Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006910.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121511, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1885
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.20, T:0.29
Found at i:912 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 878--1225 Score: 132
Period size: 29 Copynumber: 12.0 Consensus size: 27
868 AAGTTCAAAA
878 GTAAAATGGTAATTTTTGAAAATTTAGG
1 GTAAAATGG-AATTTTTGAAAATTTAGG
* *
906 GTCAAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTAGGG
1 GT---AAAATGGAATTTTTGAAAATTTA-GG
* ** * *
937 GTAAAAATGTAATTTTCAAAAAATTCGAG
1 GT-AAAATGGAATTTTTGAAAATTTAG-G
* * *
966 GTAAATAT-GAAATTTTG-GAAGTTAGGGG
1 GTAAA-ATGGAATTTTTGAAAATTTA--GG
* *
994 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTGGG
1 GTAAAATGG-AATTTTTGAAAATTTAGG
* *
1022 GTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGA-TCAGGG
1 GT--AAAATGGAATTTTT-GAAAATTTA-GG
1052 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGG
1 GTAAAATGG-AATTTTT-GAAAATTT-AGG
* *
1082 TTAAAAATGGAA-TTTTGGAAATTTGAGG
1 GT-AAAATGGAATTTTTGAAAATTT-AGG
* * *
1110 GTAAAATAGTATTTTTAGGAAAAATTGAGG
1 GTAAAATGGAATTTTT--G-AAAATTTAGG
* * * **
1140 TTAAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTCGGG
1 GT-AAAATGGAATTTTTGAAAATTTAGG
** **
1167 GTAAAAATGTTATTTTCAAAAAGTTTAGG
1 GT-AAAATGGAATTTTTGAAAA-TTTAGG
*
1196 GTTAAAATAGAA-TTTTGAAAAAGTTTAGG
1 G-TAAAATGGAATTTTTG-AAAA-TTTAGG
1225 G
1 G
1226 GTCAAAATAT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 53, Indels: 55
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
27 28 0.12
28 54 0.23
29 78 0.33
30 48 0.20
31 31 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
GTAAAATGGAATTTTTGAAAATTTAGG
Found at i:931 original size:59 final size:56
Alignment explanation
Indices: 816--1212 Score: 329
Period size: 58 Copynumber: 6.9 Consensus size: 56
806 TTGATACCCG
* * * *
816 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGGTAACTTTAGGCTAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTT-TGAAAATTTAGGGT-AAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTCA
*** *
875 AAAGTAAAATGGTAATTTTTGAAAATTTAGGGTCAAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAATTTAGGGT--AAAAATGGAATTTTGG-AAGTTCA
** * * * *
934 GGGGTAAAAAT-GTAATTTTCAAAAAATTCGAGGTAAATATGAAATTTTGGAAGTT-A
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAATTTAG-GGTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
* * *
990 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGATCA
1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAATTTAGGGT-AAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTCA
* * *
1049 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAATT-T
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAATTT-AGGGTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
* * *
1106 GAGGGTAAAATAGT-ATTTTTAGGAAAAATTGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTC-
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTT--G-AAAATTTAGGGTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
* ** * *
1164 GGGGTAAAAAT-GTTATTTTCAAAAAGTTTAGGGTTAAAATAGAATTTTG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAA-TTTAGGGTAAAAATGGAATTTTG
1213 AAAAAGTTTA
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 40, Indels: 39
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
55 4 0.01
56 28 0.10
57 45 0.16
58 118 0.42
59 74 0.26
60 11 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (56 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAATTTAGGGTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
Found at i:1056 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 816--1172 Score: 356
Period size: 58 Copynumber: 6.2 Consensus size: 58
806 TTGATACCCG
* * * *
816 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGGTAACTTT-AGGCTAAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGG-TCAAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTCA
*** *
875 AAAGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAATTT-AGGGTCAAAAAATGGAATTTTGGAAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGA-GGTC-AAAAATGGAATTTTGG-AAGTTCA
*** * * *
934 GGGGTAAAAAT-GTAATTTTCAAAAAATTCGAGGT-AAATATGAAATTTTGGAAGTT-A
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
* *
990 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAATTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGATCA
1 -GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAGTTCA
* * *
1049 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAATT-T
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
* * *
1106 GAGGGTAAAATAGT-ATTTTTAGGAAAAATTGAGGTTAAAAATGGAATTTTGGAAGTTC-
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTT-GGAAAATTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
1164 GGGGTAAAA
1 GGGGTAAAA
1173 ATGTTATTTT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 32, Indels: 32
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
56 15 0.06
57 41 0.16
58 115 0.46
59 65 0.26
60 14 0.06
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAGTTCA
Found at i:1241 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1164--1241 Score: 88
Period size: 29 Copynumber: 2.6 Consensus size: 30
1154 TTGGAAGTTC
* *
1164 GGGGTAAAAATGTTATTTTCAAAAAGTTTA
1 GGGGTAAAAATATGATTTTCAAAAAGTTTA
* *
1194 -GGGTTAAAATA-GAATTTTGAAAAAGTTTA
1 GGGGTAAAAATATG-ATTTTCAAAAAGTTTA
*
1223 GGGGTCAAAATATGATTTT
1 GGGGTAAAAATATGATTTT
1242 TTGATAGTAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 6
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 24 0.60
30 15 0.38
31 1 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
GGGGTAAAAATATGATTTTCAAAAAGTTTA
Done.