Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007361.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_121977, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5056
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.18, T:0.32
Found at i:4105 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 4057--4494 Score: 250
Period size: 29 Copynumber: 14.9 Consensus size: 29
4047 AGACATTCGG
* *
4057 GGGTAAAATTATAA-TTTTGGAAAAATTA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
*
4085 GGGTTAAAAATAG-AATTTTTGG--AAGTTCAA
1 GGG-TAAAAAT-GTAATTTTTGGAAAAATT--A
* *
4115 GGGT-AAAATAATAATTTTTGGAAAAAATCA
1 GGGTAAAAAT-GTAATTTTTGG-AAAAATTA
* * *
4145 AGGTCAAAAATGGAATTTTTGG--AAGTTCGA
1 GGGT-AAAAATGTAATTTTTGGAAAAATT--A
4175 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATTA
1 GGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGAAAAATTA
*
4204 GGGTAAAAATGTAA-TTTTGGAAAAGTTCGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATT--A
*
4234 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
* *
4263 GGGTAAAAAATGTAA-TTTTGTAAAATTTA
1 GGGT-AAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
** *
4292 GGGGTAAAAATGTAATTTTTTTAAAAAATA
1 -GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
* *
4322 GGGTCAAAAATG-AAATTTTGG-AAAGTTCGA
1 GGGT-AAAAATGTAATTTTTGGAAAAATT--A
* *
4352 GGCTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAA--C
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
*
4379 GGAGTAAAAATGGAA-TTTT--AAAAAGTTCA
1 GG-GTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAA-TT-A
** * * *
4408 GTATTAAAAATTTAATTTTTAGAAAAA-TC
1 G-GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
* * * *
4437 GAGGTCAAATATGGAA-TTTTGG-AAAGTTCGG
1 G-GGT-AAAAATGTAATTTTTGGAAAAATT--A
4468 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAAT
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAAT
4495 CGAGGTCAAA
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 52, Indels: 83
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.02
27 6 0.02
28 50 0.16
29 105 0.33
30 103 0.33
31 33 0.10
32 13 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.03, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTA
Found at i:4238 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 4052--4548 Score: 473
Period size: 59 Copynumber: 8.5 Consensus size: 59
4042 TTTGTAGACA
* * * * *
4052 TTCGGGGGTAAAATTATAA-TTTTGGAAAAATTAGGGTTAAAAATAGAATTTTTGG-AAG
1 TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAAG
* * * *
4110 TTCAAGGGT-AAAATAATAATTTTTGGAAAAAATCAAGGTCAAAAATGGAATTTTTGG-AAG
1 TTCGAGGGTAAAAAT-GTAATTTTTGG-AAAAATTAGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAAG
*
4170 TTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATTAGGGT-AAAAATGTAATTTTGGAAAAG
1 TTCGAGGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGAAAAATTAGGGTCAAAAATGGAATTTTGG-AAAG
* * * * *
4229 TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTGGGGTAAAAAATGTAATTTTGTAAAA
1 TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG
* ** * *
4288 TT-TAGGGGTAAAAATGTAATTTTTTTAAAAAATAGGGTCAAAAATGAAATTTTGGAAAG
1 TTCGA-GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG
* * **
4347 TTCGAGGCTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAA--CGGAGT-AAAAATGGAATTTTAAAAAG
1 TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAGG-GTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG
** * * * *
4404 TTC-AGTATTAAAAATTTAATTTTTAGAAAAA-TCGAGGTCAAATATGGAATTTTGGAAAG
1 TTCGAG-GGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAG-GGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG
* * *
4463 TTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAA-TCGAGGTCAAATATGGAATTTTGGAAAG
1 TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAG-GGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG
* *
4522 TTCG-GGGTTGAAAATGTAATTTATGGA
1 TTCGAGGG-TAAAAATGTAATTTTTGGA
4549 CATTTTAGAG
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 47, Indels: 31
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
56 2 0.01
57 53 0.14
58 30 0.08
59 217 0.58
60 74 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.23, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
TTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAAAATTAGGGTCAAAAATGGAATTTTGGAAAG
Found at i:4514 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 4126--4548 Score: 246
Period size: 29 Copynumber: 14.4 Consensus size: 29
4116 GGTAAAATAA
*
4126 TAATTTTTGGAAAAAATCAAGGTCAAAAATG
1 TAATTTTTGG-AAAAATCGAGGT-AAAAATG
* **
4157 GAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT-AAAATGG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGA-GGTAAAAAT-G
*
4186 TAATTTTTGGAAAAAT-TAGGGTAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGA-GGTAAAAATG
*
4215 TAA-TTTTGGAAAAGTTCGAGGGTAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAA-ATCGA-GGTAAAAATG
* *
4245 TAATTTTTGGAAAAATTGGGGTAAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGAGGT-AAAAATG
* * * *
4275 TAA-TTTTGTAAAATTTAGGGGTAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAA-ATCGAGGTAAAAATG
** *
4304 TAATTTTTTTAAAAAATAG-GGTCAAAAATG
1 TAA-TTTTTGGAAAAATCGAGGT-AAAAATG
* **
4334 -AAATTTTGGAAAGTTCGAGGCTAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGAGG-TAAAAATG
4363 TAATTTTTGGAAAAA-CG-GAGTAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGAG-GTAAAAATG
* * *
4391 GAA-TTTT--AAAAAGTTC-AGTATTAAAAATT
1 TAATTTTTGGAAAAA--TCGAG--GTAAAAATG
* *
4420 TAATTTTTAGAAAAATCGAGGTCAAATATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGAGGT-AAAAATG
* ** *
4450 GAA-TTTTGGAAAGTTCGGGGGTAAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAAATC-GAGGTAAAAATG
*
4479 TAATTTTTGGAAAAATCGAGGTCAAATATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGAGGT-AAAAATG
* ** * *
4509 GAA-TTTTGGAAAGTTCGGGGTTGAAAATG
1 TAATTTTTGGAAAAATCGAGG-TAAAAATG
*
4538 TAATTTATGGA
1 TAATTTTTGGA
4549 CATTTTAGAG
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 54, Indels: 63
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.02
27 4 0.01
28 37 0.12
29 118 0.38
30 109 0.36
31 29 0.09
32 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
TAATTTTTGGAAAAATCGAGGTAAAAATG
Done.