genome.fa.s8265.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01008265.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122930, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216359

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107--165	30	2.0	28	87	6	82	50	5	1	42	1.34
4270--4323	20	2.8	20	85	2	65	61	5	0	33	1.19
4291--4389	18	5.6	17	76	11	76	61	1	1	36	1.10
4724--4771	3	16.3	3	95	4	89	68	0	0	31	0.90
5988--6104	56	2.1	56	93	1	200	36	13	17	31	1.89
8358--8410	24	2.2	24	86	6	72	30	0	0	69	0.88
8371--8425	24	2.3	24	84	6	67	30	0	1	67	1.01
13818--13842	7	3.6	7	100	0	50	44	32	12	12	1.78
17562--17677	59	2.0	60	81	5	137	36	6	21	36	1.78
17593--17677	30	2.9	30	84	11	122	35	8	23	32	1.85
17793--17864	35	2.1	33	82	5	81	65	4	8	22	1.37
18592--18633	14	2.9	15	82	7	59	0	19	4	76	0.96
19464--19999	39	13.5	39	76	9	429	27	15	26	30	1.96
19464--20007	80	6.8	80	84	3	659	27	15	26	30	1.96
20309--20612	99	3.1	98	79	6	312	20	29	13	36	1.91
20320--20849	50	10.7	49	69	10	209	18	30	15	35	1.92
20434--20711	148	1.9	149	79	5	321	18	29	15	36	1.92
20598--20963	99	3.7	99	82	2	448	18	31	14	35	1.91
20320--20861	247	2.2	248	81	3	619	18	30	14	35	1.92
20598--20963	198	1.8	198	85	2	520	18	31	14	35	1.91
21898--21968	6	12.5	6	74	16	62	1	19	0	78	0.82
21902--21946	23	1.9	24	86	4	65	2	22	0	75	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21936--21966	10	3.1	10	100	0	62	0	9	0	90	0.46
21894--21994	38	2.6	37	78	9	96	2	20	0	76	0.92
21900--21994	46	2.1	46	82	4	111	3	17	0	78	0.87
22422--22580	81	2.0	81	92	0	264	30	15	15	38	1.89
22820--22860	9	4.3	10	84	12	50	0	19	0	80	0.71
23374--23441	34	2.0	34	100	0	136	44	0	17	38	1.49
26976--27131	30	5.2	30	76	9	140	36	2	19	41	1.66
26997--27131	59	2.3	60	80	3	157	36	2	18	42	1.66
26925--27151	89	2.5	88	79	2	229	37	3	19	39	1.69
27240--27284	24	1.9	24	95	4	83	62	0	11	26	1.29
28062--28106	21	2.1	21	83	0	54	0	26	4	68	1.08
32637--32678	15	2.8	15	75	13	50	14	19	7	59	1.57
37834--38052	37	5.9	37	83	3	235	18	20	29	31	1.96
37828--38111	37	7.6	37	78	7	171	17	21	29	31	1.96
40498--40655	80	2.0	80	88	0	235	19	19	27	33	1.96
41260--41322	30	2.1	30	100	0	126	52	12	6	28	1.64
56095--56181	45	1.9	45	92	0	147	26	27	4	41	1.75
56793--56838	24	1.9	24	86	0	65	41	4	0	54	1.20
60903--60968	28	2.5	25	78	14	71	1	21	6	71	1.16
62193--62269	22	3.5	22	80	3	84	25	20	15	37	1.92
80289--80331	19	2.4	18	84	7	52	23	11	4	60	1.50
80924--80963	12	2.9	14	82	17	57	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84991--85050	30	2.0	30	93	0	102	33	26	6	33	1.83
88913--88971	24	2.4	25	77	11	68	50	6	13	28	1.67
101585--101633	20	2.4	20	83	12	64	63	6	8	22	1.44
103611--103690	39	2.1	39	97	0	151	22	17	21	38	1.93
106844--106882	14	2.7	15	84	11	55	48	7	10	33	1.66
108300--108498	30	6.7	30	75	4	134	34	3	24	37	1.73
108386--108528	60	2.4	60	78	2	144	36	4	21	37	1.75
109631--109662	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
118944--119023	27	3.0	27	77	1	81	26	22	11	40	1.87
124011--124046	18	2.0	18	100	0	72	22	27	11	38	1.88
131028--131098	37	1.9	37	91	5	117	22	22	18	36	1.95
132080--132121	17	2.6	17	78	14	54	47	2	0	50	1.14
132157--132242	24	3.1	28	74	19	83	59	1	0	39	1.05
138585--138696	35	3.3	34	78	9	104	66	19	6	8	1.40
138599--138703	12	8.8	12	69	9	63	66	20	6	5	1.36
138699--138731	17	1.9	17	93	0	57	72	9	6	12	1.26
138729--138768	11	3.8	11	80	12	57	67	30	2	0	1.04
138728--138765	20	1.9	20	100	0	76	68	28	2	0	1.03
147738--147809	30	2.4	30	79	9	83	54	6	0	38	1.28
147778--147832	24	2.3	25	84	6	78	60	3	0	36	1.15
148693--148757	30	2.1	31	85	2	87	44	13	10	30	1.78
149023--149067	19	2.4	19	81	7	56	35	0	6	57	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149877--149919	21	2.0	22	95	4	79	13	9	4	72	1.26
149867--149919	22	2.3	24	84	15	76	13	11	3	71	1.26
152563--152588	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
152563--152630	8	8.0	8	76	11	55	17	4	0	77	0.92
152566--152630	21	3.2	20	79	12	60	16	4	0	78	0.91
157120--157163	20	2.2	20	84	15	56	50	0	0	50	1.00
157119--157162	18	2.6	17	85	7	54	52	0	0	47	1.00
163261--163285	13	1.9	13	100	0	50	40	32	0	28	1.57
165124--165173	24	2.1	25	88	7	77	44	2	4	50	1.32
173234--173279	24	1.9	24	82	8	58	60	21	2	15	1.45
173374--173455	24	3.4	24	87	1	119	56	8	10	24	1.62
179510--179581	38	1.9	37	88	2	108	27	38	19	13	1.90
184187--184243	24	2.4	24	84	0	69	45	12	5	36	1.64
190155--190213	21	2.8	21	89	2	91	52	3	11	32	1.54
201378--201431	28	1.9	28	84	0	72	18	29	16	35	1.93
203507--203542	19	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
203739--203773	18	1.9	18	94	0	61	25	20	11	42	1.85
203802--203842	20	2.0	21	95	4	75	39	19	7	34	1.80
212625--212655	15	2.1	15	93	0	53	35	16	16	32	1.91
214377--214527	82	1.9	81	83	4	196	36	16	25	21	1.94
214377--214526	41	3.7	41	79	2	142	36	16	25	21	1.94
214367--214543	82	2.2	80	79	6	194	37	19	24	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214385--214542	41	3.9	41	79	3	140	36	18	24	20	1.95
214521--214581	30	2.0	30	87	0	86	29	22	26	21	1.99
214873--214927	22	2.5	22	100	0	110	25	23	21	29	1.99

Tables:   1

The End!