Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008539.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123216, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * *
65 GTGAGAATTATTTTTCTATTGGTCCTTGGCCAAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * **
130 TTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATTATCCATTCCTTCGAGGAATTTCTCGAACATT
131 TTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTT-TCGAACATT
*
195 CCATGCTCGCGAAATCGCATC
195 CCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * *
216 ATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAGTTAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * * *
281 GTGAGAATTGTTTGTCTCA-TGGTTCTTGGCCGAGCTACCAAACTTGTCAAAGTCTTACGAATTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
** * *
345 TTGAAAAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTGAAGACGATCCA----TTC---G-A------AA-ATT
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCGAACATT
*
395 CCATGCTCGAGAAATTGCATC
195 CCATGCTCGAGAAATCGCATC
* *
416 ATTTGGT-CAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACCTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * * * * *
480 GTGAGAATTGGTCGTCTCTTGGTTCTTGGACGAACATCCGAACTGGTAAAACTTGTACGAGTTCT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* ** *
545 TTTATAACTTAGGTTCCTTAAAG-A--C--G--G-TCCTTTCCTTTTAGGAATTTTTTGAACATT
131 TTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTTCGAACATT
* *
602 CCATGCTCGGGAAATCGCACC
195 CCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * *
623 ATTTGGTCCAAATAATTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * ** *
688 GTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACAATT--GAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAAC--TTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * * * *
751 CTTTTATAACTTTGTTTACTTAAAGTATTCAAAATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACA
129 CTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTTCGAACA
* * *
816 ATCCATGCTTTG-GAATTCGCATC
193 TTCCATGC-TCGAGAAATCGCATC
* * * * * * * * **
839 ACTAGGCCCAAATAGTTTATCATTTTGTAAACAACTTTTGGACTTTAAATTTAAAACTTATTTCC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * ** *
904 GTGAGAATTATTTTTCTATTGGTTCTTGGTCGAACTTTTGAACTTGT-ATAACCTTTACGAGTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTC
* * * * * *
968 TTTTATAACTTTGGTTTCTTAAAGTATACAAGATGATCCATTCCTTTGAGGAATTTTCCAAACAT
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTT-CGAACAT
* *
1033 TCCATTCTTG-GAAATCGCATC
194 TCCATGCTCGAGAAATCGCATC
*
1054 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* *
1118 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
** **
1183 TTTATAACTTCA-GTTCCTTAAAGTATTCGAA-AAAATCCATTCCTTCGAAAAATTTTCCGAACA
131 TTTATAACTT-AGGTTCCTTAAAGTATTC-AAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTT-CGAACA
* * * *
1246 TTCCATTCTTGGGAAATCGAATC
193 TTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * ** *
1269 ATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTATCTTTGAATTTGAAACTTATTTAA
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * ** * *
1334 GTGAGAATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGTTGAACTTCTGAACTTGT-ACAACCTTTACGAGTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCA-AACTTTTACGAGTTC
* * * * * * *
1398 TTTTATAACTTTGGCT-CTATAAAGCATTCAAGATGATCTATTCCTTCGAGGAGTTTTCCAAACA
130 TTTTATAACTTAGGTTCCT-TAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTT-CGAACA
*
1462 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATC
193 TTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * * * *
1485 GTTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTCAACATCTTTTTCTCTTCGAATTAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * *
1550 GAGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTCCCGAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * * * * *
1615 TTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCTAGACGATCCATTCCTTAGAGCAATTTTTCGAACGTT
131 TTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTTCGAACATT
* *
1680 -CATTCTCGAGAAATTGCATC
195 CCATGCTCGAGAAATCGCATC
*
1700 ATTTGGTCCAAATAGTTTATCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * * * *
1765 GTGAGAATTATTTGCCTATTGGTCCCTGGCCGAACTTCAGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTACT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
* * * *
1830 TTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTTGAGAAATTTTTCGAACGTT
131 TTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTTCGAACATT
* *
1895 CCATGCTCAAGAAATTGCATC
195 CCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * *
1916 ATTTGGTCCAAATAATTTTTCATTTTGTAAAAAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
