Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01007842.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122479, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2879
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.17, T:0.37


Found at i:1676 original size:94 final size:93

Alignment explanation


    Indices: 1569--1838  Score: 450
    Period size: 94  Copynumber: 2.9  Consensus size: 93

       1559 CATAAAAAGG

                    *                  *                                     
       1569 GGATTTGATATATTCCTTATCAAGTAAGGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
          1 GGATTTGAGATATTCCTTAT-AAGTAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA

               *                        *
       1634 TAATTAATAATTAAAATTCAAAATCAAAC
         65 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA

                                *                                            
       1663 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
          1 GGATTTGAGATATTCCTTATAAG-TAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA

                                         
       1728 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
         65 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA

                                  *                                          
       1757 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGGTAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
          1 GGATTTGAGATATTCCTTAT-AAGTAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA

                  *          
       1822 TAAATAGTAATTAAAAT
         65 TAAATAATAATTAAAAT

       1839 AGAATTTAAT


Statistics
Matches: 166,  Mismatches: 8, Indels: 4
        0.93            0.04        0.02

Matches are distributed among these distances:
  93    2  0.01
  94  163  0.98
  95    1  0.01

ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.13, T:0.37


Consensus pattern (93 bp):   
GGATTTGAGATATTCCTTATAAGTAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGAT
AAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA

Found at i:1851 original size:49 final size:49

Alignment explanation


    Indices: 1781--1919  Score: 156
    Period size: 52  Copynumber: 2.8  Consensus size: 49

       1771 CCTTATGAGG

                *                                   *         
       1781 TAATGAAATAGAATTT-AATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAG-
          1 TAATTAAATAGAATTTAAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAAATAAA-AGA

                                              *      *          
       1829 TAATTAAAATAGAATTTAATTATTATTATTTAAAGGAGTTTAAAATAAAAGA
          1 TAATT-AAATAGAATTTAA--ATTATTATTTAAAAGAGTTTTAAATAAAAGA

                      *        *       *      *    
       1881 TAATTAAATAAAATTTAAACTATTATTGAAAAGAATTTT
          1 TAATTAAATAGAATTTAAATTATTATTTAAAAGAGTTTT

       1920 TTAGAATTTA


Statistics
Matches: 76,  Mismatches: 10, Indels: 9
        0.80            0.11        0.09

Matches are distributed among these distances:
  48    4  0.05
  49   27  0.36
  50    1  0.01
  51   14  0.18
  52   30  0.39

ACGTcount: A:0.50, C:0.01, G:0.09, T:0.40


Consensus pattern (49 bp):   
TAATTAAATAGAATTTAAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAAATAAAAGA

Done.