Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008394.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123062, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Indices: 84--112 Score: 58
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74 AAATTCATCC
84 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
113 AGCCACTTTC
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
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2091 AACTTTAGGT
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66 TAAATATTATTGGTCTAAGTC
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1 AAAGATGATCCAACTCCGACCAACATACGAGTTTTGAATGTATTAAAATAATACTTTTTGCTTCT
2252 TAAATATTATTGGTCTAAGTC
66 TAAATATTATTGGTCTAAGTC
2273 AAA
1 AAA
2276 TTTTGACTCA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
86 89 1.00
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Consensus pattern (86 bp):
AAAGATGATCCAACTCCGACCAACATACGAGTTTTGAATGTATTAAAATAATACTTTTTGCTTCT
TAAATATTATTGGTCTAAGTC
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Indices: 2748--4733 Score: 1915
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2738 ACTTAATCAA
* * * * * *
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1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT-AAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTAT
**
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65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * * * * * *
2833 ATTTTTGAAAATGTATTGTATTATTAATGGCACTATTAAAAAAAAGTGAAGAAACGTAGTATTAA
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT-AAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTAT
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65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * * * *
2921 -T-TTT--AAATATATTCTATTATTAATGACACTACTAAAATATGTGAAGTAACATAGTTTTAAT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
2982 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * * * * * *
3006 ATATTTGAAAATGTATTTTATTATGAATGACGCTACTAAAATAGATTAAGTAACGTAGTTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* * *
3071 TAACACTTAAAAAG-TCTTTTTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * * *
3094 ATATTTGAAAATGTATTCTATTATTAATAACACTATTAAAAAAGATGAAAAAACGTAATTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* * *
3159 TAATACTTAAAAAGTCTTTATTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* *
3183 ATGTTTGGAAATGTTTTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAA-ATAACGTAATTTTTT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGA-AACGTAATTTTAT
* *
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65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * *
3272 AAGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACACTA-TAAAAAAAGGTGTAGTAACGTAATTTTAT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT-AAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTAT
* *
3336 TTAATGCCT-AAAAG-GTTTTTTTT
65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * *
3359 ATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTATTAAAAAAAGT-AAAAAACGTAATTTTTTT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* *
3423 TAATACCTAAAAAGTCTTTATTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * * * ** * * *
3447 ATATTTGAAAATGAATTATATTATGACTGACACCACTAAAAAAAATGCAGTAACGTAGTTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
*
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66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * *
3533 ATGTTCGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACGTAATTTTTTT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
*
3598 TAAATACCTAAAAAGTTTTTCTTTT
66 T-AATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * *
3623 ATGTCTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* * *
3688 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * **
3712 ATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGACACTACTAAAAAAGGTAAAGTAAA-GTGGTTTTAT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAG-AAACGTAATTTTAT
**
3776 TTAATACCT-AAAA--TGCTTTTTT
65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * *
3798 ATGTTTGAAAATGTATTCTAATATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTT-TT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* *
3862 TAATACCTAAAATA-TCTTTATTTT
66 TAATACCTAAAA-AGTTTTTTTTTT
* * * * * * **
3886 ATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATAACACTACTAAAAAGGGT-ATAGTAACGTGGTTTTAT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGA-AGAAACGTAATTTTAT
*
3950 TTAATACCT-AAAA--TGTTTTTTT
65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * *
3972 ATGTTTGTAAATGTATTCTAATATAAATAACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTCTT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* * * * *
4037 TATTTCCTAAAAAATATTTATTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * *
4061 ATGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGATAATACTAAAAAAGGTAAAGCAACAG-AATTTTAT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAAC-GTAATTTTAT
* *
4125 TTATTACCT-AAAA--TGTTTTTTT
65 TTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * ** * *
4147 ATGTTTGGAAATATATTATATTATGGATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTT-TA
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* *
4211 TAATACCTAAAAAGTCTTTATTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * *
4235 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGATACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACATAATTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* * *
4300 TAATACCT-AAATGTCTTTATTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * **
4323 ATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATGACATTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTGGTTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
*
4388 TAATACCT-AAAA--TGTTTTTTT
66 TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
*
4409 ATTTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAA-AAATCGTAAATTTT-
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAA-CGT-AATTTTA
* *
4472 TTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTT
64 TTTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * *
4498 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACGTAATTTTATT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
* *
