Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007292.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121908, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1671
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.20, T:0.35
Found at i:886 original size:470 final size:470
Alignment explanation
Indices: 1--1671 Score: 2911
Period size: 470 Copynumber: 3.6 Consensus size: 470
*
1 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGTATCTATGGTTGCATCTGGCT
1 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTATGGTTGCATCTGGCT
66 ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCTCTTTAT
66 ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCTCTTTAT
* * *
131 GGTTATTGTAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATGTGGAAGCATTCTGATTCCCT
131 GGTTATTATAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCCC
196 TAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGTGTAAGTATTCTGATTCCCCTAAGC
196 TAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGTGTAAGTATTCTGATTCCCCTAAGC
261 GTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTAGTGACCTTACACTCAGATTAGAAGCCAATTA
261 GTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTAGTGACCTTACACTCAGATTAGAAGCCAATTA
326 TCCTAGATGGGCTTCCAATGCTCGGATAGAAGAAGAATTACCGTACACTATCGCTTCAGTTCTCA
326 TCCTAGATGGGCTTCCAATGCTCGGATAGAAGAAGAATTACCGTACACTATCGCTTCAGTTCTCA
391 TGATATGCTCTGACATCAATGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCCTTGTTGAGAAAATTGC
391 TGATATGCTCTGACATCAATGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCCTTGTTGAGAAAATTGC
456 TACTGTTGCTGATGC
456 TACTGTTGCTGATGC
*
471 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTGTGGTTGCATCTGGCT
1 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTATGGTTGCATCTGGCT
* *
536 ATGTACCTGCAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTG-TAGTTTA
66 ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCT-CTTTA
*
600 TGGTTATTATAACTCCCTTGAGTTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCC
130 TGGTTATTATAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCC
* * *
665 CTAAGGTTGTTGAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACTATATGTAG-AAGTATTCTGATTCCCCTAA
195 CTAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGT-GTAAGTATTCTGATTCCCCTAA
* *
729 GCGTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTGGTGACCTTACACTTAGATTAGAAGCCAAT
259 GCGTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTAGTGACCTTACACTCAGATTAGAAGCCAAT
* * * * * * * *
794 TATCCTAGCTGGGCTTTCAATGCTCGGATA-AAAAAAAATTTTCCTTGCACTATGGCTTCAGTTC
324 TATCCTAGATGGGCTTCCAATGCTCGGATAGAAGAAGAA-TTACCGTACACTATCGCTTCAGTTC
* * ** * * *
858 TCGTGATATTCTCCCATATCAGTGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCTTTGTTGAGAAAAT
388 TCATGATATGCTCTGACATCAATGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCCTTGTTGAGAAAAT
923 TGCTACTGTTGCTGATGC
453 TGCTACTGTTGCTGATGC
*
941 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGTATCTATGGTTGCATCTGGCT
1 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTATGGTTGCATCTGGCT
1006 ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCTCTTTAT
66 ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCTCTTTAT
* * *
1071 GGTTATTGTAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATGTGGAAGCATTCTGATTCCCT
131 GGTTATTATAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCCC
1136 TAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGTGTAAGTATTCTGATTCCCCTAAGC
196 TAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGTGTAAGTATTCTGATTCCCCTAAGC
1201 GTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTAGTGACCTTACACTCAGATTAGAAGCCAATTA
261 GTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTAGTGACCTTACACTCAGATTAGAAGCCAATTA
1266 TCCTAGATGGGCTTCCAATGCTCGGATAGAAGAAGAATTACCGTACACTATCGCTTCAGTTCTCA
326 TCCTAGATGGGCTTCCAATGCTCGGATAGAAGAAGAATTACCGTACACTATCGCTTCAGTTCTCA
1331 TGATATGCTCTGACATCAATGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCCTTGTTGAGAAAATTGC
391 TGATATGCTCTGACATCAATGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCCTTGTTGAGAAAATTGC
1396 TACTGTTGCTGATGC
456 TACTGTTGCTGATGC
*
1411 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTGTGGTTGCATCTGGCT
1 TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTATGGTTGCATCTGGCT
* *
1476 ATGTACCTGCAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTG-TAGTTTA
66 ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCT-CTTTA
*
1540 TGGTTATTATAACTCCCTTGAGTTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCC
130 TGGTTATTATAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCC
* * *
1605 CTAAGGTTGTTGAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACTATATGTAG-AAGTATTCTGATTCCCCTAA
195 CTAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGT-GTAAGTATTCTGATTCCCCTAA
1669 GCG
259 GCG
Statistics
Matches: 1126, Mismatches: 67, Indels: 16
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
469 9 0.01
470 1108 0.98
471 9 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (470 bp):
TGTCCTTGCATATATGGCATTGCATTCTATTGTGGCTGCAATCGAATCTATGGTTGCATCTGGCT
ATGTACCTACAATTGATCAGTGTGCGAATATACCTACAAATTCTGATTAAAATTCTGCTCTTTAT
GGTTATTATAACTCCCTTGAGCTGAGGAATTTCCATATCTATATATGGAAGCATTCTGATTCCCC
TAAGGTTGCTCAACTCTGTTGTTGTATGAGTTACCATATGTGTAAGTATTCTGATTCCCCTAAGC
GTTGGGTTCTCAGTATCACTAGGTAGAGCACCTAGTGACCTTACACTCAGATTAGAAGCCAATTA
TCCTAGATGGGCTTCCAATGCTCGGATAGAAGAAGAATTACCGTACACTATCGCTTCAGTTCTCA
TGATATGCTCTGACATCAATGCTTCAAGCGCAGCCATAGGATCTGACCCTTGTTGAGAAAATTGC
TACTGTTGCTGATGC
Done.