Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000855.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111967, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 156--243 Score: 76
Period size: 29 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30
146 GGGTAAAACG
*
156 GTAATTTTTAGAAA-ATATCGAGATCAAAAATA
1 GTAATTTTT-GAAACAT-TCGAGGT-AAAAATA
* *
188 G-AATTTTTG-GACATTCGAGGGT-AAAATG
1 GTAATTTTTGAAACATTCGA-GGTAAAAATA
*
216 GTAATTTTTGAAATATTCGAGGTAAAAA
1 GTAATTTTTGAAACATTCGAGGTAAAAA
244 AATGGAGATT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 12
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
28 6 0.13
29 16 0.35
30 16 0.35
31 7 0.15
32 1 0.02
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GTAATTTTTGAAACATTCGAGGTAAAAATA
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Indices: 146--343 Score: 149
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136 AGATATCCAG
* *
146 GGGTAAAACGGTAATTTTTAGAAAATATCGAGATCAAAAATAGAATTTTTGGACA-TTCGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAATATCGAGATAAAAAATAGAATTTTTGGA-AGTTCGA
* * * *
206 GGGTAAAATGGTAATTTTT-G-AAATATTCGAGGTAAAAAAATGGAGA-TTTTGTAAGTTCGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAATA-TCGAGAT-AAAAAATAGA-ATTTTTGGAAGTTCGA
* * * * * * * * **
266 GGGTAAAAAT-GTAATTTTCA-AAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAATTTTTGGAAGTTTAA
1 GGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAAATATCGAGATAAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTCGA
325 GGGTAAAGAT-GTAATTTTT
1 GGGTAAA-ATGGTAATTTTT
344 GGAAGTTTTA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 19, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
58 9 0.08
59 39 0.35
60 53 0.48
61 9 0.08
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GGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAATATCGAGATAAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTCGA
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Indices: 252--598 Score: 345
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242 AAAATGGAGA
* *
252 TTTTGTAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
*** * *
281 TTTCAAAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAAT
1 TTTTGGAAG-TTTGGGGGTAAAAATGTAAT
** *
311 TTTTGGAAGTTTAAGGGTAAAGATGTAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
** * *
340 TTTTGGAAGTTTTAGGGT-TAAATGAAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
*
368 TTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
*** * * *
397 TTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAAT
1 TTTTGGAAG-TTTGGGGGTAAAAATGTAAT
** *
427 TTTTGGAAGTTTATGGGTATAAATGTAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
* *
456 TTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAAT
1 TTTTGGAAG-TTTGGGGGTAAAAATGTAAT
486 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
*** * *
515 TTTTGGAAGTTTCAAGGTCAAAATGGAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
*
544 TTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAAATGTAAT
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
* *
573 TTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATG
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGT-AAAAATG
599 GGATTTTTTA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 54, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 24 0.09
29 159 0.61
30 76 0.29
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.26, T:0.39
Consensus pattern (29 bp):
TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAAT
Found at i:329 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 266--606 Score: 429
Period size: 59 Copynumber: 5.8 Consensus size: 59
256 GTAAGTTCGG
*** * **
266 GGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAATTTTTGGAAGTTTAA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * *
325 GGGTAAAGATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTT--AAATGAAATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
*** *
382 GGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAT
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * **
441 GGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * * *
500 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAAGG-TCAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAG
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
* * *
558 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAG-TTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTT
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAG-GGTTAAAAATGGAATTTTT
607 TAAAGTTCGA
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 34, Indels: 8
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 52 0.21
58 50 0.20
59 142 0.58
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.26, T:0.39
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GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAA
Found at i:401 original size:116 final size:116
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Indices: 252--584 Score: 472
Period size: 116 Copynumber: 2.9 Consensus size: 116
242 AAAATGGAGA
* * * **
252 TTTTGTAAGTTCGGGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAATTTTTGG
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGG
317 AAGTTTAAGGGTAAAGATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTT-AAATGAAAT
66 AAGTTTAAGGGTAAA-ATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAATGAAAT
*
368 TTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGG
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGG
* * *
433 AAGTTTATGGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAAT
66 AAGTTTAAGGGTA-AAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTT-AAAATGAAAT
*** * * *
486 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAAGG-TCAAAATGGAATTTTTGG
1 TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGG
*
550 AAGTTTAGGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTT
66 AAGTTTAAGGGT-AAAATGTAATTTTTGGAAGTTT
585 CGAGGTCAAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 17, Indels: 7
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
116 96 0.49
117 51 0.26
118 49 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.26, T:0.40
Consensus pattern (116 bp):
TTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGG
AAGTTTAAGGGTAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAATGAAAT
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Alignment explanation
Indices: 266--606 Score: 377
