Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007096.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121705, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4958
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.14, T:0.37
Found at i:4277 original size:430 final size:428
Alignment explanation
Indices: 3139--4958 Score: 2184
Period size: 430 Copynumber: 4.2 Consensus size: 428
3129 ATCATTCCGG
* *
3139 ACTTGTCAAACTTTTCTGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * * *
3204 CTTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTC-GAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATATTTTA
66 CCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCTATGCTCAG-GAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * * *
3268 TCTTTTTATAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATGAAAAA-TATATTTACGTGATAATTGTTTCTCTC
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT-TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* *
3332 TTGGTTCTTAGACGAACTTCCAAACTTGAAAATTTTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCC
194 TTGGTTCTTAGACGAACTTCCAAA-TTTAAAA--ATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTT-C
* * * * * *
3397 TTAAAGTATTCAAGATGATCTATTCCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTTCATTCTCAGGAAATCA
255 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTC-GGAAATCA
* * * * *
3462 CATCACTTGGTCTAACTAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTAGTCTTTGAAGTAAAAACTTAT
319 CATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTAT
* * *
3527 TTATGT--GAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGG
384 TTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGA
* * * *
3570 ACTTGTCAAACTTTTTTGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATCCAAGATGATTCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * *
3635 CTTTCAAGCAA-TTTACTGAACATT-TCATGCTCAGGAAATTGCATCATCTGGTCAAAATA--AT
66 CCTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTCT-ATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
3696 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* * * *
3761 TTGGTTCTAAGATGAACTT-CAGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGCTTC
194 TTGGTTCTTAGACGAACTTCCA-AA-TT-TAAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGG-TTC
* * * *
3825 TTAAACTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGCAATCTC-CTGAACATTCCATGCTCGGAAAATC
255 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTCTC-GAACATTCCATGCTCGG-AAATC
* * *
3889 ACATCATTTGGTCAAAATAGTATGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTAA
318 ACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA
** * *
3954 TTTATGTGAGAATTGTTAGTCTCTCGATTCTTGGACAAACTTTCGA
383 TTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGA
* *
4000 ACTTGACAAACTTTTATGAATTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
*
4065 CCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACATTCTATGCTCATGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
66 CCTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTCTATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTG
* * * * *
4129 TCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTTACGTGAGAATTTTTTTTCTC
130 TCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* * * * * *
4194 TTGCTTCTTCGATGAACTTCCAAATTTATCAACATTTTAGGTGTTCTTTTATAACTTCGG-T-TT
194 TTGGTTCTTAGACGAACTTCCAAATTTA--AAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCTT
* * * ** *
4257 AAAGTATT-ACGGACGATCCATTCCTTTAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCAAGGGAAATCAA
257 AAAGTATTCA-AGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTCTCGAACATTCCATGC-TCGGAAATCAC
* *
4321 ATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTTATTTTGTACAA-AAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTAT
320 ATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTA-AACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTAT
* * * *
4385 TTACGTGAGAATTGTTTCTTTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTTGA
384 TTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGA
* * * * * * *
4430 ACTTG-AAAATTTTTTACGAGTTCTTTTATAACCTCGGTTCCTTAAAGCATTCAATACGATCCAT
1 ACTTGTCAAA-CTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAT
* * *
4494 TCCTTCAAGAAATTTTTCGAACATTACT-TGCTAAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATAGTTT
65 TCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATT-CTATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTT
* * *
4558 TTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACCTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
129 GTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTC
* * * ** *
4623 TTGGTTCTTGGACGAACATCCGAACTTGTAAAAAATTTTGTGTGTTCTTTTATAACTTCGGTTCC
194 TTGGTTCTTAGACGAACTTCC-AAATT-T-AAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTT-C
* * ** * *
4688 TTAAAGTATTCAAGGCGATCCATTTCTTTGAGCAATTT-TCTAAACATTCCATGCTTGGTAAATC
255 TTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTCTC-GAACATTCCATGCTCGG-AAATC
* *
4752 TCATCATGTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA
318 ACATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA
* *
4817 TTTATGTGAGTATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTAGA-AGAACTTTCGA
383 TTTATGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACA-AACTTTCGA
** * *
4863 ACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTATCCATT
1 ACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * *
4928 CCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCT
66 CCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCTATGCT
Statistics
Matches: 1198, Mismatches: 153, Indels: 74
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
427 3 0.00
428 144 0.12
429 125 0.10
430 459 0.38
431 120 0.10
432 51 0.04
433 290 0.24
434 6 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (428 bp):
ACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
CCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCTATGCTCAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGT
CATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTT
GGTTCTTAGACGAACTTCCAAATTTAAAAATTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCTTAAAG
TATTCAAGACGATCCATTCCTTCAAGCAATTTCTCGAACATTCCATGCTCGGAAATCACATCATT
TGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTG
AGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACTTTCGA
Found at i:4792 original size:217 final size:216
Alignment explanation
Indices: 3133--4958 Score: 2175
Period size: 216 Copynumber: 8.5 Consensus size: 216
3123 GCTTGTATCA
* * * *
3133 TTCCGGACTTGTCAAACTTTTCTGAGTTCTTTTATAACTTTGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
1 TTCCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * * * *
3198 TCCATTCTTTCGAGTAATTTTTCAAACATTCCATGCTC-GAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
66 TCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAG-GAAATCACATCATTTGGTCTAAAT
* * * * * *
3262 ATTTTATCTTTTTATAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATGAAAAA-TATATTTACGTGATAATTGTT
130 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACT-TATTTACGTGAGAATTGTT
*
3326 TCTCTCTTGGTTCTTAGACGAAC
194 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * *
3349 TTCCAAACTTG-AAAATTTTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGAT
1 TTCCGAACTTGTCAAA--CTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGAC
* * * * * *
3413 GATCTATTCCTTCAAGCAATTTTTCGGACATTTCATTCTCAGGAAATCACATCACTTGGTCTAAC
64 GATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAA
* * * *
3478 TAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTAGTCTTTGAAGTAAAAACTTATTTA--TGTGAATTGTT
129 TAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
3541 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
194 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * *
3564 TTCCGGACTTGTCAAACTTTTTTGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATCCAAGATGA
1 TTCCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * * * ** * *
3629 TTCATTCTTTCAAGCAA-TTTACTGAACATTTCATGCTCAGGAAATTGCATCATCTGGTCAAAAT
66 TCCATTCCTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAAT
*
3693 A--ATGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
130 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
** *
3756 CTCTCTTGGTTCTAAGATGAAC
195 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * *
3778 TTCAGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGGCTT-CTTAAACTATTCAAGATG
1 TTCCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACG
* * * *
3842 ATCCATTCCTTCGAGCAA-TCTCCTGAACATTCCATGCTC-GGAAAATCACATCATTTGGTCAAA
65 ATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGG-AAATCACATCATTTGGTCTAA
* * *
3905 ATAGTATGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTAATTTATGTGAGAATTGT
128 ATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
** * * *
3970 TAGTCTCTCGATTCTTGGACAAAC
193 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * *
3994 TTTCGAACTTGACAAACTTTTATGAATTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
1 TTCCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * *
4059 TCCATTCCTTCAAGCAA-TTTTCAGAACATTCTATGCTCATGAAATCGCATCATTTGGTCTAAAT
66 TCCATTCCTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAAT
* * * *
4123 AGTTTGTCATTTTGTAAAAAACTTTTGGTCTTTGAATTTAAAACTTATTTTACGTGAGAATTTTT
130 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTA-TTTACGTGAGAATTGTT
* * * *
4188 TTTCTCTTGCTTCTTCGATGAAC
194 TCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * * *
4211 TTCCAAATTTATC-AACATTTTAGGTGTTCTTTTATAACTTCGG-T--TTAAAGTATT-ACGGAC
1 TTCCGAACTTGTCAAAC-TTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCA-AGAC
* * *
4271 GATCCATTCCTTTAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGC-AAGGGAAATCAAATCATTTGGTCTAA
64 GATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCA-GGAAATCACATCATTTGGTCTAA
* *
4335 ATAGTTTGTTATTTTGTACAA-AAGTTTTGGTCTTAGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
128 ATAGTTTGTCATTTTGTA-AACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG
*
4399 TTTCTTTCTTGGTTCTTGGACGAAC
192 TTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
** * * * * * *
4424 TTTTGAACTTG-AAAATTTTTTACGAGTTCTTTTATAACCTCGGTTCCTTAAAGCATTCAATACG
1 TTCCGAACTTGTCAAA-CTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
* * * *
4488 ATCCATTCCTTCAAGAAATTTTTCGAACATTACTTGCTAAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAAT
65 ATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAAT
* * *
4553 AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACCTATTTACGTGAGAATTGTTT
130 AGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTT
4618 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
195 CTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * * *
4640 ATCCGAACTTGTAAAAAATTTTGTGTGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGGCG
1 TTCCGAACTTGT-CAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
* ** * * * *
4705 ATCCATTTCTTTGAGCAA-TTTTCTAAACATTCCATGCT-TGGTAAATCTCATCATGTGGTCTAA
65 ATCCATTCCTTCAAGCAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCAGG-AAATCACATCATTTGGTCTAA
* *
4768 ATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGTATTGT
128 ATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* *
4833 TTCTCTCTTGGTTCTTAGAAGAAC
193 TTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* ** *
4857 TTTCGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACTA
1 TTCCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* *
4922 TCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCT
66 TCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCT
Statistics
Matches: 1371, Mismatches: 206, Indels: 66
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
212 44 0.03
213 73 0.05
214 336 0.25
215 56 0.04
216 474 0.35
217 382 0.28
218 6 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (216 bp):
TTCCGAACTTGTCAAACTTTTATGAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
TCCATTCCTTCAAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTCAGGAAATCACATCATTTGGTCTAAATA
GTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
TCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
Done.