Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01007479.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122102, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6044
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35


Found at i:2285 original size:50 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 2228--2350  Score: 178
    Period size: 50  Copynumber: 2.4  Consensus size: 52

       2218 TTTAGATATG

                                           *                    
       2228 ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAATTTG-TTTTGTTTAA-ATCTA
          1 ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA

                                *                               
       2278 ATGTTTTAAATAAATATAAATATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA
          1 ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA

            *        *     *     
       2330 GTGTTTTTACATAAACATAAA
          1 ATG-TTTTAAATAAATATAAA

       2351 TGTTTGTTTA


Statistics
Matches: 65,  Mismatches: 5, Indels: 3
        0.89            0.07        0.04

Matches are distributed among these distances:
  50   33  0.51
  51   10  0.15
  52    7  0.11
  53   15  0.23

ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.07, T:0.50


Consensus pattern (52 bp):   
ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA

Found at i:2754 original size:84 final size:83

Alignment explanation


    Indices: 2602--3189  Score: 566
    Period size: 84  Copynumber: 7.0  Consensus size: 83

       2592 TAACAAATAC

                             *           *         *                  * *    
       2602 TTTGA-TTTGTTTCCAACCAAGAATT-AAGTGAATAATTTTGTTTCAGGATTTATTCCTGTCGTT
          1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGTT

            *         *     ** 
       2665 TAACAGATTTTATTATTTT
         66 CAACAGATTTGATT-TGAT

               *               *         *        *                          
       2684 TTTAATTTTGTTTCCAAAATAAGAA-TAAGTTGAATAAATCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGT
          1 TTTGATTTTGTTTCC-AAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGT

                       *         
       2748 TCAACAGATTTTATTCT-ATT
         65 TCAACAGATTTGATT-TGA-T

               *              * *           *                                
       2768 TTTTATTTTGTTTCCAAAGAGGAATTAAAATTAAATAATTCTGTTTTCAGGATTTATTCCCGCCG
          1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATT-AAATTGAATAATTCTG-TTTCAGGATTTATTCCCGCCG

                  **            
       2833 TTCAACTTATTTGATTTGAT
         64 TTCAACAGATTTGATTTGAT

                         *                  *                                
       2853 TTTGATTTTGTTTTCAAACAAGAATTAAAATTAAATAATTCT-TATTC-GAGATTTATTCCCGCC
          1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATT-AAATTGAATAATTCTGT-TTCAG-GATTTATTCCCGCC

                    *        *   
       2916 GTTCAACAAATTTGATTAGAT
         63 GTTCAACAGATTTGATTTGAT

                      *                             *                 *** ** 
       2937 TTTGATTTTGATTCCAAACAAGAATTAAAATTGAATAATTTTGTTTC-GGAATTTATTTATGTTG
          1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATT-AAATTGAATAATTCTGTTTCAGG-ATTTATTCCCGCCG

              *  *              
       3001 TTAAATAGATTTGATTTGAT
         64 TTCAACAGATTTGATTTGAT

                      *       *                    *                  *  *   
       3021 TTTGATTTTGCTTCCAAATAAGAATT-AATTGAATAATTATGTTTC-GAGATTTATTCTCGTCGT
          1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAG-GATTTATTCCCGCCGT

             *                 
       3084 TTAACAGATTTGATTTGAT
         65 TCAACAGATTTGATTTGAT

                          *         *      *               *      *   *   *  
       3103 TTTGATTTTGTTTCAAAACAAGAAAT-AATTAAATAATTCTGTTTCAAGATTTAATCCTGCCATT
          1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGTT

                   *           
       3167 CAACAGAATTGATTTTGAT
         66 CAACAGATTTGA-TTTGAT

                
       3186 TTTG
          1 TTTG

       3190 TTTCAGAATT


Statistics
Matches: 427,  Mismatches: 64, Indels: 29
        0.82            0.12        0.06

Matches are distributed among these distances:
  82  112  0.26
  83   31  0.07
  84  195  0.46
  85   54  0.13
  86   35  0.08

ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.13, T:0.45


Consensus pattern (83 bp):   
TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGTT
CAACAGATTTGATTTGAT

Done.