** *
1981 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGG-TCATTGGCCGAACTTCCGAACTTGTTGAACATTTT-CAAGTT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTC-TTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAAC-TTTTACGAGTT
* * ** * *
2044 CTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATAATCCATTCCTTTGAGGAATTTCCCGAACA
129 CTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTT-TCGAACA
* *
2109 TTCCATGCTAGGGAAATCGCATC
193 TTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* ** * * ** *
2132 ATTCGGTTTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCCTCAAATTAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * * *
2197 GTTAGAATTGTTTGTCTCA-AGGTTCTTGGCTGAAATTCCGAACTTGTCAAAGTTTTACAAGTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
** * ** *
2261 TTGAATAACTTATGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCTATTTTCTAAACAT
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTC-GAACAT
*
2326 TCCACGCTCGAGAAATCGCATC
194 TCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * *
2348 ATTTGGTCCAATTAATTTGTCATTTTGTAAACAAC-TTTTGTCTTTGAATTAAAATCTTATTTTG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * * * *
2412 GTGAGAATTGTCTGTCTCTTAGTTCTTGGACGAACATCCGAACTGGT-AAACCTTTTACGACTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAA-CTTTTACGAGTTC
* * * *
2476 TTTCATAACTTA-GTATCCTTAAAGCATTCAAAACAATCCATTCCTTCGA-GATATTTTCCGAAC
130 TTTTATAACTTAGGT-TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGA-ATTTT-CGAAC
*
2539 ATTCCATTCTCGAGAAATCGCATC
192 ATTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * *
2563 ATTTGGTCCGAATAATTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTT
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * * * *
2627 GGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTCCTTGGCCAAACTTCTGAACTTCTCAAACTTTTACAAGTTC
65 GGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * *
2692 TTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTCTCGAACAT
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTT-TCGAACAT
2757 TCCATGCTCGAGAAATCGCATC
194 TCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * * *
2779 AATTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAAGTTTTTGTCTTTGAGTTAAAATA-TTATTTA
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAA-ACTTATTTA
* * * *
2843 CGTGAGAATTGTTTGTCTCA-TGGTTCCTGGCCGAACTTCCAAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTT
65 GGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
** * *
2907 CTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAATATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAGA-
129 CTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTTCGA-AC
* *
2971 ATTCAAAGCTCGAGAAATCGCATC
192 ATTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * *
2995 ATTTGGACCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAGCTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * * *
3059 GTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAACATT-TGTACTGGTAAAACTTTTACGAGTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAAC-TTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * *
3123 TTTTATAACTTAGGATCCTTAAAGTATTCAAAACGA-CACATTCCTTCGAGAAATTTTCTGAACA
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATC-CATTCCTTCGAGGAATTTTC-GAACA
* * *
3187 TTCCATTCTCGGGAAATCGTATC
193 TTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * *
3210 ATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTATCTTTGAGTTAAAAACTTATTTT
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * ** * *
3274 GGTAAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTCTTAACTTGTCAAACATTTACAAGTTC
65 GGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
** * *
3339 TTTTATAACTTTTGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTTGAGGAATTTCCCGAACAT
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTT-TCGAACAT
* *
3404 TTCATGCTCGAGAAATTGCATC
194 TCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * **
3426 ATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTATCTTTGAATTAAAATCTTATTTTT
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * ** * * * *
3491 GTGAGAATTGTTTGGCTCTTAGTTCTTGG-ATATACGTCTGAAC-TATAAAACTTTTACGAGTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGA-ACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTC
* * * * *
3554 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAATGTATTCAAAACGATTCATTCCTTCGAGAAATTTTTTGAACAT
130 TTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTTCGAACAT
* *
3619 TTCATTCTCGAGAAATCGCATC
194 TCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * *
3641 ATTTGGTCCAAATAGTTTTTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTATCTTTGAATTAAAAACTTATTTT
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * * **
