genome.fa.s8248.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01008248.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122913, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  319511

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6876--6921	18	2.6	18	80	19	60	56	0	39	4	1.19
12704--12761	24	2.4	24	80	11	66	56	5	0	37	1.21
13765--13796	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
19361--19541	75	2.4	75	94	0	317	11	46	7	34	1.68
19550--19669	33	3.4	35	75	12	104	2	44	0	53	1.14
20485--20519	18	1.9	18	100	0	70	48	0	0	51	1.00
21016--21058	11	3.8	11	84	3	50	20	6	0	72	1.08
21639--21697	24	2.5	24	76	13	68	47	0	0	52	1.00
21733--21776	23	2.0	22	86	4	61	52	0	4	43	1.22
22036--22092	30	1.9	30	82	10	73	42	8	0	49	1.34
22298--22353	26	2.3	23	85	11	69	21	3	8	66	1.35
22444--22485	21	2.0	22	86	13	61	38	11	7	42	1.69
27305--27431	20	6.3	20	94	1	220	6	34	25	33	1.81
27427--27520	20	4.7	20	77	15	95	21	34	14	29	1.93
27427--27520	40	2.3	40	89	3	136	21	34	14	29	1.93
27417--27534	60	2.0	60	83	3	148	20	34	16	28	1.94
27446--27537	40	2.3	38	85	7	121	23	34	15	26	1.94
31394--31442	21	2.3	21	85	0	71	28	26	14	30	1.95
42484--42746	131	2.0	131	89	1	402	23	21	24	30	1.99
46794--47037	84	2.9	84	83	3	303	36	21	16	25	1.94
46796--47038	28	8.7	28	83	2	256	36	20	16	25	1.94
46766--47038	56	4.9	56	82	3	273	36	21	16	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49896--49949	21	2.6	21	81	0	63	38	24	14	22	1.91
54436--54473	3	12.7	3	83	10	51	63	2	31	2	1.22
55673--55853	51	3.5	51	87	0	272	32	26	13	27	1.94
56883--57269	195	2.0	196	96	0	722	35	21	15	27	1.93
60389--60448	3	20.0	3	74	19	54	66	1	31	0	1.01
60389--60448	24	2.2	27	77	16	63	66	1	31	0	1.01
63123--63184	22	2.9	22	88	7	83	74	4	9	11	1.21
63984--64049	31	2.2	30	83	2	78	53	6	1	39	1.35
67868--67926	14	3.9	16	74	12	54	57	6	13	22	1.59
68043--68098	29	1.9	30	82	7	71	33	3	26	35	1.74
68091--68293	30	6.9	30	78	7	191	34	7	22	34	1.83
68062--68238	60	3.0	58	80	8	160	31	6	26	35	1.83
68141--68293	57	2.6	59	83	4	184	35	8	21	33	1.84
68891--68938	20	2.4	20	82	0	69	20	56	12	10	1.65
69955--70149	85	2.3	85	90	0	300	26	25	13	34	1.93
70038--70587	209	2.6	207	88	2	821	24	22	16	37	1.93
70409--70569	85	1.9	85	88	0	241	23	23	15	37	1.93
70740--71101	39	9.3	39	75	3	280	25	19	30	23	1.98
70695--71080	78	4.9	78	77	6	325	25	19	30	24	1.98
70758--71080	117	2.8	117	85	0	421	25	21	30	23	1.99
71344--71472	50	2.6	50	77	1	125	17	27	16	38	1.91
82963--83021	14	3.9	16	74	12	54	57	6	13	22	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83156--83290	30	4.5	30	79	8	114	34	8	22	34	1.86
83156--83229	31	2.4	31	91	6	116	33	9	22	33	1.87
83156--83290	61	2.3	59	78	10	139	34	8	22	34	1.86
91535--91612	27	3.0	27	81	7	81	25	12	25	35	1.92
91538--91652	25	4.6	24	79	8	97	23	13	28	34	1.92
96964--97082	20	5.9	20	76	5	89	23	26	17	31	1.97
98561--98625	34	1.9	34	96	0	121	30	29	12	27	1.93
99487--99569	35	2.4	36	81	6	98	30	18	20	31	1.96
101845--101890	14	3.3	14	72	22	51	30	0	6	63	1.20
103664--103691	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
104070--104109	21	1.9	21	89	0	62	50	2	10	37	1.50
104107--104401	152	2.0	149	85	4	405	44	2	10	42	1.53
108969--109007	4	9.8	4	82	0	51	25	30	0	43	1.55
114176--114680	42	12.0	42	86	0	636	19	18	25	37	1.94
115548--115853	148	2.1	149	79	5	334	41	3	13	41	1.61
117493--117517	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
