Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008356.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123023, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2776
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.23, T:0.32


Found at i:2519 original size:52 final size:52

Alignment explanation


    Indices: 2451--2776  Score: 429
    Period size: 52  Copynumber: 6.3  Consensus size: 52

       2441 AAAAAGTCTA

                    *                           *          *    
       2451 ATGACTATTTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTATGGATTATGAGATCCG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                       *                        * *           * 
       2503 ATGACTATGTGCCATCGTGAGTATATGAATCCTTTATGAATTATGAGGTCTG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                                          **                    
       2555 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATGTTTTACGGATTATGAGGTCCG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                                  *       **      *          ** 
       2607 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTGTATGAATTTTTTACGAATTATGAGGTTTG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                      *  *  *                    *     *      * 
       2659 ATGACTATGTATCGTCTTGAGTATATGAATCCTTTACAGATTAAGAGGT-TG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                      *       *                        *        
       2710 ATGACTATGTATCATCGTAAGTATATGAATCCTTTACGGATTAAGAGGTCCG
          1 ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

                           
       2762 ATGACTATGTGTCAT
          1 ATGACTATGTGTCAT


Statistics
Matches: 242,  Mismatches: 31, Indels: 2
        0.88            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
  51   47  0.19
  52  195  0.81

ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.23, T:0.37


Consensus pattern (52 bp):   
ATGACTATGTGTCATCGTGAGTATATGAATCCTTTACGGATTATGAGGTCCG

Done.