Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01006884.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121485, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 9986
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36


Found at i:9163 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 9142--9233  Score: 50
    Period size: 6  Copynumber: 15.5  Consensus size: 6

       9132 TTTAAATTGG

                       **                                 *          **
       9142 TTTAAA TTTATT TTTAAA TTTAAA TTT--A TGTTAAA TATAAAA TTTATCTT
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA T-TTAAA T-TTAAA TTTA--AA

                              **                                
       9192 TTTAAA TTTAAA TTT-GC TTTAAA TTTAAA TTT-AA -TTAAA TTT
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT

       9234 GAATGGATTT


Statistics
Matches: 63,  Mismatches: 15, Indels: 16
        0.67            0.16        0.17

Matches are distributed among these distances:
   4    4  0.06
   5    9  0.14
   6   39  0.62
   7    7  0.11
   8    4  0.06

ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:9177 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 9142--9233  Score: 87
    Period size: 17  Copynumber: 5.2  Consensus size: 17

       9132 TTTAAATTGG

                              
       9142 TTTAAATTTATTTTTAAA
          1 TTTAAATTTA-TTTTAAA

                       *     
       9160 TTTAAATTTATGTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

               *                 
       9177 TATAAAATTTATCTTTTTAAA
          1 T-TTAAATTTA---TTTTAAA

                     **      
       9198 TTTAAATTTGCTTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                       *     
       9215 TTTAAATTTA-ATTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

               
       9231 TTT
          1 TTT

       9234 GAATGGATTT


Statistics
Matches: 62,  Mismatches: 8, Indels: 10
        0.77            0.10        0.12

Matches are distributed among these distances:
  16    8  0.13
  17   22  0.35
  18   18  0.29
  20    7  0.11
  21    7  0.11

ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTATTTTAAA

Found at i:9214 original size:38 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 9145--9224  Score: 99
    Period size: 38  Copynumber: 2.2  Consensus size: 35

       9135 AAATTGGTTT

                                                
       9145 AAATTTATTTTTAAATTTAAATTTATGTTAAATATA
          1 AAATTTATTTTTAAATTTAAATTTATGTTAAAT-TA

                                       *         *
       9181 AAATTTATCTTTTTAAATTTAAATTTGCT-TTAAATTT
          1 AAATTTA--TTTTTAAATTTAAATTT-ATGTTAAATTA

                   
       9218 AAATTTA
          1 AAATTTA

       9225 ATTAAATTTG


Statistics
Matches: 39,  Mismatches: 2, Indels: 5
        0.85            0.04        0.11

Matches are distributed among these distances:
  36    7  0.18
  37    8  0.21
  38   23  0.59
  39    1  0.03

ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.03, T:0.54


Consensus pattern (35 bp):   
AAATTTATTTTTAAATTTAAATTTATGTTAAATTA

Found at i:9975 original size:33 final size:33

Alignment explanation


    Indices: 9914--9985  Score: 83
    Period size: 33  Copynumber: 2.2  Consensus size: 33

       9904 AAAATGTCAT

                       *          **         
       9914 TAATAATATTATTAATTATATTGGCAATAATAA
          1 TAATAATATTACTAATTATATTAACAATAATAA

                                          *   
       9947 TAATAATATTACTAA-TATCATTAACAATATTAA
          1 TAATAATATTACTAATTAT-ATTAACAATAATAA

             *    
       9980 TGATAA
          1 TAATAA

       9986 C


Statistics
Matches: 33,  Mismatches: 5, Indels: 2
        0.82            0.12        0.05

Matches are distributed among these distances:
  32    3  0.09
  33   30  0.91

ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.04, T:0.40


Consensus pattern (33 bp):   
TAATAATATTACTAATTATATTAACAATAATAA
Done.