118670--118746	31	2.5	31	79	4	86	40	27	1	31	1.65
118724--118786	30	2.1	30	82	5	74	38	15	7	38	1.77
130454--130536	43	1.9	43	85	0	112	38	19	27	14	1.90
130625--130873	40	6.2	40	78	6	263	30	25	18	25	1.98
130644--130882	80	3.0	80	83	1	302	29	25	20	24	1.99
130617--130873	120	2.2	119	82	6	299	30	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130665--130912	80	3.1	78	84	4	284	29	25	18	26	1.98
130665--130912	79	3.1	76	81	9	255	29	25	18	26	1.98
131342--131366	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
132500--132678	30	6.0	29	83	10	191	41	20	3	34	1.70
132690--132720	14	2.2	14	94	0	53	19	6	0	74	1.03
141686--141736	25	2.0	25	88	0	75	39	17	15	27	1.90
146942--147135	23	8.4	23	87	0	253	33	6	14	45	1.71
151955--152006	21	2.5	21	75	6	52	30	13	26	28	1.94
157015--157070	21	2.6	22	77	5	62	30	14	25	30	1.95
156959--157152	92	2.1	92	92	1	318	27	13	23	35	1.92
174068--174120	19	2.8	19	88	2	81	15	9	7	67	1.39
181338--181690	190	1.8	193	84	7	486	29	19	25	25	1.99
187952--187989	17	2.2	17	100	0	76	39	21	23	15	1.92
197726--197750	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
198183--198492	168	1.9	166	88	5	473	40	3	9	45	1.54
198326--198839	150	3.5	147	82	8	607	41	2	11	43	1.56
198352--198888	145	3.6	141	77	13	460	43	2	10	42	1.54
203434--203503	4	17.5	4	79	5	70	24	31	0	44	1.54
203439--203502	24	2.7	24	83	7	85	23	32	0	43	1.54
203440--203497	20	2.9	20	82	10	82	24	32	0	43	1.55
204702--204771	30	2.3	30	100	0	140	35	15	18	30	1.92
208375--208421	22	2.1	22	88	7	69	82	4	10	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208831--209214	42	9.1	42	89	4	551	20	17	24	37	1.94
210007--210058	21	2.5	21	81	6	61	30	28	15	25	1.96
210769--210855	24	3.6	24	93	0	138	27	24	24	24	2.00
210732--210843	48	2.3	48	81	4	118	28	27	21	22	1.99
211970--211994	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
212483--212527	19	2.3	19	88	3	63	48	2	6	42	1.41
212536--212609	20	3.6	20	68	13	60	44	1	9	44	1.44
212640--212680	20	2.1	20	86	4	57	48	2	7	41	1.44
212369--213023	147	4.4	145	82	6	698	45	2	9	43	1.49
212790--212830	20	2.1	20	86	4	57	43	4	4	46	1.46
212855--212913	29	2.2	26	82	14	66	55	1	8	33	1.40
212369--213023	150	4.4	147	81	8	706	45	2	9	43	1.49
226337--226436	49	2.0	49	100	0	200	52	12	16	20	1.75
229968--229993	11	2.4	11	100	0	52	15	0	42	42	1.47
241229--241254	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
242894--242945	27	1.9	27	92	0	86	57	1	7	32	1.38
243027--243059	14	2.4	14	90	5	50	33	0	0	66	0.92
246056--246101	24	1.9	23	86	8	65	56	4	4	34	1.39
247138--247226	6	13.0	6	75	22	54	5	15	3	75	1.13
247159--247211	22	2.5	20	85	11	79	7	15	0	77	0.98
248011--248275	6	44.3	6	87	3	176	70	3	8	17	1.28
248011--248272	18	14.6	18	86	4	210	69	3	8	17	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250430--250501	27	2.7	26	75	14	67	70	1	8	19	1.20
265750--265788	18	2.0	20	85	9	55	66	5	10	17	1.39
267555--267637	36	2.3	36	82	12	116	31	8	24	36	1.85
268815--268866	21	2.5	21	81	6	61	32	28	5	32	1.81
276356--276463	26	4.2	26	78	4	119	29	20	18	31	1.96
278085--278198	50	2.3	51	81	7	160	33	11	15	39	1.84
283011--283060	24	2.1	24	100	0	100	20	24	8	48	1.76
283652--283680	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
283759--283788	7	4.4	7	91	8	53	33	26	13	26	1.93
289314--289349	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15

Tables:   1   2