Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01008570.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123248, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2605
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35


Found at i:1183 original size:24 final size:25

Alignment explanation


    Indices: 1156--1206  Score: 68
    Period size: 24  Copynumber: 2.1  Consensus size: 25

       1146 GACAAGATTA

                            *        
       1156 AAATATATAAAATAAATATTTA-AT
          1 AAATATATAAAATAAACATTTATAT

                     * *             
       1180 AAATATATATATTAAACATTTATAT
          1 AAATATATAAAATAAACATTTATAT

              
       1205 AA
          1 AA

       1207 TATTTGACAT


Statistics
Matches: 23,  Mismatches: 3, Indels: 1
        0.85            0.11        0.04

Matches are distributed among these distances:
  24   19  0.83
  25    4  0.17

ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.00, T:0.39


Consensus pattern (25 bp):   
AAATATATAAAATAAACATTTATAT

Found at i:1384 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1378--1431  Score: 108
    Period size: 3  Copynumber: 18.0  Consensus size: 3

       1368 GTAGTGGTTA

                                                                           
       1378 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                   
       1426 ATT ATT
          1 ATT ATT

       1432 TAGTTCTTAA


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   51  1.00

ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.