Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000803.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111876, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 703
Length: 1172
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.20, T:0.30
Found at i:495 original size:89 final size:88
Alignment explanation
Indices: 377--854 Score: 409
Period size: 89 Copynumber: 5.4 Consensus size: 88
367 AAAGGAAAAG
* * * * * *
377 GGGTCGAAAATGAAGTTTCA-AAGAA-TTTAGGGTTAAAACATAATTTTAGAAAAGTTTAGGGGG
1 GGGTC-AAAATGAAATTTTAGAA-AAGTTTAGGGTCAAAATATAATTTTAGAAAAGTTTAAGGGT
440 TAGAAATGTAATTTTAGGAAAGTTTA
64 TA-AAATGTAATTTTAGGAAAGTTTA
* *
466 GGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTTAGGGTTCAAAATGTTATTTT-GAGAAAGTTTAAGGGT
1 GGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTTAGGG-TCAAAATATAATTTTAGA-AAAGTTTAAGGGT
* *
530 TAAAATGTGATTTTAGGAATGTTTA
64 TAAAATGTAATTTTAGGAAAGTTTA
* * * * *
555 GGGGTCAAAATG-TATTTTGGAAAAGTTTGAGGGTGAAAATATGATTTTGGAAAAGTTTAAGGGT
1 -GGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTT-AGGGTCAAAATATAATTTTAGAAAAGTTTAAGGGT
619 TAAAATGTAATTTT-GGAAAAGTTTA
64 TAAAATGTAATTTTAGG-AAAGTTTA
* * * * * * ** * *
644 GGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTGGGGACAAAACATAATTTGGGAAGAGTTTAGGGGTT
1 -GGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTTAGGGTCAAAATATAATTTTAGAAAAGTTTAAGGGTT
* *
709 AAAATGTAATTTT-GAAAATTTTTGA
65 AAAATGTAATTTTAGGAAA-GTTT-A
* * * * * * *
734 TGATCAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTAAGGGGTCAAAATGTAATTTTAAAAAAGTTTAA-GGTT
1 GGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTTA-GGGTCAAAATATAATTTTAGAAAAGTTTAAGGGTT
*
798 AAAATATAATTTTA-GAGAAGTTTA
65 AAAATGTAATTTTAGGA-AAGTTTA
* *
822 GATGTCAAAAT-ATGATTTTTAGAAAA-TTTAGGG
1 G-GGTCAAAATGA--AATTTTAGAAAAGTTTAGGG
855 ATCTACTGGG
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 52, Indels: 35
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
88 23 0.07
89 206 0.64
90 91 0.28
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (88 bp):
GGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTTAGGGTCAAAATATAATTTTAGAAAAGTTTAAGGGTTA
AAATGTAATTTTAGGAAAGTTTA
Found at i:505 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 402--854 Score: 374
Period size: 30 Copynumber: 15.2 Consensus size: 29
392 TTTCAAAGAA
**
402 TTTAGGGTTAAAACATAATTTTAGAAAAG
1 TTTAGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* *
431 TTTAGGGGGTAGAAATGTAATTTTAGGAAAG
1 TTTA-GGGTTA-AAATGTAATTTTAGAAAAG
* *
462 TTTAGGGTCAAAATGAAATTTTAGAAAAG
1 TTTAGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
*
491 TTTAGGGTTCAAAATGTTATTTT-GAGAAAG
1 TTTAGGGTT-AAAATGTAATTTTAGA-AAAG
* * *
521 TTTAAGGGTTAAAATGTGATTTTAGGAATG
1 TTT-AGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* *
551 TTTAGGGGTCAAAATGT-ATTTTGGAAAAG
1 TTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * * *
580 TTTGAGGGTGAAAATATGATTTTGGAAAAG
1 TTT-AGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
*
610 TTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAG
1 TTT-AGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
*
640 TTTAGGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAG
1 TTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* ** ** ** *
670 TTTGGGGACAAAACATAATTTGGGAAGAG
1 TTTAGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
*
699 TTTAGGGGTTAAAATGTAATTTT-GAAAATT
1 TTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAA-G
* * * *
729 TTTGATGATCAAAATGTAATTTTGGAAAAG
1 TTT-AGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * *
759 TTAAGGGGTCAAAATGTAATTTTAAAAAAG
1 TTTA-GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * *
789 TTTAAGGTTAAAATATAATTTTAGAGAAG
1 TTTAGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
* * * *
818 TTTAGATGTCAAAATATGATTTTTAGAAAA-
1 TTTAG-GGTTAAAATGT-AATTTTAGAAAAG
848 TTTAGGG
1 TTTAGGG
855 ATCTACTGGG
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 60, Indels: 34
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 107 0.31
30 197 0.57
31 43 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.24, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
TTTAGGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAG
Found at i:820 original size:119 final size:120
Alignment explanation
Indices: 406--850 Score: 383
Period size: 119 Copynumber: 3.7 Consensus size: 120
396 AAAGAATTTA
** *
406 GGGTTAAAACATAATTTTAGAAAAGTTTAGGGGGT-AGAAATGTAATTTTAG-GAAAGTTTA-GG
1 GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAGTTTA-GGGGTCA-AAATATAATTTTAGAG-AAGTTTAGGG
* * * *
468 GTCAAAATGAAATTTTAGAAAAGTTT-AGGGTTCAAAATGTTATTTT-GAGAAAGTTTAA-
63 GTCAAAATGTAATTTTAGAAAATTTTGA-GGATCAAAATGTAATTTTGGA-AAAG-TTAAG
* * * * * *
526 GGGTTAAAATGTGATTTTAGGAATGTTTAGGGGTCAAAATGT-ATTTTGGAAAAGTTT-GAGGGT
1 GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTAGAGAAGTTTAG-GGGT
* * * * * * * * *
589 GAAAATATGATTTTGGAAAAGTTTAAGGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTTAG
65 CAAAATGTAATTTTAGAAAATTTTGAGGATCAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTAAG
* * * **
645 GGGTTAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTT-GGGGACAAAACATAATTTGGGA-AGAGTTTAGGGGT
1 GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTAGAGA-AGTTTAGGGGT
* *
708 TAAAATGTAATTTT-GAAAATTTTTGATGATCAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTAAG
65 CAAAATGTAATTTTAGAAAA-TTTTGAGGATCAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTAAG
* * * * **
764 GGGTCAAAATGTAATTTTAAAAAAGTTTA-AGGTTAAAATATAATTTTAGAGAAGTTTAGATGTC
1 GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTAGAGAAGTTTAGGGGTC
* *
828 AAAATATGATTTTTAGAAAATTT
66 AAAATGT-AATTTTAGAAAATTT
851 AGGGATCTAC
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 47, Indels: 30
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
118 31 0.12
119 189 0.72
120 38 0.14
121 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.23, T:0.36
Consensus pattern (120 bp):
GGGTTAAAATGTAATTTTAGAAAAGTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTAGAGAAGTTTAGGGGTC
AAAATGTAATTTTAGAAAATTTTGAGGATCAAAATGTAATTTTGGAAAAGTTAAG
Done.