Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000865.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_111979, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 645
Length: 1076
ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.31, T:0.32
Found at i:436 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 402--463 Score: 90
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
392 AGAAGGAGGA
*
402 TTTGGTTTAGGCATTGGTGCTGGATT-CGGT
1 TTTGGTTTAGACATTGGTGCTGG-TTGCGGT
*
432 TTTGGTTTAGACATTGGTGGTGGTTGCGGT
1 TTTGGTTTAGACATTGGTGCTGGTTGCGGT
462 TT
1 TT
464 CGATACAGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.07
30 27 0.93
ACGTcount: A:0.10, C:0.08, G:0.37, T:0.45
Consensus pattern (30 bp):
TTTGGTTTAGACATTGGTGCTGGTTGCGGT
Found at i:453 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 357--516 Score: 241
Period size: 78 Copynumber: 2.1 Consensus size: 78
347 TGGAGGGCTC
* * *
357 GGTTTAGGCACTGCTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGAGGATTTGGTTTAGGCATTGGTGC
1 GGTTTAGACACTGCTGGTGGTTGCGGTTTCGATACAGAAGGAGGATTTGGTTTAGGCACTGGTGC
422 TGGATT-CGGTTTT
66 TGG-TTGCGGTTTT
* * * *
435 GGTTTAGACATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATACAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGGTGT
1 GGTTTAGACACTGCTGGTGGTTGCGGTTTCGATACAGAAGGAGGATTTGGTTTAGGCACTGGTGC
500 TGGTTGCGGTTTT
66 TGGTTGCGGTTTT
513 GGTT
1 GGTT
517 CTACGGGCGG
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 7, Indels: 2
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
77 2 0.03
78 72 0.97
ACGTcount: A:0.14, C:0.10, G:0.38, T:0.38
Consensus pattern (78 bp):
GGTTTAGACACTGCTGGTGGTTGCGGTTTCGATACAGAAGGAGGATTTGGTTTAGGCACTGGTGC
TGGTTGCGGTTTT
Found at i:590 original size:132 final size:126
Alignment explanation
Indices: 357--781 Score: 385
Period size: 126 Copynumber: 3.3 Consensus size: 126
347 TGGAGGGCTC
* * * * * * * * * *
357 GGTTTAGGCACTGCTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGAGGATTTGGTTTAGGC-ATTGGTG
1 GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTCA-GCAACTGGTG
* * * * *
421 CTGGATT-CGGTTTTGGTTTA-GACATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATACAGAAGGTGGATTT
65 GTGG-TTGTGGATTTGGTCTAGGA-ATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGATTT
* *
483 GGTTTAGGCACTGGTGTTGGTTGCGGTTTTGGTTCT-ACGGGCGGGTTAGGTTCAGCAACTTTTG
1 GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGA-GGGAGGGTTAGGTTCAGCAAC---TG
**
547 GTGGTGATGGTTGTGGATTTGGTCTAGGCTTTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGA
62 GT-G-G-TGGTTGTGGATTTGGTCTAGGAATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGA
*
612 CTT
124 TTT
* * *
615 GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCTACTGGTGG
1 GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTCAGCAACTGGTGG
* * * * * * * *
680 TGGTTGTGGATTTGGTTTATGAATTGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAG-AGG-GCAAGTTA
66 TGGTTGTGGATTTGGTCTAGGAATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTG-GA-TTT
* * * *
741 GGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGG
1 GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGG
782 CGAGTTTAGT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 40, Indels: 26
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
124 1 0.00
125 7 0.03
126 122 0.50
127 1 0.00
128 1 0.00
129 8 0.03
130 1 0.00
131 2 0.01
132 101 0.41
133 2 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.40, T:0.37
Consensus pattern (126 bp):
GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGGTTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTCAGCAACTGGTGG
TGGTTGTGGATTTGGTCTAGGAATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGATTT
Found at i:689 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 607--847 Score: 202
Period size: 78 Copynumber: 3.0 Consensus size: 78
597 GATTCAGAAG
* * * *
607 GTGGACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGTGGTTTTGGTTCTGAGGG-AGGGTTAGGTTTA-G
1 GTGGACTTGGTTTAGGAACTGGTGCAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCA-AGTTAGGTTTAGG
670 CTACTGGTGGTGGTT
65 C-ACTGGTGGTGGTT
* * * *
685 GTGGATTTGGTTTATGAATTGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGC
