Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007480.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122103, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4162
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Found at i:2285 original size:50 final size:52
Alignment explanation
Indices: 2228--2350 Score: 178
Period size: 50 Copynumber: 2.4 Consensus size: 52
2218 TTTAGATATG
*
2228 ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAATTTG-TTTTGTTTAA-ATCTA
1 ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA
*
2278 ATGTTTTAAATAAATATAAATATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA
1 ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA
* * *
2330 GTGTTTTTACATAAACATAAA
1 ATG-TTTTAAATAAATATAAA
2351 TGTTTGTTTA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 3
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
50 33 0.51
51 10 0.15
52 7 0.11
53 15 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (52 bp):
ATGTTTTAAATAAATATAAACATTTATTTAACTTGTTTTTGTTTAAGATCTA
Found at i:2754 original size:84 final size:83
Alignment explanation
Indices: 2602--3189 Score: 566
Period size: 84 Copynumber: 7.0 Consensus size: 83
2592 TAACAAATAC
* * * * *
2602 TTTGA-TTTGTTTCCAACCAAGAATT-AAGTGAATAATTTTGTTTCAGGATTTATTCCTGTCGTT
1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGTT
* * **
2665 TAACAGATTTTATTATTTT
66 CAACAGATTTGATT-TGAT
* * * *
2684 TTTAATTTTGTTTCCAAAATAAGAA-TAAGTTGAATAAATCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGT
1 TTTGATTTTGTTTCC-AAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGT
*
2748 TCAACAGATTTTATTCT-ATT
65 TCAACAGATTTGATT-TGA-T
* * * *
2768 TTTTATTTTGTTTCCAAAGAGGAATTAAAATTAAATAATTCTGTTTTCAGGATTTATTCCCGCCG
1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATT-AAATTGAATAATTCTG-TTTCAGGATTTATTCCCGCCG
**
2833 TTCAACTTATTTGATTTGAT
64 TTCAACAGATTTGATTTGAT
* *
2853 TTTGATTTTGTTTTCAAACAAGAATTAAAATTAAATAATTCT-TATTC-GAGATTTATTCCCGCC
1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATT-AAATTGAATAATTCTGT-TTCAG-GATTTATTCCCGCC
* *
2916 GTTCAACAAATTTGATTAGAT
63 GTTCAACAGATTTGATTTGAT
* * *** **
2937 TTTGATTTTGATTCCAAACAAGAATTAAAATTGAATAATTTTGTTTC-GGAATTTATTTATGTTG
1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATT-AAATTGAATAATTCTGTTTCAGG-ATTTATTCCCGCCG
* *
3001 TTAAATAGATTTGATTTGAT
64 TTCAACAGATTTGATTTGAT
* * * * *
3021 TTTGATTTTGCTTCCAAATAAGAATT-AATTGAATAATTATGTTTC-GAGATTTATTCTCGTCGT
1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAG-GATTTATTCCCGCCGT
*
3084 TTAACAGATTTGATTTGAT
65 TCAACAGATTTGATTTGAT
* * * * * * *
3103 TTTGATTTTGTTTCAAAACAAGAAAT-AATTAAATAATTCTGTTTCAAGATTTAATCCTGCCATT
1 TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGTT
*
3167 CAACAGAATTGATTTTGAT
66 CAACAGATTTGA-TTTGAT
3186 TTTG
1 TTTG
3190 TTTCAGAATT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 64, Indels: 29
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
82 112 0.26
83 31 0.07
84 195 0.46
85 54 0.13
86 35 0.08
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (83 bp):
TTTGATTTTGTTTCCAAACAAGAATTAAATTGAATAATTCTGTTTCAGGATTTATTCCCGCCGTT
CAACAGATTTGATTTGAT
Found at i:3702 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 3626--3726 Score: 193
Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
3616 AAGATATGGA
*
3626 CTTATGTGCTCTGATTTTTGAAGTAAACATCGTTGACTCAAATCCAAGAGT
1 CTTATGTGCTATGATTTTTGAAGTAAACATCGTTGACTCAAATCCAAGAGT
3677 CTTATGTGCTATGATTTTTGAAGTAAACATCGTTGACTCAAATCCAAGAG
1 CTTATGTGCTATGATTTTTGAAGTAAACATCGTTGACTCAAATCCAAGAG
3727 AATGGTGGTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 49 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (51 bp):
CTTATGTGCTATGATTTTTGAAGTAAACATCGTTGACTCAAATCCAAGAGT
Done.