3705 GGTGAGAATAT-TTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACATCTGAACTTGTCAAACTATTATTAGTT
65 GGTGAGAAT-TGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTT
* * * * * * *
3769 CTTTTATAACTTTGGATCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGAGCAATTTTTTTGAAT
129 CTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAA--TTTTCGAAC
*
3834 GTTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
192 ATTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * * *
3858 ATTTGGTCCATATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTCTATCTTTAAATTAAAAACATATTTAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * *
3923 GTTAGAATTGGTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAA
Statistics
Matches: 3168, Mismatches: 481, Indels: 182
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
191 3 0.00
192 1 0.00
194 1 0.00
195 2 0.00
198 2 0.00
199 122 0.04
200 29 0.01
201 2 0.00
206 2 0.00
207 28 0.01
208 126 0.04
209 2 0.00
210 1 0.00
211 1 0.00
212 3 0.00
214 149 0.05
215 895 0.28
216 1650 0.52
217 148 0.05
218 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
TTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCGAACATTC
CATGCTCGAGAAATCGCATC
Found at i:1786 original size:431 final size:432
Alignment explanation
Indices: 387--3956 Score: 4051
Period size: 431 Copynumber: 8.3 Consensus size: 432
377 ACGATCCATT
* * * *
387 CGAAAATTCCATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGT-CAAGTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACC
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
* * * *
451 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGGTCGTCTCTTGGTTCTTGGACGAACA
66 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
* * * *
516 TCCGAACTGGTAAAACTTGTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAG-A--C--G--G-T
131 TCTGAACTTGTACAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAT
* ** ** * * *
573 CCTTTCCTTTTAGGAATTTTTTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAATAA
196 CCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAG
* *
638 TTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
261 TTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGT
* * ** * * *
703 CTCTTGGTTCTTGGATGAACAATT--GAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTCTTTTATAACTTTGT
326 CTATTGGTCCTTGGCCGAAC--TTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGA
* * * * *
766 TTACTTAAAGTATTCAAAATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTT
389 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
* * * * * * *
810 CGAACAATCCATGCTTTG-GAATTCGCATCACTAGGCCCAAATAGTTTATCATTTTGTAAACAAC
1 CGAACATTCCATGC-TCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAC
* * * * ** * * *
874 TTTTGGACTTTAAATTTAAAACTTATTTCCGTGAGAATTATTTTTCTATTGGTTCTTGGTCGAAC
65 TTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * * * *
939 TTTTGAACTTGTATAACCTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTTCTTAAAGTATACAAGATGA
130 TTCTGAACTTGTACAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * * *
1004 TCCATTCCTTTGAGGAATTTTCCAAACATTCCATTCTTG-GAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
195 TCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
1068 GTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTG
260 GTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTG
*
1132 TCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTC-AG
325 TCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGA-
** **
1196 TTCCTTAAAGTATTCGAA-AAAATCCATTCCTTCGAAAAATTTTC
389 TTCCTTAAAGTATTC-AAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
* * * * *
1240 CGAACATTCCATTCTTGGGAAATCGAATCATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
* ** * * * **
1305 TTTTATCTTTGAATTTGAAACTTATTTAAGTGAGAATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGTTGAACT
66 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
* * * * *
1370 TCTGAACTTGTACAACCTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGCT-CTATAAAGCATTCAAGATGA
131 TCTGAACTTGTACAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCT-TAAAGTATTCAAGACGA
* * * * *
1434 TCTATTCCTTCGAGGAGTTTTCCAAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCGTTTGGTCCAAATA
195 TCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
* * * * *
1499 GTTTGTCATTTTGTCAACATCTTTTTCTCTTCGAATTAAAAACTTATTTACGAGAGAATTGTTTG
260 GTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTG
* * *
1564 TCTATTGGTCCTTGGCCGAACTCCCGAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCCTTTATAACTTCGAT
325 TCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGAT
* * *
1629 TCCTTAAAGTATTCTAGACGATCCATTCCTTAGAGCAATTTTT
390 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
