Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008122.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122780, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3904
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Found at i:2386 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2353--2395 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
2343 ATATAATAAA
*
2353 TAAATTAAAAAATATT
1 TAAATTAAAAAAAATT
*
2369 TATATTAAAAATAAATT
1 TAAATTAAAAA-AAATT
2386 TAAATTAAAA
1 TAAATTAAAA
2396 TTTAAAATTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.43
17 13 0.57
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (16 bp):
TAAATTAAAAAAAATT
Found at i:2396 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2381--2462 Score: 65
Period size: 13 Copynumber: 6.3 Consensus size: 12
2371 TATTAAAAAT
2381 AAATTTAAATTA
1 AAATTTAAATTA
2393 AAATTTAAAATTTTTA
1 AAATTT-AAA---TTA
* *
2409 AAAATTAACTTAA
1 AAATTTAAATT-A
*
2422 AAAATTAAATTA
1 AAATTTAAATTA
*
2434 AAATTAAAAATTA
1 AAATT-TAAATTA
*
2447 AAATTAAAATTA
1 AAATTTAAATTA
2459 AAAT
1 AAAT
2463 CGAAGTTGAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 12
0.78 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
12 24 0.41
13 25 0.42
15 2 0.03
16 8 0.14
ACGTcount: A:0.62, C:0.01, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (12 bp):
AAATTTAAATTA
Found at i:2433 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2409--2461 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
2399 AAAATTTTTA
*
2409 AAAATTAACTTAAAAAATT
1 AAAATTAAATT-AAAAATT
2428 -AAATTAAAATTAAAAATT
1 AAAATT-AAATTAAAAATT
2446 AAAATTAAAATTAAAA
1 AAAATT-AAATTAAAA
2462 TCGAAGTTGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.39
19 19 0.61
ACGTcount: A:0.68, C:0.02, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
AAAATTAAATTAAAAATT
Found at i:2436 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 2372--2626 Score: 67
Period size: 11 Copynumber: 22.2 Consensus size: 11
2362 AAATATTTAT
*
2372 ATTAAAAATAA
1 ATTAAAATTAA
*
2383 ATTTAAATTAAA
1 ATTAAAATT-AA
2395 ATTTAAAATT--
1 A-TTAAAATTAA
*
2405 TTTAAAAATTAA
1 ATT-AAAATTAA
*
2417 CTTAAAAAATTAA
1 ATT--AAAATTAA
2430 ATTAAAATTAAAA
1 ATTAAAATT--AA
2443 ATTAAAATTAAA
1 ATTAAAATT-AA
*
2455 ATTAAAATCGAA
1 ATTAAAAT-TAA
* * *
2467 GTTGAAGTTGAA
1 ATTAAAATT-AA
2479 ATT-AAA--AA
1 ATTAAAATTAA
2487 ATTAAAAAATTCAA
1 ATT--AAAATT-AA
**
2501 ATTAAGTTTGAA
1 ATTAAAATT-AA
* *
2513 TTTAAACTTTAA
1 ATTAAA-ATTAA
2525 ATT--AA-TAA
1 ATTAAAATTAA
* *
2533 AGTTTAACACTAA
1 A--TTAAAATTAA
*
2546 GTTAAAATTGAA
1 ATTAAAATT-AA
*
2558 ATTCAAATTAA
1 ATTAAAATTAA
* * *
2569 TTTCAAATGAA
1 ATTAAAATTAA
* *
2580 CTTCAAATTAA
1 ATTAAAATTAA
* *
2591 ATTCAAATGAA
1 ATTAAAATTAA
*
2602 ACTAAAATTAAA
1 ATTAAAATT-AA
2614 ATTAAAATTAA
1 ATTAAAATTAA
2625 AT
1 AT
2627 ATTTAATTTG
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 36, Indels: 48
0.69 0.13 0.18
Matches are distributed among these distances:
8 9 0.05
9 2 0.01
10 9 0.05
11 63 0.34
12 61 0.33
13 35 0.19
14 5 0.03
ACGTcount: A:0.56, C:0.05, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (11 bp):
ATTAAAATTAA
Found at i:2439 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 2422--2462 Score: 66
Period size: 6 Copynumber: 6.8 Consensus size: 6
2412 ATTAACTTAA
2422 AAAATT -AAATT AAAATT AAAAATT AAAATT AAAATT AAAAT
1 AAAATT AAAATT AAAATT -AAAATT AAAATT AAAATT AAAAT
2463 CGAAGTTGAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 4
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.15
6 22 0.67
7 6 0.18
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (6 bp):
AAAATT
Found at i:2579 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2554--2613 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 2.7 Consensus size: 22
2544 AAGTTAAAAT
*
2554 TGAAATTCAAATTAATTTCAAA
1 TGAAATTCAAATTAAATTCAAA
*
2576 TGAACTTCAAATTAAATTCAAA
1 TGAAATTCAAATTAAATTCAAA
* *
2598 TGAAACTAAAATTAAA
1 TGAAATTCAAATTAAA
2614 ATTAAAATTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 33 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.10, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
TGAAATTCAAATTAAATTCAAA
Done.