Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01006745.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121343, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2394
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.18, T:0.33


Found at i:966 original size:109 final size:109

Alignment explanation


    Indices: 775--995  Score: 406
    Period size: 109  Copynumber: 2.0  Consensus size: 109

        765 TTTTTTGGGT

                             *                                               
        775 TTTCTACAATTCCCCTCTGGAAGCTTGTGGGCCTTGTTTTTGCTTTGAAAATTCATAGTGATTAA
          1 TTTCTACAATTCCCCTCCGGAAGCTTGTGGGCCTTGTTTTTGCTTTGAAAATTCATAGTGATTAA

                    *                                   
        840 TCTGCCTGTAGTTGTTGACATATGGTAGATATCAATTAAATTAA
         66 TCTGCCTGCAGTTGTTGACATATGGTAGATATCAATTAAATTAA

                                            *                                
        884 TTTCTACAATTCCCCTCCGGAAGCTTGTGGGCTTTGTTTTTGCTTTGAAAATTCATAGTGATTAA
          1 TTTCTACAATTCCCCTCCGGAAGCTTGTGGGCCTTGTTTTTGCTTTGAAAATTCATAGTGATTAA

                                 *                      
        949 TCTGCCTGCAGTTGTTGACATGTGGTAGATATCAATTAAATTAA
         66 TCTGCCTGCAGTTGTTGACATATGGTAGATATCAATTAAATTAA

               
        993 TTT
          1 TTT

        996 GGAATATCCT


Statistics
Matches: 108,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.96            0.04        0.00

Matches are distributed among these distances:
 109  108  1.00

ACGTcount: A:0.25, C:0.16, G:0.19, T:0.41


Consensus pattern (109 bp):   
TTTCTACAATTCCCCTCCGGAAGCTTGTGGGCCTTGTTTTTGCTTTGAAAATTCATAGTGATTAA
TCTGCCTGCAGTTGTTGACATATGGTAGATATCAATTAAATTAA
Done.