* * * *
1672 CGAACGTT-CATTCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTATCATTTTGTAAACAACT
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
* * * * *
1736 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTATTTGCCTATTGGTCCCTGGCCGAACT
66 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
* * * *
1801 TCAGAACTTGT-CAAACTTTTACAAGTACTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
131 TCTGAACTTGTAC-AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * * * * *
1865 TCCATTCCTTTGAGAAATTTTTCGAACGTTCCATGCTCAAGAAATTGCATCATTTGGTCCAAATA
195 TCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
* * * * *
1930 ATTTTTCATTTTGTAAAAAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCAGGTGAGAATTGTTTG
260 GTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTG
* ** *
1995 TCTATTGGTCATTGGCCGAACTTCCGAACTTGTTGAACATTTT-CAAGTTCTTTTATAACTTCGA
325 TCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAAC-TTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGA
** * * *
2059 TTCCTTAAAGTATTCAAGATAATCCATTCCTTTGAGGAATTTCC
389 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
* * * ** *
2103 CGAACATTCCATGCTAGGGAAATCGCATCATTCGGTTTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACT
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
* ** * * *
2168 TTTTGTCCTCAAATTAAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTTTGTCTCA-AGGTTCTTGG-CTGAA
66 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTTCTTGGAC-GAA
* * * * ** *
2231 ATTCCGAACTTGT-CAAAGTTTTACAAGTTCTTGAATAACTTATGTTCCTTAAAGTATTCAAGAC
129 CTTCTGAACTTGTAC-AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGAC
** ** * *
2295 GATCCATTCCTTCGAGCTATTTTCTAAACATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAT
193 GATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
* * ** *
2360 TAATTTGTCATTTTGTAAACAAC-TTTTGTCTTTGAATTAAAATCTTATTTTGGTGAGAATTGTC
258 TAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTT
* * * * * * * * *
2424 TGTCTCTTAGTTCTTGGACGAACATCCGAACTGGT-AAACCTTTTACGACTTCTTTCATAACTTA
323 TGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTC
* * *
2488 G-TATCCTTAAAGCATTCAAAACAATCCATTCCTTCGAG-ATATTTTC
387 GAT-TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCA-ATTTTC
* * *
2534 CGAACATTCCATTCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCGAATAATTTGTCATTTTGTAAA-ACAC
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA-AC
* * * * * *
2598 TTTTTGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTCCTTGGCCAAAC
65 TTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * *
2663 TTCTGAACTTCT-CAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCATGACG
130 TTCTGAACTTGTAC-AACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
*
2727 ATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTCTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCAATTGGTCCAAA
194 ATCCATTCCTTCGAGGAATTTTC-CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
* * * *
2791 TAGTTTCTAATTTTGTAAACAAGTTTTTGTCTTTGAGTTAAAATA-TTATTTACGTGAGAATTGT
258 TAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAA-ACTTATTTACGTGAGAATTGT
* * **
2855 TTGTCTCA-TGGTTCC-TGGCCGAACTTCCAAACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACT
322 TTGTCT-ATTGG-TCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACT
* * * *
2918 TAGGTTCCTTAAAATATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTT
385 TCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
* * * * *
2966 CGAGA-ATTCAAAGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGACCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAGC
1 CGA-ACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAC
*
3030 TTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
65 TTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * *
3094 ATT-TGTACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGATCCTTAAAGTATTCAAAACG
130 -TTCTGAACTTGTACAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACG
* * * * * *
3158 A-CACATTCCTTCGAGAAATTTTCTGAACATTCCATTCTCGGGAAATCGTATCATTTGGTCAAAA
194 ATC-CATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
* * ** *
3222 TAGTTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTATCTTTGAGTTAAAAACTTATTTTGGTAAGAATTGT
258 TAGTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGT
* ** * *
3286 TTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTCTTAACTTGTCAAACATTTACAAGTTCTTTTATAACTTT
322 TTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAC-TT
* * * *
3351 TG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTTGAGGAATTTCC
386 CGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
* * *
3397 CGAACATTTCATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
* * ** * * * *
