Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01008646.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_123326, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * *
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* * * * *
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66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * * *
130 TGGCCTCTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAAAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGATGAACTTC
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * * *
195 TGAACTTGTCAAGCTTTTACT
196 CGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * *
216 AGTTCATTTT-TAACTCCGGTTCC--------TTCAAGAAGATCCATTCCTTCAAGTAA-TTTTC
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* * * * *
271 TGAACATTCAATGCTTGAGAAATCGCATCATTTGGTCTACATAGTTTTTCATTTTGTAAAAAAGT
65 -GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGT
* * *
336 TTTGGTTTTTGAATTGAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACT
129 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACT
*
401 TCCGAAATTGACAAACTTTTACA
194 TCCGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * * * *
424 AGTTCTTTTATAACTTTGGTTCATTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAGCAGTTTTTTG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * *
489 AACATTCGATTCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGTAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * *
554 TTGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTA-GTTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT-TTAGGATGAACT
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACG-TGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT-GGACGAACT
**
617 T-CGAAACTTGTCAAACTTTGCCA
194 TCCGAAA-TTGTCAAACTTTTACA
* * * * * * * **
640 TGTTCTTTTATAAATTTGATTTCTTAAAATATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * *
705 AACATTCCATGCTCAGGAAATTGCATCACTCGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * ** * * *
770 T-GTCTTTCTAA-TAAAAACTTTTTTACAAGAGAATTGTTCCTCTATTGGTTCATGGACGAACTT
131 TGGTCTTT-GAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
* *
833 CC--AATCCTGT-AGAAATTTTACG
195 CCGAAAT--TGTCA-AACTTTTACA
* * * * * * *
855 AGTTCGTTTATAACTTTGGTTCCTTAGAGTATTCAAGATGATCCATTCTTTCGAGCAATTTTTCA
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * *
920 AACACTT-CATGTTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAA-ATTTTTGTCATTTTTTAAACAAGT
66 AACA-TTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTT-TCATTTTGTAAACAAGT
* * *
983 TTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACATGAGAATTGTTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAAC
129 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTG-TTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * * *
1048 TTCTGAACTTGTTAAACTTTTTCG
193 TTCCGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * * ** *
1072 AGTTCTTTTATATCTTTGGTTCCTTCAAGTATTCAAGACAATCCATTCCTTCGACCAGTTTTTCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * * *
1137 AACATTCCATGCTCGGGAAATCACACCATTCGTTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTTATCAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * * * * * *
1202 TGATGTTTGTATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTTGTTATTGGATGAACTTT
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
*
1267 C-AAACTTGTCAAAATTTTACA
196 CGAAA-TTGTCAAACTTTTACA
* * * ** * *
1288 AGTTCTTTTTTAACTTCGGTTCCTTAAAGTATCCAAGACGGTCCATTCCTTTTAGTAGTTTTTCT
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * * *
1353 AACATTCCATACTCGAGAAATCGCAACATTCGATCTAAATAGTTTAATTTTAATTTTGTAAACAA
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG--T--TTTTCATTTTGTAAACAA
* * * * *
1418 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTGACATGAGCATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACAAA
127 GTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAA
* * **
1483 CTTTCGAACTTGTCAAACTTTGCCA
192 CTTCCGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * *
1508 AGTTCTTTTGTAACTACGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * * * *
1573 AACACTCAACGCTCGAGAAATCACATCTTTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTGTGTAGAA-AAGTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTA-AACAAGTT
*
1637 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT-GATGAACTT
130 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
* *
1701 TCGAAATTGACAAACTTTTA-A
195 CCGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * * * * *
1722 GAGTTCTTTTATAACTTCGGTTCATTAAAGTATTGATGACGATCAATTTCTTCTAGTAGTTTTTC
1 -AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC
* * * * *
1787 GAACATTCCATTCTCGGGAAATTGCATAATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGTAAACAAGTT
65 GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTT
* ** * *
1852 TTGGTCTTTGAACTAAAAACTTATTTATTTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTTTTGGATGAACTT
130 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
1917 CC-AAACTTGTCAAACTTTGT-CA
195 CCGAAA-TTGTCAAACTTT-TACA
* *
1939 AGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTTG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * *
2004 AACATTCCATGCTCGAGAAATCACATCATTCGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * * * * *
2069 TGGTCTTTCAATTAAAAACGTATTTACGTGAGAATTATTCCTCTATTGGTTCATGGATGAACTT-
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * * **
2133 -TAAATCTTGT-AGAAATTTGATG
196 CGAAA--TTGTCA-AACTTTTACA
* * * * * * * *
2155 AGTTCCTTTATAACTTCGGTTCCATAGAGTATTCAAGATGATCCATTCTTTCAAGAAATTTTTTG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * *
2220 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGAATCATTTGGTCTAAA-AATTTTGTCATTTTTTAAACAAGTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTT-TCATTTTGTAAACAAGTT
