Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006731.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121329, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14549
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
Found at i:1172 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1155--1194 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 3.4 Consensus size: 12
1145 AATATTAAAA
1155 TAATTAATTATT
1 TAATTAATTATT
*
1167 TAATTACTTATT
1 TAATTAATTATT
*
1179 T-ATTAAATATT
1 TAATTAATTATT
1190 TAATT
1 TAATT
1195 CAAAATATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 9 0.38
12 15 0.62
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (12 bp):
TAATTAATTATT
Found at i:1448 original size:119 final size:121
Alignment explanation
Indices: 1186--1637 Score: 748
Period size: 119 Copynumber: 3.8 Consensus size: 121
1176 ATTTATTAAA
* *
1186 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAATATTAAATTATTAAAAACATA
1 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATT-AAAACAGA
1251 ACAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAC
65 ACAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAC
*
1308 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATT-AAACAGAA
1 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAAACAGAA
* * *
1372 CAAATATTAAAA-AATTAATTAGTTAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATTGAAC
66 CAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAC
*
1427 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATT-AAACAGAA
1 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAAACAGAA
*
1491 CAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAA
66 CAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAC
* * *
1547 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATAGTTAAATAAATATTAAATTATTAAAACATAA
1 TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAAACAGAA
* * *
1612 AAAATATTGAAATAATTATTTATTTA
66 CAAATATTAAAATAATTAATTATTTA
1638 TTAAACCCTA
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 17, Indels: 5
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 116 0.37
120 111 0.36
121 30 0.10
122 54 0.17
ACGTcount: A:0.51, C:0.05, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (121 bp):
TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAAACAGAA
CAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAC
Found at i:1449 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 1383--1578 Score: 147
Period size: 62 Copynumber: 3.2 Consensus size: 62
1373 AAATATTAAA
* * *
1383 AAATTAATTAGTTAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATTGAACTATTTAATTCAAAATATT
1 AAATTAATTAATTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATAGAACTATTTAATTCAAAATATT
* ** *** ** * **
1445 AAATTATTTAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAACAGAAC-AAAT-ATT--AAA-A-T
1 AAATTAATTAATTA-A-TTAGTTATTTATTAAA-CCTTAAATAGAACTATTTAATTCAAAATATT
* * *
1504 -AATTAATTATTTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATT
1 AAATTAATTAATTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATAGAACTATTTAATTCAAAATATT
1565 AAATT-ATATAATTA
1 AAATTAAT-TAATTA
1579 TAGTTAAATA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 29, Indels: 22
0.65 0.20 0.15
Matches are distributed among these distances:
55 8 0.09
56 13 0.14
57 4 0.04
58 11 0.12
59 4 0.04
60 2 0.02
61 6 0.06
62 21 0.22
63 4 0.04
64 13 0.14
65 8 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (62 bp):
AAATTAATTAATTAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATAGAACTATTTAATTCAAAATATT
Found at i:1545 original size:239 final size:226
Alignment explanation
Indices: 1046--1629 Score: 785
Period size: 239 Copynumber: 2.5 Consensus size: 226
1036 AAAATGTCAA
* * * * *
1046 TAATTAATTATTTATTAAACCCTAAACTC-AAATACTTAATTAAAAATATTAAATTAGTTAATTA
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAA-TCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTA
* * * *
1110 TATTAAATAAATATTCAATTATAAAAAATAGAACAAATATTAAAATAATTAATTATTTAATTACT
65 TATTAAATAAATATTAAATTAT--TAAACAGAACAAATATTAAAA-AATTAATTAGTTAATTACT
*
1175 TATTTATTAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAATATTAAATTA
127 TATTTATTAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTA
*
1240 TTAAAAACATAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
192 TT-AAAACAGAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
*
1276 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAACTATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTAT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTAT
* *
1341 ATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAACAGAACAAATATTAAAAAATTAATTAGTTAATTAGTTAT
66 A-TTAAATAAATATTAAATTATTAAACAGAACAAATATTAAAAAATTAATTAGTTAATTACTTAT
*
1406 TTATTAAACCCTAAATTGAACTATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTATATTTAAATAAA
130 TTA-T------T--A---AA-TATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAA
1471 AATTAAATTATT-AAACAGAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
182 AATTAAATTATTAAAACAGAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
*
1515 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTAT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTAT
* * *
1580 AGTTAAATAAATATTAAATTATTAAAACATAAAAAATATTGAAATAATTA
66 A-TTAAATAAATATTAAATTATT-AAACAGAACAAATATT-AAAAAATTA
1630 TTTATTTATT
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 22, Indels: 23
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
228 23 0.07
229 22 0.07
230 57 0.18
231 18 0.06
235 1 0.00
237 1 0.00
239 115 0.37
240 16 0.05
241 62 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.05, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (226 bp):
TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTAT
ATTAAATAAATATTAAATTATTAAACAGAACAAATATTAAAAAATTAATTAGTTAATTACTTATT
TATTAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTATATTTAAATAAAAATTAAATTATTAA
AACAGAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
Found at i:1638 original size:109 final size:112
Alignment explanation
Indices: 1046--1664 Score: 629
Period size: 119 Copynumber: 5.4 Consensus size: 112
1036 AAAATGTCAA
* * *
1046 TAATTAATTATTTATTAAACCCTAAACTC-AAATACTTAATTAAAAATATTAAATTAGT-TAATT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAA-TCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTA-TATAATT
* * *
1109 ATA-TTAAATAAATATTCAATTA-TAAAAA-ATAGAACAAATATTAA-AA
64 ATATTTAAATAAATATTAAATTATTAAAAACATATAA-AAATATTAATAT
* * * *
1155 TAATTAATTATTTAATT--A-CTTATTTAT-TAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAAT
1 TAATTAGTTATTT-ATTAAACCCTA--AATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAAT
1216 TATATTTAAATAAATATTAAATTATTAAAAACATAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
63 TATATTTAAATAAATATTAAATTATTAAAAACAT-----ATA--AAAAT-ATTAA-TA-T
* * *
1276 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAACTATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTAT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTAT
*
1341 ATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAACAGAACAAATATTAAAAA-ATTAATTAGT
66 ATTTAAATAAATATTAAATTATT-AA-A-AAC--ATA-TAAAAATATTAA-TA-T
* * *
1395 TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATTGAACTATTTAATTCAAAATATTAAATTATTTAATTAT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTAT
* *
1460 ATTTAAATAAAAATTAAATTATTAAACAGAACAAATATTAAAATAATTAATTATT
66 ATTTAAATAAATATTAAATTATT-AA-A-AAC--ATATAAAAAT-ATTAA-TA-T
*
1515 TAATTAGTTATTTATTAAACCTTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTAT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTAT
*
1580 AGTTAAATAAATATTAAATTATT-AAAACATA-AAAAATATTGAA-A-
66 ATTTAAATAAATATTAAATTATTAAAAACATATAAAAATATT-AATAT
* *
1624 TAATTATTTATTTATTAAACCCTAAATCGAACTATTTAATT
1 TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATCGAAATATTTAATT
1665 ATTAAAAACA
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 28, Indels: 64
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
107 4 0.01
108 35 0.08
109 70 0.16
110 9 0.02
111 3 0.01
112 3 0.01
113 7 0.02
114 3 0.01
116 5 0.01
117 5 0.01
118 12 0.03
119 109 0.24
120 95 0.21
121 18 0.04
122 58 0.13
123 8 0.02
124 1 0.00
125 3 0.01
127 2 0.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (112 bp):
TAATTAGTTATTTATTAAACCCTAAATCGAAATATTTAATTCAAAATATTAAATTATATAATTAT
ATTTAAATAAATATTAAATTATTAAAAACATATAAAAATATTAATAT
Found at i:1689 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1656--1710 Score: 85
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
1646 TAAATCGAAC
*
1656 TATTTAATTATTAAA-AACAACTCAAA
1 TATTTAATTATTAAATAA-AACCCAAA
1682 TATTTAATTATTAAATAAAACCCAAA
1 TATTTAATTATTAAATAAAACCCAAA
1708 TAT
1 TAT
1711 AACAACGAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
26 25 0.93
27 2 0.07
ACGTcount: A:0.53, C:0.11, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (26 bp):
TATTTAATTATTAAATAAAACCCAAA
Found at i:5806 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 5701--5831 Score: 255
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
5691 TCATAATGTA
5701 GTAAGATTTTACGTTTTTTTTAATAATATGTAATATTATAATTTAAATCTTGATCTTGTTAAATA
1 GTAAGATTTTACGTTTTTTTTAATAATATGTAATATTATAATTTAAATCTTGATCTTGTTAAATA
5766 T
66 T
5767 GTAAGATTTTACG-TTTTTTTAATAATATGTAATATTATAATTTAAATCTTGATCTTGTTAAATA
1 GTAAGATTTTACGTTTTTTTTAATAATATGTAATATTATAATTTAAATCTTGATCTTGTTAAATA
5831 T
66 T
5832 ATCCATTACT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
65 52 0.80
66 13 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (66 bp):
GTAAGATTTTACGTTTTTTTTAATAATATGTAATATTATAATTTAAATCTTGATCTTGTTAAATA
T
Found at i:7474 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7450--7490 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
7440 GCTACAACTT
* * *
7450 AAAGTGGAGGCAGCAGCGAGG
1 AAAGCGGAGACAGCAACGAGG
7471 AAAGCGGAGACAGCAACGAG
1 AAAGCGGAGACAGCAACGAG
7491 ATTTGTGAAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.41, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
AAAGCGGAGACAGCAACGAGG
Done.