3462 TTTTATCTTTGAATTAAAATCTTATTTTTGTGAGAATTGTTTGGCTCTTAGTTCTTGGA-TATAC
66 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGA-AC
* * * * *
3526 GTCTGAAC-TATAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAATGTATTCAAAACGA
130 TTCTGAACTTGTACAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGA
* * ** * *
3590 TTCATTCCTTCGAGAAATTTTTTGAACATTTCATTCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
195 TCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATA
* * **
3655 GTTTTTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTATCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATAT-TT
260 GTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAAT-TGTT
* * * ** *
3718 TGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACATCTGAACTTGTCAAACTATTATTAGTTCTTTTATAACTTTG
323 TGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAAC-TTC
* * *
3783 GA-TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGAGCAATTTTTT
387 GATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAA-TTTTC
* ** *
3829 TGAATGTTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCATATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
1 CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
* * * * * * *
3894 TTCTATCTTTAAATTAAAAACATATTTAGGTTAGAATTGGTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
66 TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAA
Statistics
Matches: 2693, Mismatches: 393, Indels: 113
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
423 25 0.01
424 123 0.05
425 1 0.00
427 1 0.00
428 2 0.00
429 6 0.00
430 336 0.12
431 1443 0.54
432 744 0.28
433 12 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (432 bp):
CGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
TTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTTCTTGGACGAACT
TCTGAACTTGTACAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGAT
CCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAG
TTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGT
CTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCGATT
CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTC
Found at i:2046 original size:647 final size:646
Alignment explanation
Indices: 1--3956 Score: 4643
Period size: 647 Copynumber: 6.2 Consensus size: 646
*
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * ** *
65 GTGAGAATTATTTTTCTATTGGTCCTTGGCCAAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTT-CAAGTTCT
*
130 TTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATTATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTCTCGAACAT
130 TTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTC-CGAACAT
* *
194 TCCATGCTCGCGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTC
194 TCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTC
* * * *
259 TTTGAGTTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCTTGGCCGAGCTACCAAAC
259 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAAC
* * * *
324 TTGTCAAAGTCTTACGAATTCTTGAAAAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTGAAGACGATCCA----
324 TTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCC
* * *
385 TTCGA--AA--ATT----C---CATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGT-CAAGTAGTTTGTCAT
389 TTCGAGCAATTTTTCGAACATTCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCAT
* * * *
438 TTTGTAAACAACCTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGGTCGTCTCTTGGT
454 TTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGT
* * *
503 TCTTGGACGAACATCCGAACTGGTAAAACTTGTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAG
519 CCTTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAG
* ** * * * *
568 -A--C--G--G-TCCTTTCCTTTTAGGAATTTTTTGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCACC
584 TATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * *
623 ATTTGGTCCAAATAATTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGGCTTTGAATTAAAAACTTATTTAC
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * ** * *
688 GTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACAAT-TGAACTTGTCAAACTTTTTCGAGTTC
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAAC-TTCTGAACTTGTCAAAC-TTTTCAAGTTC
* * * * * *
752 TTTTATAACTTTGTTTACTTAAAGTATTCAAAATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTTCGAACAA
129 TTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACAT
** * * * * * * *
817 TCCATGCTTTGGAATTCGCATCACTAGGCCCAAATAGTTTATCATTTTGTAAACAACTTTTGGAC
194 TCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTC
* * * * * * **
882 TTTAAATTTAAAACTTATTTCCGTGAGAATTATTTTTCT-ATTGGTTCTTGGTCGAACTTTTGAA
259 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCA-TGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAA
