Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01007089.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121698, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8091
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.18, T:0.33


Found at i:7389 original size:25 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 7355--7470  Score: 130
    Period size: 25  Copynumber: 4.8  Consensus size: 25

       7345 TGACTATTGA

                                     
       7355 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                       *         *   
       7380 TTAATGTGATACATGCTT-TAGGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

              *        *             
       7404 TTGATGTGATAAATGCTTATATGTG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                 *    *           *  
       7429 TTAATATGATTTATGCTTA-A-ATG
          1 TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

                 *    *        
       7452 TTAATATGATTTATGCTTA
          1 TTAATGTGATATATGCTTA

       7471 AAAGTTAATG


Statistics
Matches: 80,  Mismatches: 10, Indels: 4
        0.85            0.11        0.04

Matches are distributed among these distances:
  23   21  0.26
  24   22  0.28
  25   37  0.46

ACGTcount: A:0.29, C:0.05, G:0.19, T:0.47


Consensus pattern (25 bp):   
TTAATGTGATATATGCTTATATGTG

Found at i:7457 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 7427--7546  Score: 131
    Period size: 23  Copynumber: 5.3  Consensus size: 23

       7417 TGCTTATATG

                                   
       7427 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
          1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA

                                   
       7450 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA
          1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA

            *      **              
       7473 AGTTAATGCGATTTATGCTT-AA
          1 TGTTAATATGATTTATGCTTAAA

                   *                
       7495 T-TTAATGTGATTTATGCTTGAAA
          1 TGTTAATATGATTTATGCTT-AAA

                     *  *          *
       7518 -GTTAA-AGCGACTTATGCTTAAG
          1 TGTTAATA-TGATTTATGCTTAAA

                   
       7540 TGTTAAT
          1 TGTTAAT

       7547 GCAATTAATG


Statistics
Matches: 82,  Mismatches: 9, Indels: 11
        0.80            0.09        0.11

Matches are distributed among these distances:
  21   17  0.21
  22    4  0.05
  23   61  0.74

ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.17, T:0.44


Consensus pattern (23 bp):   
TGTTAATATGATTTATGCTTAAA

Found at i:7519 original size:44 final size:45

Alignment explanation


    Indices: 7436--7547  Score: 163
    Period size: 44  Copynumber: 2.5  Consensus size: 45

       7426 GTGTTAATAT

                                 *                     *  
       7436 GATTTATGCTTAAATGTTAATATGATTTATGCTTAAAAGTTAATGC
          1 GATTTATGCTT-AATGTTAATGTGATTTATGCTTAAAAGTTAAAGC

                                             *           
       7482 GATTTATGCTTAAT-TTAATGTGATTTATGCTTGAAAGTTAAAGC
          1 GATTTATGCTTAATGTTAATGTGATTTATGCTTAAAAGTTAAAGC

              *                   
       7526 GACTTATGCTTAAGTGTTAATG
          1 GATTTATGCTTAA-TGTTAATG

       7548 CAATTAATGT


Statistics
Matches: 60,  Mismatches: 4, Indels: 4
        0.88            0.06        0.06

Matches are distributed among these distances:
  44   39  0.65
  45    4  0.07
  46   17  0.28

ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.18, T:0.43


Consensus pattern (45 bp):   
GATTTATGCTTAATGTTAATGTGATTTATGCTTAAAAGTTAAAGC

Found at i:7976 original size:23 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 7937--7983  Score: 71
    Period size: 24  Copynumber: 2.0  Consensus size: 25

       7927 GGACTATTGT

                                     
       7937 TGAGATATTTTGGTGCTT-ATATTA
          1 TGAGATATTTTGGTGCTTGATATTA

                        *           
       7961 TGAGATA-TTTGTTGCTTGATATT
          1 TGAGATATTTTGGTGCTTGATATT

       7984 TGGAACTTGT


Statistics
Matches: 21,  Mismatches: 1, Indels: 2
        0.88            0.04        0.08

Matches are distributed among these distances:
  23    9  0.43
  24   12  0.57

ACGTcount: A:0.23, C:0.04, G:0.21, T:0.51


Consensus pattern (25 bp):   
TGAGATATTTTGGTGCTTGATATTA
Done.