Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007541.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122169, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3233
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Found at i:1946 original size:829 final size:826
Alignment explanation
Indices: 443--2090 Score: 2553
Period size: 829 Copynumber: 2.0 Consensus size: 826
433 TTCGTCATTG
** *
443 TATTATTTTTTTTGTCTCTTTTAGATATTGAACTTGCATTTTTTGTCAAGTCACACAAAATAGAT
1 TATTATTTTTTTCATCTCTTTTAGATATTAAACTTGCATTTTTTGTCAAGTCACACAAAATAGAT
* *
508 CGAAAAGATAACGTTTGTTAATTTTGCTGACGTGGCATAAGCATGGATTGTCATGTAGATGACAC
66 CGAAAAAATAACATTTGTTAATTTTGCTGACGTGGCATAAGCATGGATTGTCATGTAGATGACAC
* * * *
573 GTCAACATTTAATTAATTTTTTAAAATTTAAAAAATATTATATATATTTATAATTTTAATGATTT
131 GTCAACATTTAATTAATATTTTAAAATTCAAAAAATATTATATATATATATAATTTTAATGATTA
*
638 TTAATTTTTAAAAATAGTTTTTACAAATTTTGTTTGAATTTTTTGAACTTTAAAAAATTAATTAA
196 TTAATTTTTAAAAATAGTTTTTACAAATTTTGTTTGAATTTTTTGAAATTTAAAAAATTAATTAA
* * * * * *
703 ATGCTGACGTGTTATCTTCGTCTATGCAACGTCAACAAAATTAAAAAATGTTAATTTTTTCTTTT
261 ATGCTGACGTATCATCTTCGCCTATGCAAAGTCAACAAAATTAAAAAAAGTTAACTTTTTCTTTT
* * * *** *
768 ATTCTGGAGTAATATGACAAAAAATGCAAGTTTAAGTAAAAGTGTAAACAATTAAATGGGGAGCT
326 ATTCTGGAGTAATATGAAAAAAAATACAAGTTTAAGTAAAAGTGGAAACAATTAAATGAAAAACT
*
833 GAAAATTTTTTTTTAATAAAATTGAAGATCAAAATAAATCATTATGCCTACAAATAATTAACAAG
391 GAAAATTTTTTTTTAATAAAATTAAAGATCAAAATAAATCATTATGCC-AC--ATAATTAACAAG
898 GTACAATTGATATTCATATTTACATTATTAATTTTAAAATTTATATCTAAAGAAACATGCATAGT
453 GTACAATTGATATTCATATTTACATTATTAATTTTAAAATTTATATCTAAAGAAACATGCATAGT
* *
963 GTATGAATTCAATAAGGGAAATTTAAAAATTAAAGAGTATATATAAATATATATTTATTATTGTC
518 GTATGAATTCAATAAGGCAAATTTAAAAATTAAAGAGAATATATAAATATATATTTATTATTGTC
*
1028 AATCCATAAAATAATATATAAAGACACACACAAGGTTCTATTTTATCACTTTGTTAAAGGTGATA
583 AATCCATAAAATAATATATAAAGACACACACAAGGTTCTATTTTATCACTTTGCTAAAGGTGATA
* * *
1093 GAATCGAGAATTATCATCATCAATATACAAAACCCCATTCTATAAGTGCTACACATTAACTCATT
648 GAATCGAAAATCATCATCATCAATATACAAAACCCCATTCTATAAATGCTACACATTAACTCATT
* * * **
1158 TCTTACAAGGAACTTTATAATATATATATTCATACAGAAAATAATGATTAATTATCAAAATTCAA
713 TCTTACAAGGAACTTCATAAGATATATATACAT--AGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAA
1223 AGCAACAGTGGTGTTTGTGTAGATATCGTTGGCTATATTTTTTAGTTATTC
776 AGCAACAGTGGTGTTTGTGTAGATATCGTTGGCTATATTTTTTAGTTATTC
* * * *
1274 TATTA-TTTTTTCATCTCTTTTAGATATTAAATTTGTATTTTTTGTCAAGTCGTC-CGAAATAGA
1 TATTATTTTTTTCATCTCTTTTAGATATTAAACTTGCATTTTTTGTCAAGTC-ACACAAAATAGA
* *
1337 T-GAAAAAATAACATTTGTTAATTTTGCTGACGTGGTATATGCATGGATTGTCATGTAGATGACA
65 TCGAAAAAATAACATTTGTTAATTTTGCTGACGTGGCATAAGCATGGATTGTCATGTAGATGACA
1401 CGTCAACATTTAATTAATATTTTAAAATTCAAAAAATATTAATATATATATATAATTTTAATGAT
130 CGTCAACATTTAATTAATATTTTAAAATTCAAAAAATATT-ATATATATATATAATTTTAATGAT
*
1466 TATTAATTTTTAAAAATAGTTTTTATAAATTTT-TTTGAATTTTTTGAAATTTAAAAAATTAATT
194 TATTAATTTTTAAAAATAGTTTTTACAAATTTTGTTTGAATTTTTTGAAATTTAAAAAATTAATT
*
1530 AAATGCTGACGTATCATCTAT-GCCTATGCAAAGTCAATAAAATTAAAAAAAAGTTAACTTTTTC
259 AAATGCTGACGTATCATCT-TCGCCTATGCAAAGTCAACAAAATT-AAAAAAAGTTAACTTTTTC
* *
1594 TTTTATTCTGGTGTGATATGATAAAAAAATACAAGTTTAAAGATTAAAAGTGCGAAA-AATTAAA
322 TTTTATTCTGGAGTAATATGA-AAAAAAATACAAGTTT-AAG--TAAAAGTG-GAAACAATTAAA
1658 TGAAAAACTGAAATGATTTTTTTTTAATAAAATTAAAGATCAAAATAAATCATTATG-C-C-TAA
382 TGAAAAACTGAAA--ATTTTTTTTTAATAAAATTAAAGATCAAAATAAATCATTATGCCACATAA
*
1720 TTAACATGGTACAATTGATATTCATATTTACATATATTAATTTTAAAATTTATATCTAAAGAAAC