** ** * * * *
946 CTTGT-ATAACCTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTTCTTAAAGTATACAAGATGATCCATT
323 CTTGTCA-AAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * * *
1010 CCTTTGAGGAATTTTCCAAACATTCCATTCTTG-GAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGT
387 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATT-CATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGT
*
1074 CATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTATT
451 CATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATT
* * * *
1138 GGTCCTTGGCCGAACTTTCGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTCA-GTTCCTT
516 GGTCCTTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTT-AGGTTCCTT
** * * * * * *
1202 AAAGTATTCGAA-AAAATCCATTCCTTCGAAAAATTTTCCGAACATTCCATTCTTGGGAAATCGA
580 AAAGTATTC-AAGACGATCCATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGC
1266 ATC
644 ATC
* * ** *
1269 ATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTATCTTTGAATTTGAAACTTATTTAA
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * ** * * *
1334 GTGAGAATTATTTCTCTATTGGTTCTTGGTTGAACTTCTGAACTTGTACAACCTTTACGAGTTCT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCTGAACTTGT-CAAACTTTTCAAGTTCT
* ** * * * *
1399 TTTATAACTTTGGCT-CTATAAAGCATTCAAGATGATCTATTCCTTCGAGGAGTTTTCCAAACAT
130 TTTATAACTTCGATTCCT-TAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACAT
* * * * *
1463 TCCATGCTCGGGAAATCGCATCGTTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTCAACATCTTTTTCTC
194 TCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTC
* * * *
1528 TTCGAATTAAAAACTTATTTACGAGAGAATTGTTTGTCT-ATTGGTCCTTGGCCGAACTCCCGAA
259 TTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCA-TGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAA
* * * *
1592 CTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCCTT-TATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCTAGACGATCCATT
323 CTTGTCAAAGTTTTACGAGTT-CTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * * *
1656 CCTTAGAGCAATTTTTCGAACGTTCATTCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTATC
387 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTC
* *
1721 ATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTATTTGCCTATTG
452 ATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTG
* * * * * * * *
1786 GTCCCTGGCCGAACTTCAGAACTTGTCAAACTTTTACAAGTACTTTTATAACTTCGGTTCCTTAA
517 GTCCTTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAA
* * * *
1851 AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTTGAGAAATTTTTCGAACGTTCCATGCTCAAGAAATTGCATC
582 AGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
* * * *
1916 ATTTGGTCCAAATAATTTTTCATTTTGTAAAAAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTCAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * **
1981 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCATTGGCCGAACTTCCGAACTTGTTGAACATTTTCAAGTTCT
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCTGAACTTGTCAAAC-TTTTCAAGTTCT
* * *
2046 TTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATAATCCATTCCTTTGAGGAATTTCCCGAACATT
130 TTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATT
* * ** *
2111 CCATGCTAGGGAAATCGCATCATTCGGTTTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCC
195 CCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCT
** * * * *
2176 TCAAATTAAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTTTGTCTCAAGGTTCTTGGCTGAAATTCCGAACT
260 TTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACT
* *
2241 TGTCAAAGTTTTACAAGTTCTTGAATAACTTATGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCT
325 TGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCT
* * * * *
2306 TCGAGCTA-TTTTCTAAACATTCCACGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAATTAATTTGTCA
390 TCGAGCAATTTTTC-GAACATT-CATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA
* * * * *
2370 TTTTGTAAACAAC-TTTTGTCTTTGAATTAAAATCTTATTTTGGTGAGAATTGTCTGTCTCTTAG
453 TTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGG
* * *
2434 TTCTTGGACGAACATCCGAACTGGT-AAACCTTTTACGACTTCTTTCATAACTTA-GTATCCTTA
518 TCCTTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAA-CTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGT-TCCTTA
* * * * * *
2497 AAGCATTCAAAACAATCCATTCCTTCGAGATATTTTCCGAACATTCCATTCTCGAGAAATCGCAT
581 AAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCAT
2562 C
646 C
* * * *
2563 ATTTGGTCCGAATAATTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTT
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * *
2627 GGTGAGAATTATTTGTCTATTGGTCCTTGGCCAAACTTCTGAACTTCTCAAACTTTTACAAGTTC
65 GGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTT-CAAGTTC
* *
