Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008277.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122942, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1930
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.21, T:0.36


Found at i:1171 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 1103--1437  Score: 438
    Period size: 52  Copynumber: 6.5  Consensus size: 52

       1093 AAAAAGTCTA

                    *                           *          *    
       1103 ATGACTATTTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTATGGATTATGAGATCCG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                       *                        * *           * 
       1155 ATGACTATGTGCCATCGTGAGTATATGAATCCTTTATGAATTATGAGGTCTG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                                          **                    
       1207 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATGTTTTACGGATTATGAGGTCCG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                                  *       **      *          ** 
       1259 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTGTATGAATTTTTTACGAATTATGAGGTTTG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                      *  *  *                    *     *      * 
       1311 ATGACTATGTATCGTCTTGAGTATATGAATCCTTTACAGATTAAGAGGT-TG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                      *       *                        *        
       1362 ATGACTATGTATCATCGTAAGTATATGAATCCTTTACGGATTAAGAGGTCCG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                           *        
       1414 ATGACTATGTGTCATTGTGAGTAT
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTAT

       1438 TAAATGAAAT


Statistics
Matches: 249,  Mismatches: 33, Indels: 2
        0.88            0.12        0.01

Matches are distributed among these distances:
  51   47  0.19
  52  202  0.81

ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.23, T:0.38


Consensus pattern (52 bp):   
ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

Done.