Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007959.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122607, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3322
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.19, T:0.34
Found at i:1019 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 994--1032 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
984 TAGGGGCACC
*
994 CTGCTGTTTCCTGCTACTGT
1 CTGCTGTTGCCTGCTACTGT
1014 CTGCTGTTGCCTGCTACTG
1 CTGCTGTTGCCTGCTACTG
1033 CTTGTTGCTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.31, G:0.23, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
CTGCTGTTGCCTGCTACTGT
Found at i:1040 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 994--1049 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
984 TAGGGGCACC
*
994 CTGC-TGTTTCCTGCTA
1 CTGCTTGTTGCCTGCTA
1010 CTGTCTGCTGTTGCCTGCTA
1 CTG-CT--TGTTGCCTGCTA
1030 CTGCTTGTTG-CTGGCTA
1 CTGCTTGTTGCCT-GCTA
1047 CTG
1 CTG
1050 ACACCCGATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 9
0.77 0.02 0.20
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.15
17 13 0.38
19 2 0.06
20 14 0.41
ACGTcount: A:0.05, C:0.29, G:0.25, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
CTGCTTGTTGCCTGCTA
Found at i:1697 original size:207 final size:207
Alignment explanation
Indices: 1323--1830 Score: 822
Period size: 207 Copynumber: 2.4 Consensus size: 207
1313 TGTTTGTGTT
* *
1323 TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATATAATTTGATCTT-GTTAGTCTA
1 TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATTTAATTTGATCTTAGTTAGTGTA
* *
1387 AACCCTTAAAATTTAACATTAATTTATTTGAAATAAAAAAAATAACGATTCATAAAATTACAATA
66 AA-CATTGAAATTTAACATTAATTTATTTGAAATAAAAAAAATAACGATTCATAAAATTACAATA
* * * *
1452 GTGCTCAAATGGTCCCCAAAATTAAAACAGATTATTAAATAAAAATTAAAACTTTATTTTGATAC
130 GTACTAAAATGGTCCCCAAAATTAAAACAAAATATTAAATAAAAATTAAAACTTTATTTTGATAC
1517 AAAGTTTTAAGGC
195 AAAGTTTTAAGGC
*
1530 TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATTTAACTTGATCTTAGTTAGTGTA
1 TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATTTAATTTGATCTTAGTTAGTGTA
* * * *
1595 AACGATTGAAATTTAACATTAATTTATTTGAAATAAAAAAAATTATGATTCATAATATTATAATA
66 AAC-ATTGAAATTTAACATTAATTTATTTGAAATAAAAAAAATAACGATTCATAAAATTACAATA
*
1660 GTATTAAAATGGTCCCCAAAATTAAAA-AAAATATTAAATAAAAATTAAAACTTTATTTTGATAC
130 GTACTAAAATGGTCCCCAAAATTAAAACAAAATATTAAATAAAAATTAAAACTTTATTTTGATAC
* *
1724 AAAGTTTTAGGGT
195 AAAGTTTTAAGGC
1737 TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATTTAATTTGATCTTAGTTAGTGTA
1 TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATTTAATTTGATCTTAGTTAGTGTA
*
1802 TACACTTGAAATTTAACATTAATTTATTT
66 AACA-TTGAAATTTAACATTAATTTATTT
1831 AAAAAATGTA
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 18, Indels: 6
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
206 1 0.00
207 190 0.68
208 89 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (207 bp):
TGATTTTTATTTAAATGTTATTTAAATTTAAATTTTATCTATTTAATTTGATCTTAGTTAGTGTA
AACATTGAAATTTAACATTAATTTATTTGAAATAAAAAAAATAACGATTCATAAAATTACAATAG
TACTAAAATGGTCCCCAAAATTAAAACAAAATATTAAATAAAAATTAAAACTTTATTTTGATACA
AAGTTTTAAGGC
Done.