445 TTAACAAGGTACAATTGATATTCATATTTACAT-TATTAATTTTAAAATTTATATCTAAAGAAAC
* * * *
1785 GTGTATAGTGTATGAATTTAGTAAGGCAAATTTAAAAATTAAAGAGAATATATAAATATATATTT
509 ATGCATAGTGTATGAATTCAATAAGGCAAATTTAAAAATTAAAGAGAATATATAAATATATATTT
* * *
1850 ATTATTGTTAATCCATAAAATAATATATAGAGACACATA-AA-GTTCTATTTTATCACTTTGCTA
574 ATTATTGTCAATCCATAAAATAATATATAAAGACACACACAAGGTTCTATTTTATCACTTTGCTA
*
1913 AAGGTGGTAGAATCGAAAATCATCATCATCAATATACAAAACCCCATTCTATAAATGCTACACAT
639 AAGGTGATAGAATCGAAAATCATCATCATCAATATACAAAACCCCATTCTATAAATGCTACACAT
*
1978 TAACTCATTTCTTACAAGGAACTTCATAAGATATATATACATGGAAAATAATGATTAATTATCAA
704 TAACTCATTTCTTACAAGGAACTTCATAAGATATATATACATAGAAAATAATGATTAATTATCAA
* *
2043 AACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTTTGCTATATTTT
769 AACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTAGATATCGTTGGCTATATTTT
2091 GTGCATCACT
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 57, Indels: 28
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
827 66 0.09
829 285 0.38
830 178 0.24
831 146 0.20
832 3 0.00
833 1 0.00
834 24 0.03
835 4 0.01
836 41 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (826 bp):
TATTATTTTTTTCATCTCTTTTAGATATTAAACTTGCATTTTTTGTCAAGTCACACAAAATAGAT
CGAAAAAATAACATTTGTTAATTTTGCTGACGTGGCATAAGCATGGATTGTCATGTAGATGACAC
GTCAACATTTAATTAATATTTTAAAATTCAAAAAATATTATATATATATATAATTTTAATGATTA
TTAATTTTTAAAAATAGTTTTTACAAATTTTGTTTGAATTTTTTGAAATTTAAAAAATTAATTAA
ATGCTGACGTATCATCTTCGCCTATGCAAAGTCAACAAAATTAAAAAAAGTTAACTTTTTCTTTT
ATTCTGGAGTAATATGAAAAAAAATACAAGTTTAAGTAAAAGTGGAAACAATTAAATGAAAAACT
GAAAATTTTTTTTTAATAAAATTAAAGATCAAAATAAATCATTATGCCACATAATTAACAAGGTA
CAATTGATATTCATATTTACATTATTAATTTTAAAATTTATATCTAAAGAAACATGCATAGTGTA
TGAATTCAATAAGGCAAATTTAAAAATTAAAGAGAATATATAAATATATATTTATTATTGTCAAT
CCATAAAATAATATATAAAGACACACACAAGGTTCTATTTTATCACTTTGCTAAAGGTGATAGAA
TCGAAAATCATCATCATCAATATACAAAACCCCATTCTATAAATGCTACACATTAACTCATTTCT
TACAAGGAACTTCATAAGATATATATACATAGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAA
CAGTGGTGTTTGTGTAGATATCGTTGGCTATATTTTTTAGTTATTC
Found at i:2228 original size:155 final size:155
Alignment explanation
Indices: 2015--2441 Score: 809
Period size: 155 Copynumber: 2.8 Consensus size: 155
2005 AAGATATATA
*
2015 TACATGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
1 TACACGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
2080 TGCTATATTTTGTGCATCACTGGAAATACCTTGTAGTCCTCTTCTTGAAAATTGAGTTTTGATAA
66 TGCTATATTTTGTGCATCACTGGAAATACCTTGTAGTCCTCTTCTTGAAAATTGAGTTTTGATAA
2145 TTAATCATTATTTTCAGTGTGTGTG
131 TTAATCATTATTTTCAGTGTGTGTG
2170 TACACGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
1 TACACGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
* * *
2235 TGCTATATTTTGTGCGTCACTGGAAAAACCTTGTAGTCCTCTTCTTGAAAATTGGGTTTTGATAA
66 TGCTATATTTTGTGCATCACTGGAAATACCTTGTAGTCCTCTTCTTGAAAATTGAGTTTTGATAA
2300 TTAATCATTATTTTCAGTGTGTGTG
131 TTAATCATTATTTTCAGTGTGTGTG
2325 TACACGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
1 TACACGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
*
2390 TGCTATATTTTGTGCATCACTGGAAATACCTTGTAGTCCTCGTCTTGAAAAT
66 TGCTATATTTTGTGCATCACTGGAAATACCTTGTAGTCCTCTTCTTGAAAAT
2442 CCAACGTTGT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 7, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
155 265 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (155 bp):
TACACGGAAAATAATGATTAATTATCAAAACCCAAAGCAACAGTGGTGTTTGTGTATATATCGTT
TGCTATATTTTGTGCATCACTGGAAATACCTTGTAGTCCTCTTCTTGAAAATTGAGTTTTGATAA
TTAATCATTATTTTCAGTGTGTGTG
Done.