Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01007978.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122629, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2471
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.10, T:0.46
Found at i:1057 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 136--1503 Score: 1501
Period size: 356 Copynumber: 3.9 Consensus size: 355
126 ATTATTATTG
* * * *
136 TTATTATTATTAAAATAGTAATTTGATTCAAATTAATTTATTTTGAATTAAATTTCTTTTAGGCT
1 TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATTTTGAATTAAAATTCTTTTAGGCT
* *
201 CGACTTTAAATAAATTATATTTAAATGATAA-ATTTTTTTAAAATTTTAATAAAGTAATATAATT
66 CGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATA-TTTTTT-CAATTTTAATAAAGTAATATAATT
* * *
265 CGATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTACATTGATATTATTTATTTAGTTAT-ATTTT
129 TGATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATGTTTTT
* * **
329 TCTTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATGCTTTTACGCAACTAATGGCTTCAGGAGGAACTT
194 TCTTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAATAGGAACTT
* * * * * * * *
394 TTAAGGAATG-AATCATATTCTATGCCAGCTACTTATATGACTTCTAGTGTAACTGAAAAGTTTT
259 CTAAGGAATGAAAT-AAATTCTATGCCAACAACTTATATGAGTTCAAG-GTAATTGAAAAGTCTT
458 GCTATTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAACTATTA
322 GCTATTATTTTAAATGTTTATAGTCGATT-A--ATTA
* * * * *
495 TTTTTATTATTATAATAGTAATTAGATTCAAATTGAGTTATTTTGAATT-AAATTCTTCTAGGCT
1 TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATTTTGAATTAAAATTCTTTTAGGCT
*
559 CGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATCA-TTTTTCAATTCTAATAAAGT-ATATAATTT
66 CGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAAT-ATTTTTTCAATTTTAATAAAGTAATATAATTT
*
622 GATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTTTTGTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATG-TTTTT
130 GATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATGTTTTTT
* ** * * *
686 CTTCTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCACACTTTTATTCAATTAATGACTTCAATAGGAAATTC
195 CTTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAATAGGAACTTC
* * *
751 TAAGGAATGAAATAAATTATATGCCAACAACTTATATGAGTTCAAGGGAATTGAAAAGTCTTACT
260 TAAGGAATGAAATAAATTCTATGCCAACAACTTATATGAGTTCAAGGTAATTGAAAAGTCTTGCT
* *
816 GTTATTTTAAATGTTTATAGTCGCTTAATTA
325 ATTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAATTA
* * *
847 TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTTAAATTGATTTATCTTGAATTAAAATT-TTTTAGACT
1 TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATTTTGAATTAAAATTCTTTTAGGCT
*
911 CGATTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATATTATTTTCAATTTTAATAAAGTAATATAATTT
66 CGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATATT-TTTTCAATTTTAATAAAGTAATATAATTT
* * *
976 GATTTTCAATTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTAATATTATTTACTTAGTTATGTCTTTT
130 GATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATGT-TTTT
* * *
1041 TTTTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCTCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAAT-GGAGCTT
194 TCTTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAATAGGAACTT
* * ** * *
1105 CTAAGGAATGAATTAGATTCTATG-CAA-ATGTATGAGATG-GCTTCAATGGTAATTTAAAAG-C
259 CTAAGGAATGAAATAAATTCTATGCCAACAACT-T-ATATGAG-TTCAA-GGTAATTGAAAAGTC
* *
1166 ATTGCTATTATTTTTAATGTTTATAGTTGATT-A--A
320 -TTGCTATTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAATTA
* * * **
1200 CTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGAATTATTTTGAATT-AAATTTTTTTAGTTT
1 TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATTTTGAATTAAAATTCTTTTAGGCT
*
1264 TGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGAT-A-A-----TC-----------------ATAATTTG
66 CGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTTTAATAAAGTAATATAATTTG
* * * * *
1305 ATTTTTAAGTGTATCCTAAATAAGTTTTTTATACATTGATATTATTTACTTAGTTATG-TTTTTC
131 ATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATGTTTTTTC
* * * * * * * *
1369 TTCTTAAATTAAAAAATTATTTATCCTATGCTTTTTTGCAATTAATGACTTTAAGAGAAACTTC-
196 TTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAATAGGAACTTCT
** ** * * * * * *
1433 AACTACCGGAACAAAGTTCTATGTCAACTACTTATTTGACTTCAAGAGTAATTGAAAAGTCTTGC
261 AAGGAATGAAATAAA-TTCTATGCCAACAACTTATATGAGTTCAAG-GTAATTGAAAAGTCTTGC
1498 -ATTATT
324 TATTATT
1504 ATTATTAGAA
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 112, Indels: 79
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 66 0.08
327 36 0.04
328 65 0.07
329 1 0.00
345 2 0.00
351 2 0.00
352 92 0.11
353 105 0.12
354 70 0.08
355 76 0.09
356 250 0.29
357 16 0.02
358 48 0.05
359 44 0.05
360 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.11, T:0.45
Consensus pattern (355 bp):
TTATTATTATTAGAATAGTAATTCGATTCAAATTGATTTATTTTGAATTAAAATTCTTTTAGGCT
CGACTTTAGATAAATTATATTTAAATGATAATATTTTTTCAATTTTAATAAAGTAATATAATTTG
ATTTTCAAGTGTATCCTAAATAAGTTTCTTGTCCATTGATATTATTTATTTAGTTATGTTTTTTC
TTTTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCATGCTTTTATGCAACTAATGACTTCAATAGGAACTTCT
AAGGAATGAAATAAATTCTATGCCAACAACTTATATGAGTTCAAGGTAATTGAAAAGTCTTGCTA
TTATTTTAAATGTTTATAGTCGATTAATTA
Found at i:1711 original size:89 final size:89
Alignment explanation
Indices: 1614--1871 Score: 421
Period size: 89 Copynumber: 2.9 Consensus size: 89
1604 AATAAGATTA
*
1614 TTGTACATTGATATTATTTACTTAGTTATGTTTTACTTCTTAAATTAAAAAATTACTTATCCCAT
1 TTGTACATTGATATTATTTACTTAGTTATGTTTTACTTCTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCAT
1679 GCTTTTTTGCAACTAAAAAGTTTC
66 GCTTTTTTGCAACTAAAAAGTTTC
* * * *
1703 TTGTACATTGATATTATTTACTTAGTTATGTTTTATTTCTTAAATTAACAAACTATTTATCCCAT
1 TTGTACATTGATATTATTTACTTAGTTATGTTTTACTTCTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCAT
*
1768 GCTTTTTTGCAACTAATAAGTTTC
66 GCTTTTTTGCAACTAAAAAGTTTC
* *
1792 TTGTACATTGATATTATTTACATAGTTATGTTTT-CTTCTTAAATTAAAAAATTAATTATCCTAT
1 TTGTACATTGATATTATTTACTTAGTTATGTTTTACTTCTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCAT
1856 G-TTTTTATGCAACTAA
66 GCTTTTT-TGCAACTAA
1872 CTTCAACTAT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 11, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
87 5 0.03
88 35 0.22
89 117 0.75
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (89 bp):
TTGTACATTGATATTATTTACTTAGTTATGTTTTACTTCTTAAATTAAAAAATTAATTATCCCAT
GCTTTTTTGCAACTAAAAAGTTTC
Found at i:2242 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2229--2264 Score: 65
Period size: 3 Copynumber: 12.3 Consensus size: 3
2219 TTTAGGAAAG
2229 TTA TT- TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA T
2265 AGTAATTCGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 30 0.94
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Done.