Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008481.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123156, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 705

Length: 1175
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.16, T:0.29


Found at i:421 original size:7 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 400--483  Score: 84
    Period size: 6  Copynumber: 14.3  Consensus size: 6

        390 ATTGATTTTG

                           *                          **           *
        400 AATTTA AATTT- ATTTTA AATTTA AATTTA AATTT- GTTTTAA AATTTT
          1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTT-A AATTTA

                                 *      *               
        447 AATTT- AATTTA AATTTA GATTTA TATTTA AATTTA AA
          1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AA

        484 ACTTATTATA


Statistics
Matches: 64,  Mismatches: 10, Indels: 8
        0.78            0.12        0.10

Matches are distributed among these distances:
   5   12  0.19
   6   49  0.77
   7    3  0.05

ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.55


Consensus pattern (6 bp):   
AATTTA

Found at i:426 original size:23 final size:23

Alignment explanation


    Indices: 400--481  Score: 94
    Period size: 23  Copynumber: 3.5  Consensus size: 23

        390 ATTGATTTTG

                                   
        400 AATTTAAATTTATTTTAAATTTA
          1 AATTTAAATTTATTTTAAATTTA

                       *           *
        423 AATTTAAATTTGTTTTAAAATTTT
          1 AATTTAAATTTATTTT-AAATTTA

                         *    *     
        447 AATTT-AATTTAAATTTAGATTTA
          1 AATTTAAATTT-ATTTTAAATTTA

            *           
        470 TATTTAAATTTA
          1 AATTTAAATTTA

        482 AAACTTATTA


Statistics
Matches: 49,  Mismatches: 7, Indels: 6
        0.79            0.11        0.10

Matches are distributed among these distances:
  23   30  0.61
  24   19  0.39

ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.02, T:0.56


Consensus pattern (23 bp):   
AATTTAAATTTATTTTAAATTTA

Found at i:445 original size:18 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 367--503  Score: 96
    Period size: 17  Copynumber: 7.4  Consensus size: 17

        357 TTAAACCCAT

                               
        367 TTTAAGATTTATTTTAAGA
          1 TTTAA-ATTTATTTTAA-A

                    *     *  
        386 -TTAAATTGATTTTGAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                             
        402 TTTAAATTTATTTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                                    
        419 TTTAAATTTAAATTTGTTTTAAAA
          1 TTTAAATTT--A----TTTT-AAA

               *      *      
        443 TTTTAATTTAATTTAAA
          1 TTTAAATTTATTTTAAA

                *             
        460 TTTAGATTTATATTTAAA
          1 TTTAAATTTAT-TTTAAA

                   *     *    
        478 TTTAAAACTTATTATAAA
          1 TTT-AAATTTATTTTAAA

                    
        496 TATTAAAT
          1 T-TTAAAT

        504 GTCCAAATAC


Statistics
Matches: 94,  Mismatches: 13, Indels: 23
        0.72            0.10        0.18

Matches are distributed among these distances:
  16    1  0.01
  17   43  0.46
  18   25  0.27
  19    9  0.10
  22    1  0.01
  23    4  0.04
  24   11  0.12

ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.04, T:0.53


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTATTTTAAA
Done.