Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008364.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123031, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2869
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Warning! 3 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2636 original size:476 final size:476
Alignment explanation
Indices: 1625--2869 Score: 2391
Period size: 476 Copynumber: 2.6 Consensus size: 476
1615 CCTCCCCAAC
*
1625 TCATAAATAAGAGGAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACCCATGTCTTTCTGCATTGACAATAAT
1 TCATAAATAAGAGGAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACCCATGTCTTTCTACATTGACAATAAT
1690 ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
66 ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
* *
1755 ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTATCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTTAGTATTTTTTG
131 ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTGTCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTGAGTATTTTTTG
*
1820 GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATTTTTGATGAAAGTACCGTT
196 GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATATTTGATGAAAGTACCGTT
1885 AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATATTTTTAATCAGATGTAATTTATTACTTAGATAACCCA
261 AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATA-TTTTAATCAGATGTAATTTATTACTTAGATAACCCA
*
1950 AAAAGATAATTATATGTGAAAATAATAAAATAAATAAATTATACTCGAAATTAAAAAATAACTTT
325 AAAAGATAATTATATGTAAAAATAATAAAATAAATAAATTATACTCGAAATTAAAAAATAACTTT
2015 TAATTTAAAGAAAATAAATGTAATTATCTAAAAAAAGTTTCAAAATGAATTCATATATTTGTTTA
390 TAATTTAAAGAAAATAAATGTAATTATCTAAAAAAAGTTTCAAAATGAATTCATATATTTGTTTA
2080 CTAACAGGTTTCAAAAAGATAA
455 CTAACAGGTTTCAAAAAGATAA
*
2102 TCATAAATAAGAGGAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACTCATGTCTTTCTACATTGACAATAAT
1 TCATAAATAAGAGGAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACCCATGTCTTTCTACATTGACAATAAT
2167 ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
66 ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
2232 ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTGTCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTGAGTATTTTTTG
131 ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTGTCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTGAGTATTTTTTG
2297 GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATATTTGATGAAAGTACCGTT
196 GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATATTTGATGAAAGTACCGTT
2362 AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATATTTTAATCAGATGTAATTTATTACTTAGATAACCCAA
261 AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATATTTTAATCAGATGTAATTTATTACTTAGATAACCCAA
2427 AAAGATAATTATATGTAAAAATAATAAAATAAATAAATTATACTCGAAATTAAAAAATAACTTTT
326 AAAGATAATTATATGTAAAAATAATAAAATAAATAAATTATACTCGAAATTAAAAAATAACTTTT
*
2492 AATTTAAAGAAAATAAATGTAATTATCTAAAAAAAGTTTCAAAATGAATTCATATATTTGTTTTC
391 AATTTAAAGAAAATAAATGTAATTATCTAAAAAAAGTTTCAAAATGAATTCATATATTTGTTTAC
2557 TAACAGGTTTCAAAAAGATAA
456 TAACAGGTTTCAAAAAGATAA
* * *
2578 TCATAAATAAGAGRAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACYCATGTCTTTCTRCATTGACAATAAT
1 TCATAAATAAGAGGAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACCCATGTCTTTCTACATTGACAATAAT
2643 ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
66 ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
2708 ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTGTCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTGAGTATTTTTTG
131 ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTGTCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTGAGTATTTTTTG
2773 GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATATTTGATGAAAGTACCGTT
196 GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATATTTGATGAAAGTACCGTT
2838 AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATATTTT
261 AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATATTTT
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 10, Indels: 1
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
476 475 0.63
477 283 0.37
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (476 bp):
TCATAAATAAGAGGAAAATACGCTTCAGCGCACTCAAACCCATGTCTTTCTACATTGACAATAAT
ATCTATATCAATCGAGTTAAAATTCAATCGGCAAATTTAAGCAAATATTAAAAGCTTGATGATAA
ATTTGGCCACTAACATTTACATATTTTGTCAAAATGACCCTAATTGTATTTTTGAGTATTTTTTG
GTCATCAACATTTATTTTATTTTTTTCAAATTTCTTTTTCTATCATATTTGATGAAAGTACCGTT
AAAAAATTAACGGGATTTATGTGGAATATTTTAATCAGATGTAATTTATTACTTAGATAACCCAA
AAAGATAATTATATGTAAAAATAATAAAATAAATAAATTATACTCGAAATTAAAAAATAACTTTT
AATTTAAAGAAAATAAATGTAATTATCTAAAAAAAGTTTCAAAATGAATTCATATATTTGTTTAC
TAACAGGTTTCAAAAAGATAA
Done.