTC
131 TTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTC
* *
1490 CATTCTCGGGAAATCACATC
196 CATGCTCGGGAAATCGCATC
* * *
1510 ATTTGGTCCAAAATGCTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGGTTTTAAGTTAAAAAACTTATT
1 ATTTGGTCC-AAATGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGTTTTTAA-TT-TAAAACTTATT
* * * * * * * * * *
1574 TAAGTGAGACTTGTTCCTCCTTTGGTTCTTGGTTGAACTT-TTACGAGTTCTTCAAAATGTTGCG
62 TAAGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGA--ACTT-GTCAAACTTTTACG
* * * * * *
1638 AGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAATGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTTG
124 AGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCG
* *
1703 AGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACC
189 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATC
* *
1730 ATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCA-TTTTGTAAATAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTT
1 ATTTGGTCC-AAATGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGTTTTT-AATTTAAAACTTATTT
* * * ****
1794 AAGTGAGACTTGTTTCTTTTTTGGTTCTTGGACGAACTCCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
63 AAGTCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * * *
1859 CTTTTATAACTTTGGTTCCTTAACGTATTCATGGCGATCCATTCCTTCGAGCCATTTT
128 CTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTT
Statistics
Matches: 1321, Mismatches: 347, Indels: 63
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
213 18 0.01
214 51 0.04
215 547 0.41
216 226 0.17
217 258 0.20
218 38 0.03
219 46 0.03
220 135 0.10
221 2 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
ATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTTGTAAAAACTTTTGGTTTTTAATTTAAAACTTATTTAAG
TCAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTT
TTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTC
CATGCTCGGGAAATCGCATC
Found at i:1605 original size:648 final size:645
Alignment explanation
Indices: 1--1910 Score: 1966
Period size: 648 Copynumber: 2.9 Consensus size: 645
** * ** * * * *
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTGTG-AACAAGTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAA
1 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAACAACATTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
* * * * ***
65 GTGAGACTTGTTTCTCTTTTTGGTTCTTGGATAAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTC
66 GTCAGAATTGTATCTC-TTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTC
* * * * *
130 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCAT
130 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACAT
* ** * *
195 TCGATGCTCTAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGC
195 TCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATGCTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGG-
* * *
259 CTTTTAATTTAAAACTTATTTGCA-TCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAA
258 GTTTTAATTTAAAACTTATTT-AAGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACTAACTTATGAA
* *
323 CTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTTCC-TAAAGTATTCAAGACGATTCATT
322 CTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* *
387 CCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCACGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGT
386 CCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGT
* * *
452 TATTTGTAAAAAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAAATTATTTAAGTGAGAGTTGTTTCTCTTTT
451 CATTTGTAAAAAACTTTTGGTTTTTAAATT-AAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTT
* *
517 GGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATAAGAGTTCTTTTCTAACTTTGATTCCTTA
515 GGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTA
* *
582 AAGTATTTAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCAT
580 AAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCAT
647 C
645 C
648 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAACCAACATTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTA
1 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAA-CAACATTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * *
713 CGTCAGAATTGTATCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTA
65 CGTCAGAATTGTATCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTC
* *
778 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAACA-TATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGCCATTTTTCGAACA
130 TTTTATAACTTTGGTTCCTTAA-AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACA
*
842 TTCCATGCTCGGGAATTCGCATCATTTGGTCCAAATGCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTT-GG
194 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATGCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGG
* * * *
906 TATTTGACTTTAAAATTTATTTACGTCAGATTGTTTCTCTTTTTGTTCTTGGACTAACTTATGAA
259 T-TTT-AATTTAAAACTTATTTAAGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACTAACTTATGAA
* *
971 CTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCATTT
322 CTTGTTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTC
*
1036 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGTGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTC
387 CTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTC
* * *
1101 ATTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAGAACTTATATAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
452 ATTTGTAAAAAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGG
* * * *
1166 TTCTTAGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAA
517 TTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAA
* *
1231 GTGTTCAACACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCATC
582 GTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCATC
********************************
1295 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAACAACATTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
********************************************
1359 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGAAACTTTTACGAGTTCT
66 GTCAGAATTGTATCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCT
* *
1424 TTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATT
131 TTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATT
* *
1489 CCATTCTCGGGAAATCACATCATTTGGTCCAAAATGCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGGT
196 CCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCC-AAATGCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGGT
* * * * * *
1554 TTTAAGTTAAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTCCTCCTTTGGTTCTTGG-TTGAACTT-TTA
260 TTTAA-TT-TAAAACTTATTTAAGTCAGA-TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACT-AACTTATGA
* * * * * * * * *
1617 CGAGTTCTTCAAAATGTTGCGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAATGATCC
321 --ACTTGTT-AAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCC
* * * * * *
1682 ATTCCTTTGAGCAATTTTTTGAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGT
383 ATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGT-CAAAATAGT
* *
1747 TTGTCATTTTGTAAATAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTT
447 TTGTCA-TTTGTAAAAAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTC
* ** * * * ** *
1812 TTTTGGTTCTTGGACGAACTCCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTC
511 TTTTGGTTCTTGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGATTC
* *** *
1877 CTTAACGTATTCATGGCGATCCATTCCTTCGAGC
576 CTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGC
1911 CATTTT
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 199, Indels: 35
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
644 1 0.00
645 106 0.10
646 36 0.03
647 246 0.24
648 365 0.35
649 47 0.05
650 94 0.09
651 15 0.01
652 134 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (645 bp):
ATTTGGTCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAACAACATTTGGTTTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
GTCAGAATTGTATCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTCCAAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCT
TTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATT
CCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATGCTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGGTT
TTAATTTAAAACTTATTTAAGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACTAACTTATGAACTTG
TTAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTC
GAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTT
GTAAAAAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCT
TGGATGAACTTACGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTAT
TCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAAATCGCATC
Done.