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256 GTAAGTTCGG
* *** * *
266 GGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAATTTTTGGAAGTTTAAGGGTAA
1 GGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGG-TAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAA
* *
331 AGATGTAATTTTTGGAAGTTT-T
65 AAATGGAATTTTTGGAAGTTTAT
* *** *
353 AGGGT-TAAATGAAATTTTTGGAAG-TTTGAGGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTT
1 -GGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAG-TTTAGGGGT
416 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAT
63 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAT
* *
441 GGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAA
1 GGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGG-TAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAA
*
506 AAATGTAATTTTTGGAAGTTTCA-
65 AAATGGAATTTTTGGAAGTTT-AT
* * * * *
529 AGGTCA-AAATGGAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCA
1 GGGT-ATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGT-A
*
593 AAAATGGGATTTTT
64 AAAATGGAATTTTT
607 TAAAGTTCGA
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 29, Indels: 18
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 21 0.10
87 76 0.35
88 95 0.44
89 23 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.26, T:0.39
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GGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAA
AATGGAATTTTTGGAAGTTTAT
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Indices: 181--606 Score: 328
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171 TATCGAGATC
*
181 AAAAATAGAATTTTTGGACA--TTCGAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTTCG-GGGT
* *
210 -AAAATGGTAATTTTT-GAAATATTCGAGGT
1 AAAAATGG-AATTTTTGGAAGT-TTCGGGGT
*
239 AAAAAAATGGAGA-TTTTGTAAG-TTCGGGGGT
1 --AAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTTTC-GGGGT
* *** *
270 AAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTGGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGG-T
** **
300 AAAAATATAATTTTTGGAAGTTTAAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* * **
329 AAAGATGTAATTTTTGGAAGTTTTAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* *
358 -TAAATGAAATTTTTGGAAGTTT-GAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCG-GGGT
* *** * *
386 AAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTTCGGGGT
**
416 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTATGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* * *
445 ATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGG-T
*
475 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* **
504 AAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* *
533 CAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* *
562 AAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
*
591 CAAAAATGGGATTTTT
1 -AAAAATGGAATTTTT
607 TAAAGTTCGA
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 57, Indels: 37
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.00
28 32 0.10
29 175 0.55
30 93 0.29
31 10 0.03
32 10 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
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Indices: 271--648 Score: 372
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261 TTCGGGGGTA
*** * * * *
271 AAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAATTTTTGGAAGTTTAAGGGTAAAGATG
1 AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAATG
* * *
336 TAATTTTTGGAAGTTTTAGGGT
66 GAATTTTTGGAAGTTTCAAGGT
* * *** *
358 TAAATGAAATTTTTGGAAGTTT-GAGGG-TAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTAGGGTTAAAAA
1 AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAG-GGGTTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGG-TAAAAA
*
421 TGGAATTTTTGGAAGTTT-ATGGGT
64 TGGAATTTTTGGAAGTTTCA-AGGT
* * *
445 ATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAAAT
1 A-AAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAAT
*
510 GTAATTTTTGGAAGTTTCAAGGT
65 GGAATTTTTGGAAGTTTCAAGGT
*
533 CAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTAGGGG-TAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGA-GGTCAAAA
1 -AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTT-GAGGGT-AAAA
* **
596 ATGGGATTTTTTAAAG-TTCGAAGGT
63 ATGGAATTTTTGGAAGTTTC-AAGGT
** *
621 CAAAACATAATTTTTGGACAATTTAGGG
1 -AAAATGTAATTTTTGGA-AGTTTAGGG
649 ACCTCCAAGG
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 34, Indels: 22
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
86 26 0.11
87 75 0.31
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89 34 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (87 bp):
AAAATGTAATTTTTGGAAGTTTAGGGGTTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAAATG
GAATTTTTGGAAGTTTCAAGGT
Found at i:632 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 146--638 Score: 383
Period size: 59 Copynumber: 8.4 Consensus size: 58
136 AGATATCCAG
** * * * * *
146 GGGTAAAACGGTAATTTTTAGAAAATATCGAGATCAAAAATAGAATTTTTGGACA-TTCGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTT-GGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGA-AGTT-GA
* * * *
206 GGGT-AAAATGGTAATTTTT-GAAATATTCGAGGTAAAAAAATGGAGA-TTTTGTAAGTTCGG
1 GGGTAAAAAT-GTAATTTTTGGAAGT-TTCGAGGT-CAAAAATGGA-ATTTTTGGAAGTT-GA
*** * * * ** *
266 GGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTTTGGGGTTAAAAATATAATTTTTGGAAGTTTAA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTGA
* * * *
325 GGGTAAAGATGTAATTTTTGGAAGTTT-TAGGGT--TAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTGA
*** * * *
382 GGGTAAAAATGTAATTTTCAAAAGTTT-TAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTGA
* * * * *
440 TGGGTATAAATGTAATTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGG
1 -GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTGA
* *
500 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCAAGGTC-AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTGA
* **
557 GGGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTTAAAGTTCGA
1 -GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTT-GA
* * **
617 AGGTCAAAACATAATTTTTGGA
1 GGGTAAAAATGTAATTTTTGGA
639 CAATTTAGGG
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 61, Indels: 37
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
57 51 0.14
58 60 0.17
59 180 0.51
60 54 0.15
61 9 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.25, T:0.37
Consensus pattern (58 bp):
GGGTAAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTGA
Done.