4563 TAATACCTAAAATA-TATTTATTTT
66 TAATACCTAAAA-AGTTTTTTTTTT
* * * * * * ** *
4587 ATGTTTGGAAATGAATTTTTTTATGAATGACACTATTAAAAAGGGT-ATA-ATAACGTGGTTTTT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGA-AGA-AACGTAATTTTA
*
4650 TTTAATACCT-AAAA--TGTTTTTTT
64 TTTAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
* * * * * *
4673 ATGTTTGTAAACGTATTCTAATATAAATAACACTACTAAAAAAAGTGAAGTAACGTAATTT
1 ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTT
Statistics
Matches: 1582, Mismatches: 268, Indels: 101
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 37 0.02
84 25 0.02
85 94 0.06
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90 75 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (89 bp):
ATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAGAAACGTAATTTTATT
TAATACCTAAAAAGTTTTTTTTTT
Found at i:3511 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 2748--4733 Score: 2078
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2738 ACTTAATCAA
* * * * **
2748 ATGTTTGAAAATATATTGTATTATAAATGACACTATTAAAAAAATGTGAAGCAACGTAATTTTAT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT-AAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTAT
** * * * * * *
2813 TTAATA--TTTAAT-T-TTT-TTTTATTTTTGAAAATGTATTGTATTATTAATGGCACTATTAAA
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* * * * *
2873 AAAAAGTGAAGAAACGTAGTATTAATTAATACCTAAAAAGT-TTTTTTT
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* * * * ** * * *
2921 -T-TTT--AAATATATTCTATTATTAATGACACTACTAAAATATGTGAAGTAACATAGTTTTAAT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* * * * * * *
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66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
* * ** * * *
3047 TAGATTAAGTAACGTAGTTTTATTTAACACTTAAAAAGTCTTTTTTT
131 AAG-GTAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTTTTT
* * * * *
3094 ATATTTGAAAATGTATTCTATTATTAATAACACTATTAAAAAAGATGAAAAAACGTAATTTTATT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* *
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* * * *
3223 AAAGGTGAAATAACGTAATTTTTTTTAATACCTAGAAAGTTTTTATTTT
130 AAAGGT-AAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTT-TTTT
* * * * * **
3272 AAGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGACACTA-TAAAAAAAGGTGTAGTAACGTAATTTTAT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACT-AAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTAT
* * *
3336 TTAATGCCTAAAAGGT-TTT-TTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTATTAAA
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* *
3399 AAAAGTAAAAAACGTAATTTTTTTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTT
130 AAAGGTAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTT-TTTT
* * * * * * ** * ** *
3447 ATATTTGAAAATGAATTATATTATGACTGACACCACTAAAAAAAATGCAGTAACGTAGTTTTATT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* *
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66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
* * *
3574 AAAGTGAAAAAACGTAATTTTTTTTAAATACCTAAAAAGTTTTTCTTTT
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* *
3623 ATGTCTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTAATAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* *
3688 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATGACACTACTAAAA
66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
** *
3753 AAGGTAAAGTAAA-GTGGTTTTATTTAATACCTAAAATG-C-TTTTTT
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*
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1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* * * *
3862 TAATACCTAAAATATCTTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTATTATGAATAACACTACTAAAA
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* ** ** *
3927 AGGGTATAGTAACGTGGTTTTATTTAATACCT-AAAA-TGTTTTTTT
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* * * ** *
3972 ATGTTTGTAAATGTATTCTAATATAAATAACACTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTAATTTTCTT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* * ** * * * * *
4037 TATTTCCTAAAAAATATTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTATATTATGAATGATAATACTAAAA
66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
* * *
4102 AAGGTAAAGCAACAG-AATTTTATTTATTACCT-AAAA-TGTTTTTTT
131 AAGGTAAA-AAAC-GTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTTTTT
* * * ** *
4147 ATGTTTGGAAATATATTATATTATGGATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTT-TA
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* * *
4211 TAATACCTAAAAAGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGATACTACTAAAA
66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
* *
4276 AAGGTGAAAAAACATAATTTTATTTAATACCT-AAATGTCTTTATTTT
131 AAGGT-AAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTT-TTTT
* * * * * ** **
4323 ATGTTTGGAAATGAATTATATTATGAATGACATTACTAAAAAAGGTGAAGTAACGTGGTTTTATT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* *
4388 TAATACCTAAAATG--TTT-TTTTATTTTTGGAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAA
66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
*
4450 AAGGTGAAAAATCGTAAATTTT-TTTAATACCTAAAAAGTCTTTATTTT
131 AAGGT-AAAAAACGT-AATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTT-TTTT
*
4498 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAAGTGAAAAAACGTAATTTTATT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
* * * * * *
4563 TAATACCTAAAATATATTTATTTTATGTTTGGAAATGAATTTTTTTATGAATGACACTATTAAAA
66 TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
* * ** * *
4628 AGGGTATAATAACGTGGTTTTTTTTAATACCT-AAAA-TGTTTTTTT
131 AAGGTA-AAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTTTTT
* * * * * **
4673 ATGTTTGTAAACGTATTCTAATATAAATAACACTACTAAAAAAAGTGAAGTAACGTAATTT
1 ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTT
Statistics
Matches: 1564, Mismatches: 206, Indels: 84
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 28 0.02
169 26 0.02
170 3 0.00
171 4 0.00
172 37 0.02
173 48 0.03
174 357 0.23
175 493 0.32
176 200 0.13
177 165 0.11
178 146 0.09
179 54 0.03
180 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATGTTTGAAAATGTATTCTATTATAAATGACACTACTAAAAAAGGTGAAAAAACGTAATTTTATT
TAATACCTAAAATGTCTTTATTTTATGTTTGGAAATGTATTTTATTATAAATGACACTACTAAAA
AAGGTAAAAAACGTAATTTTATTTAATACCTAAAAAGTCTTTTTTT
Done.