Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008278.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_122943, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3071
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.20, T:0.35


Found at i:1174 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 1101--1440  Score: 475
    Period size: 52  Copynumber: 6.6  Consensus size: 52

       1091 AATGAAAAAA

                *        *                           *          
       1101 GTCTAATGACTATTTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTATGGATTATGAG
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

            *  *            *                          *        
       1153 ATCCGATGACTATGTGCCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGAATTATGAG
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

                                               **             * 
       1205 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATGTTTTACGGATTATGTG
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

                                       *       **               
       1257 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTGTATGAATTTTTTACGGATTATGAG
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

              *            *     *                    *     *   
       1309 GTTTGATGACTATGTATCATCTTGAGTATATGAATCCTTTACAGATTAAGAG
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

                           *       *                        *   
       1361 GT-TGATGACTATGTATCATCGTAAGTATATGAATCCTTTACGGATTAAGAG
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

               *                         
       1412 GTCCGATGACTATGTGTCATCGTGAGTAT
          1 GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTAT

       1441 TAAATTAAAT


Statistics
Matches: 256,  Mismatches: 31, Indels: 2
        0.89            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
  51   48  0.19
  52  208  0.81

ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.23, T:0.38


Consensus pattern (52 bp):   
GTCTGATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAG

Done.