Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01006953.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121558, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8861
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.19, T:0.32
Found at i:5613 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5571--5613 Score: 52
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
5561 ATTAATTATA
*
5571 AATTAAATTTTATAATTTTTTG
1 AATTAAATTTTATAAGTTTTTG
5593 AATTAAGATTTT-TCAAGTTTT
1 AATTAA-ATTTTAT-AAGTTTT
5614 ATTTTTCAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 3
0.82 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.39
23 11 0.61
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAATTTTATAAGTTTTTG
Found at i:5865 original size:83 final size:84
Alignment explanation
Indices: 5717--5875 Score: 239
Period size: 83 Copynumber: 1.9 Consensus size: 84
5707 AAAACTTTTA
* * *
5717 TTTCAAAATTTTGATAATTCTTAATATGAATTATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAATTATT
1 TTTCAAAATATTGATAATTCTTAATAT--ATAATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAACTATT
*
5782 ATTAAGATTTTGTTCTTCATT
64 ATCAAGATTTTGTTCTTCATT
* *
5803 TTTCAAAATATTGATAATTTTTAATAT-TAATAAATTAAATTTTATAATTTATATTAACTATTAT
1 TTTCAAAATATTGATAATTCTTAATATATAATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAACTATTAT
5867 CAAGATTTT
66 CAAGATTTT
5876 TCTTTTAAAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 3
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 42 0.63
86 25 0.37
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (84 bp):
TTTCAAAATATTGATAATTCTTAATATATAATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAACTATTAT
CAAGATTTTGTTCTTCATT
Found at i:5967 original size:185 final size:188
Alignment explanation
Indices: 5719--6058 Score: 501
Period size: 185 Copynumber: 1.8 Consensus size: 188
5709 AACTTTTATT
*
5719 TCAAAATTTTGATAATTCTTAATATGAATTATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAATTATTAT
1 TCAAAATTTTGATAATTCTTAACATGAATTATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAATTATTAT
* * ** * *
5784 TAAGA-TTTTGTTCTTCA-TTTTTCAAAATATTGATAATTTTTAATATT-A-ATAAATTAAATTT
66 CAAAAGTTTTCAT-TTAATTTTTTCAAAATATTGATAATCTTTAATATTAATATAAATTAAATTT
5845 TATAATTTATATTAACTATTATCAAGATTTTTCTTTTAAATTCTTATTTTTTTTCTTTC
130 TATAATTTATATTAACTATTATCAAGATTTTTCTTTTAAATTCTTATTTTTTTTCTTTC
* * *
5904 TCAAAGTTTTGATAATTCTTAACATTG-ATTATAAATTAAATTTTATAATTTTTATTAATTATTA
1 TCAAAATTTTGATAATTCTTAACA-TGAATTATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAATTATTA
* *
5968 TCAAAAGTTTTCATTTAATTTTTTCAAAGTGTTGATAATCTTTAATATTAATTATAAATTAAATT
65 TCAAAAGTTTTCATTTAATTTTTTCAAAATATTGATAATCTTTAATATTAA-TATAAATTAAATT
*
6033 TTATAATTTATATTAATTATTATCAA
129 TTATAATTTATATTAACTATTATCAA
6059 AAGTTTGAAT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 13, Indels: 8
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
185 64 0.47
186 34 0.25
187 1 0.01
189 37 0.27
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (188 bp):
TCAAAATTTTGATAATTCTTAACATGAATTATAAATTAAACTTTATAATTTATATTAATTATTAT
CAAAAGTTTTCATTTAATTTTTTCAAAATATTGATAATCTTTAATATTAATATAAATTAAATTTT
ATAATTTATATTAACTATTATCAAGATTTTTCTTTTAAATTCTTATTTTTTTTCTTTC
Found at i:6005 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 5904--6064 Score: 270
Period size: 87 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
5894 TTTTTCTTTC
* * *
5904 TCAAAGTTTTGATAAT-TCTTAACATTGATTATAAATTAAATTTTATAATTTTTATTAATTATTA
1 TCAAAGTGTTGATAATCT-TTAACATTAATTATAAATTAAATTTTATAATTTATATTAATTATTA
5968 TCAAAAGTTTTCATTTAATTTTT
65 TCAAAAGTTTTCATTTAATTTTT
*
5991 TCAAAGTGTTGATAATCTTTAATATTAATTATAAATTAAATTTTATAATTTATATTAATTATTAT
1 TCAAAGTGTTGATAATCTTTAACATTAATTATAAATTAAATTTTATAATTTATATTAATTATTAT
6056 CAAAAGTTT
66 CAAAAGTTT
6065 GAATTAGGAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 4, Indels: 2
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
87 68 0.99
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.05, T:0.51
Consensus pattern (87 bp):
TCAAAGTGTTGATAATCTTTAACATTAATTATAAATTAAATTTTATAATTTATATTAATTATTAT
CAAAAGTTTTCATTTAATTTTT
Done.