Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007354.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121970, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7278
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.19, T:0.35
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2709 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 2637--3264 Score: 501
Period size: 29 Copynumber: 21.2 Consensus size: 30
2627 TCTTCAGACA
*
2637 TTAGAGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAG-GGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * *
2668 TTTGTGGTTAAAAATGGGATTTTTTGG-AGT
1 TTAG-GGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
2698 TCAGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * * **
2727 TTCGAGGTCAAAAATGGG-ATTTCTAAAAGT
1 TTAGGGGT-AAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
2757 TTAGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGTT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAG-T
* *
2787 TTAGGGTTAAAAATGGG-A-TTTTAGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
*
2815 TTAGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
2844 TTTGAGGTTAAAAATGGG-ATTTTTGGAAGT
1 TTAG-GGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
2874 TTGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * *
2903 TTCGAGGTTAAAAATGAG-ATTTTTGGAAGT
1 TTAG-GGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
2933 TTGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
*
2962 TTCGGGGTTAAAAATGGG-ATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGG-TAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
** * *
2992 TCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * *
3021 TTTGGGGTTAAAAATGAG-ATTTTTAGAAGT
1 TTAGGGG-TAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * *
3051 TCAAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * *
3080 TTCGAGGTCAAAAATGAG-ATTTTTGGAAG-
1 TTAGGGGT-AAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
3109 TTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGTT
1 TTAG-GGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAG-T
* * *
3140 TTAGGGTTTAAATATGGG-ATTTTTAGAAGT
1 TTAGGG-GTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
3170 TTGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGT
1 TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* *
3199 TTTGGGGTTAAAAATGGG-ATTTTTGGAA-A
1 TTAGGGG-TAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
* * *
3228 TTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGACAAT
1 TTAG-GGGTAAAAATGGGAATTTTTGGA-AGT
3259 TTAGGG
1 TTAGGG
3265 ACCTTCGGGG
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 83, Indels: 71
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.01
28 76 0.16
29 159 0.33
30 139 0.29
31 92 0.19
32 6 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.30, T:0.37
Consensus pattern (30 bp):
TTAGGGGTAAAAATGGGAATTTTTGGAAGT
Found at i:2726 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 2642--3254 Score: 824
Period size: 59 Copynumber: 10.4 Consensus size: 59
2632 AGACATTAGA
*
2642 GGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGTGGTTAAAAATGGGATTTTTTGG-AGTTCAG
1 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCAG
* * * ** *
2702 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTCTAAAAGTTTAG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* * *
2761 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGTTTT-AGGGTTAAAAATGGGA-TTTTAGAAGTTTAG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGA-GGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
**
2819 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* * **
2878 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTTGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* * *
2937 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* * * * *
2996 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGAGATTTTTAGAAGTTCAA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* * *
3055 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTC-G
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* * **
3113 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTT-AGGGTTTAAATATGGGATTTTTAGAAGTTTGG
1 -GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGA-GG-TTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
* *
3174 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAATTC-G
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
3232 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 -GGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
3255 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 43, Indels: 21
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 60 0.12
59 385 0.77
60 54 0.11
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.30, T:0.37
Consensus pattern (59 bp):
GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTTTGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG
Found at i:5059 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 5050--5095 Score: 53