1 GTGGACTTGGTTTAGGAACTGGTGCAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGC
*
750 ATTGGTGGTGGTT
66 ACTGGTGGTGGTT
* * ** * ** *
763 GCGG-CTTTGGTTCAGAGGGCGAGTTTAGTGGTGGTTGTGGTCTTGGTTCAGAGGGC-AGATTAG
1 GTGGAC-TTGGTT--TA--G-GA-ACTGGTGCAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAG-TTAG
*
826 GTTTAGGCACTGGTAGTGGTT
58 GTTTAGGCACTGGTGGTGGTT
847 G
1 G
848 CGGTTTTGGT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 14
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
78 73 0.54
79 3 0.02
80 1 0.01
83 4 0.03
84 53 0.40
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.42, T:0.37
Consensus pattern (78 bp):
GTGGACTTGGTTTAGGAACTGGTGCAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGC
ACTGGTGGTGGTT
Found at i:745 original size:126 final size:130
Alignment explanation
Indices: 444--781 Score: 375
Period size: 132 Copynumber: 2.6 Consensus size: 130
434 TGGTTTAGAC
* * * * *
444 ATTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATACAGAAGGTGGATTTGGTTTAGGCACTGGTGTTGGTTGCGG
1 ATTGGTGGAGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGAACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGG
*
509 TTTTGGTTCT-ACGGGCGGGTTAGGTTCAGCAACTTTTGGTGGTGATGGTTGTGGATTTGGTCTA
66 TTTTGGTTCTGA-GGGAGGGTTAGGTTCAGCAAC--TTGGTGGTGATGGTTGTGGATTTGGTCTA
*
573 GGC
128 GGA
* * * *
576 TTTGGTGGTGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGGACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGTGG
1 ATTGGTGGAGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGAACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGG
* * * *
641 TTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTTAGCTAC-TGGT-G-G-TGGTTGTGGATTTGGTTTATGA
66 TTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTCAGCAACTTGGTGGTGATGGTTGTGGATTTGGTCTAGGA
* * * * * *
702 ATTGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAG-AGG-GCAAGTTAGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGC
1 ATTGGTGGAGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTG-AACTT-GGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGC
* *
765 GGCTTTGGTTCAGAGGG
64 GGTTTTGGTTCTGAGGG
782 CGAGTTTAGT
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 23, Indels: 12
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
124 1 0.01
125 6 0.03
126 78 0.43
127 1 0.01
128 1 0.01
129 4 0.02
132 88 0.49
133 1 0.01
ACGTcount: A:0.13, C:0.09, G:0.41, T:0.38
Consensus pattern (130 bp):
ATTGGTGGAGGTTGCGGTTTCGATTCAGAAGGTGAACTTGGTTTAGGCACTGGTGCTGGTTGCGG
TTTTGGTTCTGAGGGAGGGTTAGGTTCAGCAACTTGGTGGTGATGGTTGTGGATTTGGTCTAGGA
Found at i:754 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 693--787 Score: 136
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
683 TTGTGGATTT
* * *
693 GGTTTATGAATTGGTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTA
1 GGTTTAGGAATTGGTGGAGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTA
* * *
741 GGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGGCGAGTT
1 GGTTTAGGAATTGGTGGAGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGGCAAGTT
788 TAGTGGTGGT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 41 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.42, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
GGTTTAGGAATTGGTGGAGGTTGCGGCTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTA
Found at i:867 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 706--864 Score: 250
Period size: 84 Copynumber: 1.9 Consensus size: 84
696 TTATGAATTG
* * *
706 GTGGAGGTTGTGGTTTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCATTGGTGGTGGTTGCGGCTTT
1 GTGGAGGTTGTGGTCTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGCTTT
771 GGTTCAGAGGGCGAGTTTA
66 GGTTCAGAGGGCGAGTTTA
* *
790 GTGGTGGTTGTGGTCTTGGTTCAGAGGGC-AGATTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGTTT
1 GTGGAGGTTGTGGTCTTGGTTCAGAGGGCAAG-TTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGCTT
854 TGGTTCA-AGGG
65 TGGTTCAGAGGG
865 GCGGATTTGG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 5, Indels: 3
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 6 0.09
84 63 0.91
ACGTcount: A:0.14, C:0.09, G:0.43, T:0.35
Consensus pattern (84 bp):
GTGGAGGTTGTGGTCTTGGTTCAGAGGGCAAGTTAGGTTTAGGCACTGGTAGTGGTTGCGGCTTT
GGTTCAGAGGGCGAGTTTA
Done.