* * * *
2284 TTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCACTTGGTTCTTGGACAAACTT
130 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
* *
2349 CC-AAACTTTTCAAACTTTTACG
195 CCGAAA-TTGTCAAACTTTTACA
* * * * * * * * *
2371 AGTTCTTTTGTATCTTTGGTTCCTTCAAGTATTCAAGATGATCCATTCTTTTGAGCAGTTTTTCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * ** * * *
2436 AACATTGCATGCTCGGGAAATCGTATCATTCAGTGTAAATAGTTTTTTATTTTGTAATCAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * * * *
2501 TGGTGTTTGTATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTTGTTTTTGGACGAACTTT
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * *
2566 CGAACTTGTCAAAATTTTATA
196 CGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * * ** **
2587 ATTTCTTTTTTATCTTCAGTTCCTTAAAGTATTCATA-AC-AGTCCATTCCTTTTAGTGGTTTTT
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCA-AGACGA-TCCATTCCTTCGAGTAATTTTT
* * * *
2650 CGAACATTACATACTCGGGAAATCGCATCATTCGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGCAAACAAGT
64 CGAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGT
* * * *
2715 TTTGGTCTTTAAATTAAAAACTTATTTACGCGAGAATTGTTTCTCTCTTGCTTGTTGGACGAACT
129 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACT
* * *
2780 TCCGAACTAGTCAAAATTTTACA
194 TCCGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * * *
2803 AGTTCTTTTTTAACTTTGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGATGATCCATTCCTTCTAGTAATTTTTCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* **
2868 AACATTCAATGCGAGGGAAATCGCATCA--T--T-T-AATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * *
2927 TGATCTTTGAATTTAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTGTTGGTTCTTAGACGAACTTC
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* **
2992 TGAAATTGAT-AAACTTTTATG
196 CGAAATTG-TCAAACTTTTACA
* * * * * * * *
3013 AGTTCTTTTATAACTTCAGTTCATTAAAGTATTCAAGACCATCCATTACTTCTAGCAGTTTTTTG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* ** *
3078 AACATTCCATTCTTAGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTATAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * **
3143 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAAAATTGCTTCTCTCTTGGTTCTTGGAATAACTTC
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * **
3208 TGAAATTGACAAACTTTTATG
196 CGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * ** * *
3229 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCATTAAAGTATTCAAGACGGTCCATTCCTTTTAGCAATTTTTTG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* ** * *
3294 AACATTCCATTCTC-GGAAATTACATCTTTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTAT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* ** *
3358 TGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGGCTCTCTTGGTTCTTGGATGAACTTC
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* *
3423 TGAAATTGTCGAACTTTTACA
196 CGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * *
3444 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTAAAGACGATCCAATCCTTAGAGCAATTTTT-G
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * *
3508 AACATTTCATGCTCGGGAAGTTGCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTGTCATTTTGTAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * * * * * *
3573 TGGCCTCTAAATT-AAAA---ATTTACGTGAAAATTGTTTTTCTCTTGGTTGTTGGATGAACTTC
131 TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
* * *
3634 TGAACTTGTCAAACTTTTACT
196 CGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * *
3655 AGTTCTTTTTTAACTCCGGTTCC--------TTCAAAACGATCCATTCCTTCGAGTAA-TTTTCT
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-
* ** *
3711 GAACATTCAACACTCGAGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAA-AATGT
65 GAACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAA-GT
* *
3775 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTATTTCTCTCTTGGTTCTTGGACAAACT
129 TTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACT
* *
3840 TCCAAAATTGACAAACTTTTACA
194 TCCGAAATTGTCAAACTTTTACA
* * * * * * *
3863 TGTTCTTTTATAACTTTGGTTCATTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCTTTCTAGCAGTTTTTCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * *
3928 AACATTCCATTCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAATTTGTCATTTTGTAAACAAAGTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAAC-AAGTT
* * *
3993 TTTGTCTTTCAATTAAAAACTTATTTACTTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTT-TTAGGACGAACT
130 TTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT-GGACGAACT
**
4057 T-CGAAACTTGTCAAACTTTGCCA
194 TCCGAAA-TTGTCAAACTTTTACA
* * * * * * * **
4080 TGTTCTTTTATAAATTTGATTTCTTAAAATATTCAAGATGATCCATTCCTTCGAGTAATTTCCCG
1 AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
* * * * *
4145 AACATTCCATGCTCAGGAAATTGCATCACTCGGTCTAAATAGTTTCTCATTTTGTAAACAAGTTT
66 AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
* * ** * * *
4210 T-GTCTTTCTAA-TAAAAACTTTTTTACAAGAGAATTGTTCCTCTATTGGTTCATGGA
131 TGGTCTTT-GAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGA
Statistics
Matches: 3398, Mismatches: 561, Indels: 182
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
202 4 0.00
203 24 0.01
204 64 0.02
205 4 0.00
206 4 0.00
207 25 0.01
208 216 0.06
210 174 0.05
211 80 0.02
212 2 0.00
213 1 0.00
214 28 0.01
215 654 0.19
216 1557 0.46
217 371 0.11
218 10 0.00
219 2 0.00
220 176 0.05
221 2 0.00
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Consensus pattern (216 bp):
AGTTCTTTTATAACTTCGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCG
AACATTCCATGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTT
TGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTC
CGAAATTGTCAAACTTTTACA
Done.