Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006754.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121352, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8093
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Found at i:4124 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 4090--4162 Score: 85
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
4080 CCATTTTTGA
*
4090 AAAATTACAATAAATGTCCTCAAATTTAGT
1 AAAATTACAATAAATGCCCTCAAATTTAGT
** * *
4120 AAAATTACGGTAAATGCCCTTAATTTTAGT
1 AAAATTACAATAAATGCCCTCAAATTTAGT
*
4150 -AAATTGCAATAAA
1 AAAATTACAATAAA
4163 GCTTTTATAC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 8, Indels: 1
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
29 10 0.29
30 25 0.71
ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
AAAATTACAATAAATGCCCTCAAATTTAGT
Found at i:4945 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 4896--5354 Score: 595
Period size: 45 Copynumber: 10.2 Consensus size: 45
4886 TTTCGAATCG
* * * *
4896 ATGATATGATAAATATTATTTGATTAATTATGATATACAATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* *
4941 ATGATATGGTAAATATTATTATTTGATTGATTATGTTGTACGATATGC
1 ATGATATGGT-AA-A-TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* * *
4989 ATGTTATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGTTATGCGATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* * *
5034 ATGATACGGTAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACTATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* *
5079 ATGATATGGTAAATATTATTATTTGATTGATTATACTGTACGATATGC
1 ATGATATGGT-AA-A-TATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* * * *
5127 ATGACATGGTAAATATTATTTGATTAAGTTATGCTATATGATACGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGA-TTATGCTATACGATATGC
*
5173 ATGATATGGTAAATA--A--T-ATTGATTATGCTATAAGATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* *
5213 ATGATATGGTAAATATTACTTGATTGATTGTGCTATACGATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
* * *
5258 ACGATATGATAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACGATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
*
5303 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTACACGATATGC
1 ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
5348 ATGATAT
1 ATGATAT
5355 ACGTTTCACT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 40, Indels: 24
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
40 31 0.09
41 4 0.01
42 2 0.01
44 2 0.01
45 209 0.58
46 34 0.09
47 6 0.02
48 74 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (45 bp):
ATGATATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGCTATACGATATGC
Found at i:5213 original size:224 final size:226
Alignment explanation
Indices: 4896--5351 Score: 627
Period size: 224 Copynumber: 2.0 Consensus size: 226
4886 TTTCGAATCG
* *
4896 ATGATATGATAAATATTATTTGATTAATTATGATATACAATATGCATGATATGGTAAATATTATT
1 ATGACATGATAAATATTATTTGATTAATTATGATATACAATACGCATGATATGGTAAATATTA-T
* * * * * * *
4961 ATTTGATTGATTATGTTGTACGATATGCATGTTATGGTAAATATTATTTGATTGATTATGTTATG
65 A-TTGATTGATTATGCTATAAGATATGCATGATATGGTAAATATTACTTGATTGATTATGCTATA
* * *
5026 CGATATGCATGATACGGTAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACTATATGCATGATATGGTAA
129 CGATATGCACGATACGATAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACGATATGCATGATATGGT-A
**
5091 ATATTATTATTTGATTGATTATACTGTACGATATGC
193 A-A-TATTATTTGATTGATTATACTACACGATATGC
* * **
5127 ATGACATGGTAAATATTATTTGATTAAGTTATGCTATATGATACGCATGATATGGT-AA-A-TA-
1 ATGACATGATAAATATTATTTGATTAA-TTATGATATACAATACGCATGATATGGTAAATATTAT
*
5188 A-T-ATTGATTATGCTATAAGATATGCATGATATGGTAAATATTACTTGATTGATTGTGCTATAC
65 ATTGATTGATTATGCTATAAGATATGCATGATATGGTAAATATTACTTGATTGATTATGCTATAC
*
5251 GATATGCACGATATGATAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACGATATGCATGATATGGTAAA
130 GATATGCACGATACGATAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACGATATGCATGATATGGTAAA
*
5316 TATTATTTGATTGATTATGCTACACGATATGC
195 TATTATTTGATTGATTATACTACACGATATGC
5348 ATGA
1 ATGA
5352 TATACGTTTC
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 21, Indels: 12
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
221 33 0.16
222 1 0.00
223 2 0.01
224 111 0.55
225 1 0.00
227 1 0.00
229 2 0.01
230 1 0.00
231 27 0.13
232 24 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (226 bp):
ATGACATGATAAATATTATTTGATTAATTATGATATACAATACGCATGATATGGTAAATATTATA
TTGATTGATTATGCTATAAGATATGCATGATATGGTAAATATTACTTGATTGATTATGCTATACG
ATATGCACGATACGATAAATATTATTTGATTAATTATGCTATACGATATGCATGATATGGTAAAT
ATTATTTGATTGATTATACTACACGATATGC
Done.