2692 TTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCATGACGATCCATTCCTTCGAGGAA-TTTCTCGAACA
129 TTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTC-CGAACA
* * * *
2756 TTCCATGCTCGAGAAATCGCATCAATTGGTCCAAATAGTTTCTAATTTTGTAAACAAGTTTTTGT
193 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGT
* * *
2821 CTTTGAGTTAAAATA-TTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCCTGGCCGAACTTCCAA
258 CTTTGAATTAAAA-ACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCTTGGCCGAACTTCCGA
*
2885 ACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAATATTCAAGACGATCCATT
322 ACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * *
2950 CCTTCGAGCAATTTTTCGAGA-ATTCAAAGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGACCAATTAGTTTG
387 CCTTCGAGCAATTTTTCGA-ACATTC-ATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTG
* *
3014 TCATTTTGTAAACAGCTTTTTGTCTTTGAA-TAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTCT
450 TCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTAT
* ** * * *
3078 TGGTTCTTGGACGAACATTTGTACTGGTAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGATCCTT
515 TGGTCCTTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTT
* * *
3143 AAAGTATTCAAAACGA-CACATTCCTTCGAGAAA-TTTTCTGAACATTCCATTCTCGGGAAATCG
580 AAAGTATTCAAGACGATC-CATTCCTTCGAGAAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGAGAAATCG
*
3206 TATC
643 CATC
* * * *
3210 ATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAA-ACACTTTTTATCTTTGAGTTAAAAACTTATTTT
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTA
* * * *
3274 GGTAAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGTCGAACTTCTTAACTTGTCAAACATTTACAAGTTC
65 GGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCTGAACTTGTCAAAC-TTTTCAAGTTC
* * * *
3339 TTTTATAACTTTTG-TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTTGAGGAATTTCCCGAACA
129 TTTTATAAC-TTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACA
* * * * * *
3403 TTTCATGCTCGAGAAATTGCATCATTTGGTCCAATTAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTAT
193 TTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGT
* ** * * * ** * *
3468 CTTTGAATTAAAATCTTATTTTTGTGAGAATTGTTTGGCTCTTAGTTCTTGG-ATATACGTCTGA
258 CTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCTTGGCCGA-ACTTCCGA
* * * ** * * *
3532 AC-TATAAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAATGTATTCAAAACGATTCATT
322 ACTTGTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATT
* * * *
3596 CCTTCGAGAAATTTTTTGAACATTTCATTCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTTT
387 CCTTCGAGCAATTTTTCGAACA-TTCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGT
* *
3661 CATTTTGTAAA-ACACTTTTTATCTTTGAATTAAAAACTTATTTTGGTGAGAATAT-TTTGTCTA
451 CATTTTGTAAACA-ACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAAT-TGTTTGTCTA
* * * * ** * *
3724 TTGGTCCTTGGCCGAACATCTGAACTTGTCAAACTATTATTAGTTCTTTTATAACTTTGGATCCT
514 TTGGTCCTTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCT
* * * * **
3789 TAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTTGAGCAATTTTTTTGAATGTTCCATGCTCGAGAAATCG
579 TAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAG-AAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCG
3854 CATC
643 CATC
* * * * *
3858 ATTTGGTCCATATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTCTATCTTTAAATTAAAAACATATTTAG
1 ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
* * * * *
3923 GTTAGAATTGGTTGTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
66 GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAA
Statistics
Matches: 2846, Mismatches: 412, Indels: 126
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
622 49 0.02
623 268 0.09
624 8 0.00
627 4 0.00
629 2 0.00
631 1 0.00
635 1 0.00
638 107 0.04
639 47 0.02
641 1 0.00
645 12 0.00
646 595 0.21
647 1549 0.54
648 197 0.07
649 5 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (646 bp):
ATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAG
GTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCCTTGGCCGAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTCAAGTTCTT
TTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGGAATTTTCCGAACATTC
CATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAACTTTTTGTCTT
TGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTGTCTCATGGTTCTTGGCCGAACTTCCGAACTT
GTCAAAGTTTTACGAGTTCTTGAATAACTTAGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTT
CGAGCAATTTTTCGAACATTCATGCTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTT
TGTAAACAACTTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTAGGTGAGAATTGTTTGTCTATTGGTCC
TTGGACGAACATCCGAACTGGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTAGGTTCCTTAAAGTA
TTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGAGAAATCGCATC
Done.