Period size: 6 Copynumber: 8.0 Consensus size: 6
5040 TTTTGAAGTT
*
5050 TTTAAA TTTAAGA -TT-AA TTTAAA TTTAAA TTTAAA -TCAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAA-A TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
5096 ATAAATTAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
4 1 0.03
5 7 0.21
6 25 0.74
7 1 0.03
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:5083 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5050--5105 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
5040 TTTTGAAGTT
5050 TTTAAATTTAAGATTAA
1 TTTAAATTTAA-ATTAA
5067 TTTAAATTTAAATTTAA
1 TTTAAATTTAAA-TTAA
* * *
5084 ATCAAATTTAAAATAA
1 TTTAAATTTAAATTAA
*
5100 ATTAAA
1 TTTAAA
5106 AAGGGCCCAG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 3
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.26
17 25 0.74
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATTTAAATTAA
Found at i:5091 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 5050--5095 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
5040 TTTTGAAGTT
*
5050 TTTAAATTTAAGATTAATTTAAA
1 TTTAAATTTAAGATAAATTTAAA
5073 TTTAAATTTAA-ATCAAATTTAAA
1 TTTAAATTTAAGAT-AAATTTAAA
5096 ATAAATTAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.10
23 19 0.90
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (23 bp):
TTTAAATTTAAGATAAATTTAAA
Found at i:5101 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 5052--5106 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 5.0 Consensus size: 11
5042 TTGAAGTTTT
*
5052 TAAATTTAAGA
1 TAAATTTAAAA
* *
5063 TTAATTTAAATT
1 TAAATTTAAA-A
5075 TAAATTT-AAA
1 TAAATTTAAAA
5085 TCAAATTTAAAA
1 T-AAATTTAAAA
5097 TAAA-TTAAAA
1 TAAATTTAAAA
5107 AGGGCCCAGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 7
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.19
11 19 0.53
12 10 0.28
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (11 bp):
TAAATTTAAAA
Found at i:5731 original size:204 final size:204
Alignment explanation
Indices: 5363--6180 Score: 1262
Period size: 204 Copynumber: 4.0 Consensus size: 204
5353 GATTACTGCA
* * * * * * * *
5363 TTGTTTATTTCGATTCGCTTCTCTATATCTCATCAGGACGAGGAGTTTGGTTCACTTCTCAGTAT
1 TTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTACCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
*
5428 CTCATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAAGG-AGCTTGG
66 CTCATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATC-AGGAAGCTGGG
* * *
5492 GTTCGAAGATTTTGCTTGTTTTGAGCTTCGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAAGAAGAT
130 GTTCGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGAT
*
5557 GATCACGTCG
195 GATCACATCG
* *
5567 TTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTATCTCGTCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
1 TTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTACCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
* * *
5632 CTCATCAGGAAGTTAACCTTTTATTGCTTCGACTTGCTTTTCAGTGTCTCATCAGGAAGGC-GGG
66 CTCATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAA-GCTGGG
* *
5696 GTTCGAAGATTTCGCTCGTTTTGAGCCTTGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGAT
130 GTTCGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGAT
5761 GATCACATCG
195 GATCACATCG
* * *
5771 CTGTTTGTTTCAATTCACTCCTTTGTACCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
1 TTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTACCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
* *
5836 CTCATTAGGAAGCTAACCTTTTATAGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGG
66 CTCATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGG
* * *
5901 TTTGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTTCGGGTCTTCTTCTCAGTGTCACATCAGGAAGATG
131 TTCGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGATG
5966 ATCACATCG
196 ATCACATCG
* * *
5975 CTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTACCTCATCAGGAAGACAAATTTGGTTCACTTCTTAGTAT
1 TTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTACCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
* * *
6040 CTTATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTTGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGAAAGCTGGGG
66 CTCATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGG
* * *
6105 TTTGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTCTGGGTCTTCTTCTCAGTGTATCATCAGGAAGATG
131 TTCGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGATG
*
6170 ATCACGTCG
196 ATCACATCG
6179 TT
1 TT
6181 TGTGGATAAT
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 48, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
203 5 0.01
204 556 0.99
205 2 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.22, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (204 bp):
TTGTTTGTTTCAATTCGCTCCTCTGTACCTCATCAGGAAGACGAATTTGGTTCACTTCTCAGTAT
CTCATCAGGAAGCTAACCTTTTATTGCTTCGACCTGCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGCTGGGG
TTCGAAGATTTTGCTCGTTTTGAGCCTCGTTTGGGTCTTCTTCTCAGTGTCTCATCAGGAAGATG
ATCACATCG
Done.