Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01007341.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121957, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4030
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.16, T:0.36


Found at i:3930 original size:17 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 3910--3981  Score: 83
    Period size: 17  Copynumber: 4.4  Consensus size: 16

       3900 TTAAATCAAG

                             
       3910 TTTAGAATTATTTTAAA
          1 TTTA-AATTATTTTAAA

                             
       3927 TTTAAATTTATTTTAAA
          1 TTTAAA-TTATTTTAAA

              *       *    *
       3944 TTAAAATT-TATTAAG
          1 TTTAAATTATTTTAAA

                             
       3959 TTTAAATTTATTTTAAA
          1 TTTAAA-TTATTTTAAA

                  
       3976 TTTAAA
          1 TTTAAA

       3982 ATTTGAAATA


Statistics
Matches: 46,  Mismatches: 6, Indels: 6
        0.79            0.10        0.10

Matches are distributed among these distances:
  15   10  0.22
  16    6  0.13
  17   30  0.65

ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.03, T:0.54


Consensus pattern (16 bp):   
TTTAAATTATTTTAAA

Found at i:3932 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 3921--3981  Score: 54
    Period size: 6  Copynumber: 10.0  Consensus size: 6

       3911 TTAGAATTAT

                               *          *                          *
       3921 TTTAAA TTTAAA TTT-AT TTTAAA TTAAAA TTTATTAA GTTTAAA TTT-AT
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTA--AA -TTTAAA TTTAAA

                         
       3970 TTTAAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA

       3982 ATTTGAAATA


Statistics
Matches: 44,  Mismatches: 6, Indels: 10
        0.73            0.10        0.17

Matches are distributed among these distances:
   5    8  0.18
   6   28  0.64
   7    2  0.05
   8    2  0.05
   9    4  0.09

ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.54


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:3965 original size:32 final size:33

Alignment explanation


    Indices: 3922--3985  Score: 112
    Period size: 32  Copynumber: 2.0  Consensus size: 33

       3912 TAGAATTATT

                                             
       3922 TTAAATTTAAATTTATTTTAAA-TTAAAATTTA
          1 TTAAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAAATTTA

                *                           
       3954 TTAAGTTTAAATTTATTTTAAATTTAAAATTT
          1 TTAAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAAATTT

       3986 GAAATATTGC


Statistics
Matches: 30,  Mismatches: 1, Indels: 1
        0.94            0.03        0.03

Matches are distributed among these distances:
  32   21  0.70
  33    9  0.30

ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (33 bp):   
TTAAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAAATTTA
Done.